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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2903 | |||||||||
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タイトル | Cryo electron microscopy of actively translating human polysomes (POST-i3 state). | |||||||||
![]() | POST-i3 state of human polysomes | |||||||||
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![]() | mammalian ribosome / translation / polysome / cryo electron microscopy / elongation cycle | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
![]() | Behrmann E / Loerke J / Budkevich TV / Yamamoto K / Schmidt A / Penczek PA / Vos MR / Burger J / Mielke T / Scheerer P / Spahn CMT | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of actively translating human ribosomes. 著者: Elmar Behrmann / Justus Loerke / Tatyana V Budkevich / Kaori Yamamoto / Andrea Schmidt / Pawel A Penczek / Matthijn R Vos / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Christian M T Spahn / ![]() ![]() ![]() 要旨: Macromolecular machines, such as the ribosome, undergo large-scale conformational changes during their functional cycles. Although their mode of action is often compared to that of mechanical ...Macromolecular machines, such as the ribosome, undergo large-scale conformational changes during their functional cycles. Although their mode of action is often compared to that of mechanical machines, a crucial difference is that, at the molecular dimension, thermodynamic effects dominate functional cycles, with proteins fluctuating stochastically between functional states defined by energetic minima on an energy landscape. Here, we have used cryo-electron microscopy to image ex-vivo-derived human polysomes as a source of actively translating ribosomes. Multiparticle refinement and 3D variability analysis allowed us to visualize a variety of native translation intermediates. Significantly populated states include not only elongation cycle intermediates in pre- and post-translocational states, but also eEF1A-containing decoding and termination/recycling complexes. Focusing on the post-translocational state, we extended this assessment to the single-residue level, uncovering striking details of ribosome-ligand interactions and identifying both static and functionally important dynamic elements. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | POST-i3 state of human polysomes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Native ribosomal complex from polysomes - POST-i3 state
全体 | 名称: Native ribosomal complex from polysomes - POST-i3 state |
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要素 |
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-超分子 #1000: Native ribosomal complex from polysomes - POST-i3 state
超分子 | 名称: Native ribosomal complex from polysomes - POST-i3 state タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 4.5 MDa / 理論値: 4.5 MDa |
-超分子 #1: 80S ribosomal complex
超分子 | 名称: 80S ribosomal complex / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome 詳細: The sample was isolated as polysomes from the cell. Structural analysis shows that the complex contains 2 tRNAs and mRNA. 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 4.5 MDa / 理論値: 4.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 0.04 mM spermine, 1 mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil grids with additional continuous carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: blot for 2-4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
詳細 | Data was collected automatically with Leginon |
日付 | 2012年8月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 51282 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 205000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 115000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
日付 | 2012年11月29日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 51282 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 172000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: Signature, CTFFind3, Spider, SPARX 詳細: Maps were calculated from 2 datasets using SSNR-weighted combination. 使用した粒子像数: 104261 |