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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29015 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with gabapentin (consensus map) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | voltage-gated calcium channel / CaV alpha2delta / drug binding / gabapentin / MEMBRANE PROTEIN / gbp | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen Z / Mondal A / Minor DL | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis for Caαδ:gabapentin binding. 著者: Zhou Chen / Abhisek Mondal / Daniel L Minor / 要旨: Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin- ...Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin-bound brain and cardiac Ca1.2/Caβ/Caαδ-1 channel. The data reveal a binding pocket in the Caαδ-1 dCache1 domain that completely encapsulates gabapentin and define Caαδ isoform sequence variations that explain the gabapentin binding selectivity of Caαδ-1 and Caαδ-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29015.map.gz | 258.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29015-v30.xml emd-29015.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29015.png | 43 KB | ||
その他 | emd_29015_half_map_1.map.gz emd_29015_half_map_2.map.gz | 259.3 MB 259.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29015 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29015 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29015_validation.pdf.gz | 885.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29015_full_validation.pdf.gz | 885 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29015_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29015_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29015 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29015 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29015_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29015_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-...
全体 | 名称: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-...
超分子 | 名称: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3 タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Human CaV alpha1C
超分子 | 名称: Human CaV alpha1C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 187 KDa |
-超分子 #3: Rabbit CaV alpha2delta-1
超分子 | 名称: Rabbit CaV alpha2delta-1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 125 KDa |
-超分子 #4: Rabbit CaV beta3
超分子 | 名称: Rabbit CaV beta3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 259107 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |