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万見
- EMDB-28953: Asymmetric structure of cleaved HIV-1 AD8 envelope glycoprotein t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28953
タイトルAsymmetric structure of cleaved HIV-1 AD8 envelope glycoprotein trimer in styrene-maleic acid lipid nanoparticles
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 Env AD8
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione
キーワードHIV-1 / envelope glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...: / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Wang K / Zhang S / Sodroski J / Mao Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150471 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125093 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Asymmetric conformations of cleaved HIV-1 envelope glycoprotein trimers in styrene-maleic acid lipid nanoparticles.
著者: Kunyu Wang / Shijian Zhang / Eden P Go / Haitao Ding / Wei Li Wang / Hanh T Nguyen / John C Kappes / Heather Desaire / Joseph Sodroski / Youdong Mao /
要旨: During virus entry, the pretriggered human immunodeficiency virus (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) trimer initially transits into a default intermediate state (DIS) that remains structurally ...During virus entry, the pretriggered human immunodeficiency virus (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) trimer initially transits into a default intermediate state (DIS) that remains structurally uncharacterized. Here, we present cryo-EM structures at near-atomic resolution of two cleaved full-length HIV-1 Env trimers purified from cell membranes in styrene-maleic acid lipid nanoparticles without antibodies or receptors. The cleaved Env trimers exhibited tighter subunit packing than uncleaved trimers. Cleaved and uncleaved Env trimers assumed remarkably consistent yet distinct asymmetric conformations, with one smaller and two larger opening angles. Breaking conformational symmetry is allosterically coupled with dynamic helical transformations of the gp41 N-terminal heptad repeat (HR1) regions in two protomers and with trimer tilting in the membrane. The broken symmetry of the DIS potentially assists Env binding to two CD4 receptors-while resisting antibody binding-and promotes extension of the gp41 HR1 helical coiled-coil, which relocates the fusion peptide closer to the target cell membrane.
履歴
登録2022年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28953.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.047695138 - 0.112601705
平均 (標準偏差)0.0012791681 (±0.006389841)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 230.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28953_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28953_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env AD8

全体名称: HIV-1 Env AD8
要素
  • 複合体: HIV-1 Env AD8
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione

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超分子 #1: HIV-1 Env AD8

超分子名称: HIV-1 Env AD8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 15.674881 KDa
組換発現生物種: homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LGFLGAAGST MGAASITLTV QARLLLSGIV QQQNNLLRAI EAQQHLLQLT VWGIKQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICTTAV PWNASWSNKT LDMIWNNMTW MEWEREIDNY TGLIYTLIEE SQNQQEKNE

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.779613 KDa
組換発現生物種: homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KLWVTVYYGV PVWKEATTTL FCASDAKAYD TEVHNVWATH ACVPTDPNPQ EVVLENVTEN FNMWKNNMVE QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TDLRNVTNIN NSSEGMRGEI KNCSFNITTS IRDKVKKDYA LFYRLDVVPI DNDNTSYRLI N CNTSTITQ ...文字列:
KLWVTVYYGV PVWKEATTTL FCASDAKAYD TEVHNVWATH ACVPTDPNPQ EVVLENVTEN FNMWKNNMVE QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC TDLRNVTNIN NSSEGMRGEI KNCSFNITTS IRDKVKKDYA LFYRLDVVPI DNDNTSYRLI N CNTSTITQ ACPKVSFEPI PIHYCTPAGF AILKCKDKKF NGTGPCKNVS TVQCTHGIRP VVSTQLLLNG SLAEEEVVIR SS NFTDNAK NIIVQLKESV EINCTRPNNN TRKSIHIGPG RAFYTTGDII GDIRQAHCNI SRTKWNNTLN QIATKLKEQF GNN KTIVFN QSSGGDPEIV MHSFNCGGEF FYCNSTQLFN STWNFNGTWN LTQSNGTEGN DTITLPCRIK QIINMWQEVG KAMY APPIR GQIRCSSNIT GLILTRDGGN NHNNDTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT KAKR

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 22 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #11: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-...

分子名称: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: 83G
分子量理論値: 406.434 Da
Chemical component information

ChemComp-83G:
1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione / BMS-378806

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7n6u

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365824
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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