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- EMDB-2898: Structures of the CRISPR-Cmr complex reveal mode of RNA target po... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2898
タイトルStructures of the CRISPR-Cmr complex reveal mode of RNA target positioning
マップデータReconstruction of intact apo CRISPR-Cas complex
試料
  • 試料: apo CRISPR-Cmr complex
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein TM1791
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Crm2
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated RAMP Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein TM1795
  • RNA: CRISPR RNA
キーワードCRISPR-Cas
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / defense response to virus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 ...CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6 / CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1 / CRISPR-associated protein Cmr3 / GGDEF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Taylor DW / Zhu Y / Staals RHJ / Kornfeld JE / Shinkai A / van der Oost J / Nogales E / Doudna JA
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Structures of the CRISPR-Cmr complex reveal mode of RNA target positioning.
著者: David W Taylor / Yifan Zhu / Raymond H J Staals / Jack E Kornfeld / Akeo Shinkai / John van der Oost / Eva Nogales / Jennifer A Doudna /
要旨: Adaptive immunity in bacteria involves RNA-guided surveillance complexes that use CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-associated (Cas) proteins together with CRISPR ...Adaptive immunity in bacteria involves RNA-guided surveillance complexes that use CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-associated (Cas) proteins together with CRISPR RNAs (crRNAs) to target invasive nucleic acids for degradation. Whereas type I and type II CRISPR-Cas surveillance complexes target double-stranded DNA, type III complexes target single-stranded RNA. Near-atomic resolution cryo-electron microscopy reconstructions of native type III Cmr (CRISPR RAMP module) complexes in the absence and presence of target RNA reveal a helical protein arrangement that positions the crRNA for substrate binding. Thumblike β hairpins intercalate between segments of duplexed crRNA:target RNA to facilitate cleavage of the target at 6-nucleotide intervals. The Cmr complex is architecturally similar to the type I CRISPR-Cascade complex, suggesting divergent evolution of these immune systems from a common ancestor.
履歴
登録2015年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2015年4月29日-
更新2015年5月13日-
現状2015年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of intact apo CRISPR-Cas complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.06429065 - 0.12410281
平均 (標準偏差)0.00013883 (±0.00458551)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0640.1240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apo CRISPR-Cmr complex

全体名称: apo CRISPR-Cmr complex
要素
  • 試料: apo CRISPR-Cmr complex
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein TM1791
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Crm2
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated RAMP Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein TM1795
  • RNA: CRISPR RNA

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超分子 #1000: apo CRISPR-Cmr complex

超分子名称: apo CRISPR-Cmr complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 7
分子量実験値: 365 KDa / 手法: MS/MS

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分子 #1: CRISPR-associated protein TM1791

分子名称: CRISPR-associated protein TM1791 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Cmr6, TTHB165 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 38 KDa / 理論値: 38 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6 / InterPro: CRISPR-associated protein, TM1791

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分子 #3: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

分子名称: CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
Name.synonym: Cmr5, CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
コピー数: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 12 KDa / 理論値: 12 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / GO: regulation of defense response to virus / InterPro: CRISPR-associated protein, Cmr5

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分子 #4: CRISPR-associated protein Cmr3

分子名称: CRISPR-associated protein Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Cmr3, TTHB160 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 39 KDa / 理論値: 39 KDa
配列UniProtKB: CRISPR-associated protein Cmr3 / InterPro: CRISPR-associated protein, Cmr3

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分子 #5: CRISPR-associated protein Crm2

分子名称: CRISPR-associated protein Crm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Cmr2, TTHB160 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 65 KDa / 理論値: 65 KDa
配列UniProtKB: GGDEF domain-containing protein / InterPro: CRISPR-associated protein Cmr2

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分子 #6: CRISPR-associated RAMP Cmr4

分子名称: CRISPR-associated RAMP Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Cmr4, TTHB163 / コピー数: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 37 KDa / 理論値: 37 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / InterPro: CRISPR-associated RAMP Cmr4

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分子 #7: CRISPR-associated protein TM1795

分子名称: CRISPR-associated protein TM1795 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Cmr1, TTHB162 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量実験値: 44 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1 / InterPro: CRISPR-associated protein TM1795

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分子 #2: CRISPR RNA

分子名称: CRISPR RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: crRNA / 詳細: 46 nucleotide endogenous crRNA bound to complex / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl
グリッド詳細: 4/2 C-flat grids with a thin-layer of carbon over the holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Grids were rapidly plunged into liquid ethane using an FEI Vitrobot MarkIV maintained at 4 degrees C after being blotted for 4-4.5 seconds with a blotting force of 15-20.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected at 210,000 times magnification
詳細Data acquired using Leginon. We collected a 6 s exposure fractionated into 20, 300 ms frames with a dose of 8 electrons per square Angstrom per second.
日付2014年7月31日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 7000 / 平均電子線量: 48 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFind3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 250000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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