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- EMDB-28950: Structure of the leucine-rich repeat kinase 1 monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28950
タイトルStructure of the leucine-rich repeat kinase 1 monomer
マップデータComposite map used for refinement
試料
  • 複合体: Leucine-rich repeat kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードkinase / LRRK / multi-domain protein / GTPase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


osteoclast development / positive regulation of intracellular signal transduction / bone resorption / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTP binding / mitochondrion ...osteoclast development / positive regulation of intracellular signal transduction / bone resorption / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, typical subtype ...: / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Metcalfe RD / Martinez Fiesco JA / Zhang P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 011744 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and regulation of full-length human leucine-rich repeat kinase 1.
著者: Riley D Metcalfe / Juliana A Martinez Fiesco / Luis Bonet-Ponce / Jillian H Kluss / Mark R Cookson / Ping Zhang /
要旨: The human leucine-rich repeat kinases (LRRKs), LRRK1 and LRRK2 are large and unusually complex multi-domain kinases, which regulate fundamental cellular processes and have been implicated in human ...The human leucine-rich repeat kinases (LRRKs), LRRK1 and LRRK2 are large and unusually complex multi-domain kinases, which regulate fundamental cellular processes and have been implicated in human disease. Structures of LRRK2 have recently been determined, but the structure and molecular mechanisms regulating the activity of the LRRK1 as well as differences in the regulation of LRRK1 and LRRK2 remain unclear. Here, we report a cryo-EM structure of the LRRK1 monomer and a lower-resolution cryo-EM map of the LRRK1 dimer. The monomer structure, in which the kinase is in an inactive conformation, reveals key interdomain interfaces that control kinase activity as we validate experimentally. Both the LRRK1 monomer and dimer are structurally distinct compared to LRRK2. Overall, our results provide structural insights into the activation of the human LRRKs, which advance our understanding of their physiological and pathological roles.
履歴
登録2022年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map used for refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.81 Å/pix.
x 432 pix.
= 349.92 Å		0.81 Å/pix.
x 432 pix.
= 349.92 Å		0.81 Å/pix.
x 432 pix.
= 349.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-44.854675 - 74.27543
平均 (標準偏差)-0.0025694945 (±0.9569201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 349.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Leucine-rich repeat kinase 1

全体名称: Leucine-rich repeat kinase 1
要素
  • 複合体: Leucine-rich repeat kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Leucine-rich repeat kinase 1

超分子名称: Leucine-rich repeat kinase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1

