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- EMDB-2896: Cryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2896
タイトルCryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-containing membranes
マップデータReconstruction of the 10.04 units per turn, 127.2 Angstrom pitch, helical assembly of ANTH-ENTH on PIP2 containing membrane
試料
  • 試料: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively.
  • タンパク質・ペプチド: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2
  • タンパク質・ペプチド: ENTH domain of epsin Ent1
キーワードepsin / Hip1R / ENTH / ANTH / clathrin adaptors / endocytosis / PI(4 / 5)P2
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / actin cortical patch / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / actin cortical patch / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / clathrin binding / cortical actin cytoskeleton / actin filament organization / ubiquitin binding / phospholipid binding / endocytosis / actin filament binding / early endosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / ENTH domain / I/LWEQ domain ...Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SLA2 / Epsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å
データ登録者Skruzny M / Desfosses A / Prinz S / Dodonova SO / Gieras A / Uetrecht C / Jakobi AJ / Abella M / Hagen WJH / Schulz J ...Skruzny M / Desfosses A / Prinz S / Dodonova SO / Gieras A / Uetrecht C / Jakobi AJ / Abella M / Hagen WJH / Schulz J / Meijers R / Rybin V / Briggs JAG / Sachse C / Kaksonen M
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2015
タイトル: An organized co-assembly of clathrin adaptors is essential for endocytosis.
著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / ...著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / Vladimir Rybin / John A G Briggs / Carsten Sachse / Marko Kaksonen /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor ...Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor proteins, is thought to play a major structural role in endocytosis by self-assembling into a cage-like lattice around the forming vesicle. Although clathrin adaptors are essential for endocytosis, little is known about their structural role in this process. Here we show that the membrane-binding domains of two conserved clathrin adaptors, Sla2 and Ent1, co-assemble in a PI(4,5)P2-dependent manner to form organized lattices on membranes. We determined the structure of the co-assembled lattice by electron cryo-microscopy and designed mutations that specifically impair the lattice formation in vitro. We show that these mutations block endocytosis in vivo. We suggest that clathrin adaptors not only link the polymerized clathrin to the membrane but also form an oligomeric structure, which is essential for membrane remodeling during endocytosis.
履歴
登録2015年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月4日-
マップ公開2015年5月6日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ahv
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ahv
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5ahv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2896_pre...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the 10.04 units per turn, 127.2 Angstrom pitch, helical assembly of ANTH-ENTH on PIP2 containing membrane
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 340 pix.
= 605.2 Å		1.78 Å/pix.
x 240 pix.
= 427.2 Å		1.78 Å/pix.
x 240 pix.
= 427.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35 / ムービー #1: 0.35
最小 - 最大-1.46910262 - 2.24971223
平均 (標準偏差)0.04299217 (±0.5508346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-170
サイズ240240340
Spacing240240340
セルA: 427.19998 Å / B: 427.19998 Å / C: 605.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z240240340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z427.200427.200605.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-170
NC/NR/NS240240340
D min/max/mean-1.4692.2500.043

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, res...

全体名称: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively.
要素
  • 試料: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively.
  • タンパク質・ペプチド: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2
  • タンパク質・ペプチド: ENTH domain of epsin Ent1

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超分子 #1000: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, res...

超分子名称: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2

分子名称: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 33.215 KDa / 理論値: 33.21 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: CodonPlus / 組換プラスミド: pETM30
配列UniProtKB: Protein SLA2 / InterPro: AP180 N-terminal homology (ANTH) domain

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分子 #2: ENTH domain of epsin Ent1

分子名称: ENTH domain of epsin Ent1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 18.87 KDa / 理論値: 18.847 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: CodonPlus / 組換プラスミド: pETM30
配列UniProtKB: Epsin-1 / InterPro: ENTH domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5; 100 mM KCl
グリッド詳細: on C-flat holey carbon coated grids (Protochips)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: , applied on C-flat holey carbon coated grids (Protochips) and vitrified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年3月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1419 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Processing done with SPRING
CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 12.67 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 35.857 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPRING / 使用した粒子像数: 457344

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1h0a

ソフトウェア名称: I-Tasser, Chimera, DireX
詳細homology models were obtained by I-Tasser. Rigid-body docking was done in Chimera followed by flexible fitting done with DireX.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ahv:
Cryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-containing membranes

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1hf8

ソフトウェア名称: I-Tasser, Chimera, DireX
詳細homology models were obtained by I-Tasser. Rigid-body docking was done in Chimera followed by flexible fitting done with DireX.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ahv:
Cryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-containing membranes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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