分子名称: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 229.556359 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLGLEVLF QGPMAGMSQR PPSMYWCVGP EESAVCPERA METLNGAGDT GGKPSTRGGD PAARSRRTE GIRAAYRRGD RGGARDLLEE ACDQCASQLE KGQLLSIPAA YGDLEMVRYL LSKRLVELPT EPTDDNPAVV A AYFGHTAV ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLGLEVLF QGPMAGMSQR PPSMYWCVGP EESAVCPERA METLNGAGDT GGKPSTRGGD PAARSRRTE GIRAAYRRGD RGGARDLLEE ACDQCASQLE KGQLLSIPAA YGDLEMVRYL LSKRLVELPT EPTDDNPAVV A AYFGHTAV VQELLESLPG PCSPQRLLNW MLALACQRGH LGVVKLLVLT HGADPESYAV RKNEFPVIVR LPLYAAIKSG NE DIAIFLL RHGAYFCSYI LLDSPDPSKH LLRKYFIEAS PLPSSYPGKT ALRVKWSHLR LPWVDLDWLI DISCQITELD LSA NCLATL PSVIPWGLIN LRKLNLSDNH LGELPGVQSS DEIICSRLLE IDISSNKLSH LPPGFLHLSK LQKLTASKNC LEKL FEEEN ATNWIGLRKL QELDISDNKL TELPALFLHS FKSLNSLNVS RNNLKVFPDP WACPLKCCKA SRNALECLPD KMAVF WKNH LKDVDFSENA LKEVPLGLFQ LDALMFLRLQ GNQLAALPPQ EKWTCRQLKT LDLSRNQLGK NEDGLKTKRI AFFTTR GRQ RSGTEAASVL EFPAFLSESL EVLCLNDNHL DTVPPSVCLL KSLSELYLGN NPGLRELPPE LGQLGNLWQL DTEDLTI SN VPAEIQKEGP KAMLSYLRAQ LRKAEKCKLM KMIIVGPPRQ GKSTLLEILQ TGRAPQVVHG EATIRTTKWE LQRPAGSR A KVESVEFNVW DIGGPASMAT VNQCFFTDKA LYVVVWNLAL GEEAVANLQF WLLNIEAKAP NAVVLVVGTH LDLIEAKFR VERIATLRAY VLALCRSPSG SRATGFPDIT FKHLHEISCK SLEGQEGLRQ LIFHVTCSMK DVGSTIGCQR LAGRLIPRSY LSLQEAVLA EQQRRSRDDD VQYLTDRQLE QLVEQTPDND IKDYEDLQSA ISFLIETGTL LHFPDTSHGL RNLYFLDPIW L SECLQRIF NIKGSRSVAK NGVIRAEDLR MLLVGTGFTQ QTEEQYFQFL AKFEIALPVA NDSYLLPHLL PSKPGLDTHG MR HPTANTI QRVFKMSFVP VGFWQRFIAR MLISLAEMDL QLFENKKNTK SRNRKVTIYS FTGNQRNRCS TFRVKRNQTI YWQ EGLLVT FDGGYLSVES SDVNWKKKKS GGMKIVCQSE VRDFSAMAFI TDHVNSLIDQ WFPALTATES DGTPLMEQYV PCPV CETAW AQHTDPSEKS EDVQYFDMED CVLTAIERDF ISCPRHPDLP VPLQELVPEL FMTDFPARLF LENSKLEHSE DEGSV LGQG GSGTVIYRAR YQGQPVAVKR FHIKKFKNFA NVPADTMLRH LRATDAMKNF SEFRQEASML HALQHPCIVA LIGISI HPL CFALELAPLS SLNTVLSENA RDSSFIPLGH MLTQKIAYQI ASGLAYLHKK NIIFCDLKSD NILVWSLDVK EHINIKL SD YGISRQSFHE GALGVEGTPG YQAPEIRPRI VYDEKVDMFS YGMVLYELLS GQRPALGHHQ LQIAKKLSKG IRPVLGQP E EVQFRRLQAL MMECWDTKPE KRPLALSVVS QMKDPTFATF MYELCCGKQT AFFSSQGQEY TVVFWDGKEE SRNYTVVNT EKGLMEVQRM CCPGMKVSCQ LQVQRSLWTA TEDQKIYIYT LKGMCPLNTP QQALDTPAVV TCFLAVPVIK KNSYLVLAGL ADGLVAVFP VVRGTPKDSC SYLCSHTANR SKFSIADEDA RQNPYPVKAM EVVNSGSEVW YSNGPGLLVI DCASLEICRR L EPYMAPSM VTSVVCSSEG RGEEVVWCLD DKANSLVMYH STTYQLCARY FCGVPSPLRD MFPVRPLDTE PPAASHTANP KV PEGDSIA DVSIMYSEEL GTQILIHQES LTDYCSMSSY SSSPPRQAAR SPSSLPSSPA SSSSVPFSTD CEDSDMLHTP GAA SDRSEH DLTPMDGETF SQHLQAVKIL AVRDLIWVPR RGGDVIVIGL EKDSGAQRGR VIAVLKAREL TPHGVLVDAA VVAK DTVVC TFENENTEWC LAVWRGWGAR EFDIFYQSYE ELGRLEACTR KRR

UniProtKB: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1

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分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
詳細Purified LRRK1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 18074 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3553719
詳細: Particles picked using a Topaz model trained on an initial LRRK1 dataset.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio model generated using Cryosparc.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Resolution given for map is the resolution of the global refinement map (D_1000269296). The resolution for the local refinement map was 3.94 (D_1000269298).
使用した粒子像数: 183273
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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