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万見
- EMDB-28871: CryoEM structure of Arabidopsis thaliana phytochrome A (focused m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28871
タイトルCryoEM structure of Arabidopsis thaliana phytochrome A (focused map of platform)
マップデータ
試料
  • 複合体: phytochrome A
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome A
キーワードPhytochrome / asymmetric dimer / gene regulation
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: The structure of Arabidopsis phytochrome A reveals topological and functional diversification among the plant photoreceptor isoforms.
著者: E Sethe Burgie / Hua Li / Zira T K Gannam / Katrice E McLoughlin / Richard D Vierstra / Huilin Li /
要旨: Plants employ a divergent cohort of phytochrome (Phy) photoreceptors to govern many aspects of morphogenesis through reversible photointerconversion between inactive Pr and active Pfr conformers. The ...Plants employ a divergent cohort of phytochrome (Phy) photoreceptors to govern many aspects of morphogenesis through reversible photointerconversion between inactive Pr and active Pfr conformers. The two most influential are PhyA whose retention of Pfr enables sensation of dim light, while the relative instability of Pfr for PhyB makes it better suited for detecting full sun and temperature. To better understand these contrasts, we solved, by cryo-electron microscopy, the three-dimensional structure of full-length PhyA as Pr. Like PhyB, PhyA dimerizes through head-to-head assembly of its C-terminal histidine kinase-related domains (HKRDs), while the remainder assembles as a head-to-tail light-responsive platform. Whereas the platform and HKRDs associate asymmetrically in PhyB dimers, these lopsided connections are absent in PhyA. Analysis of truncation and site-directed mutants revealed that this decoupling and altered platform assembly have functional consequences for Pfr stability of PhyA and highlights how plant Phy structural diversification has extended light and temperature perception.
履歴
登録2022年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.162
最小 - 最大-3.7136323 - 6.146827
平均 (標準偏差)0.001413372 (±0.09867807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_28871_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28871_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28871_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : phytochrome A

全体名称: phytochrome A
要素
  • 複合体: phytochrome A
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome A

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超分子 #1: phytochrome A

超分子名称: phytochrome A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 249 KDa

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分子 #1: Phytochrome A

分子名称: Phytochrome A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: GMSGSRPTQS SEGSRRSRHS ARIIAQTTVD AKLHADFEES GSSFDYSTSV RVTGPVVENQ PPRSDKVTTT YLHHIQKGKL IQPFGCLLAL DEKTFKVIAY SENASELLTM ASHAVPSVGE HPVLGIGTDI RSLFTAPSAS ALQKALGFGD VSLLNPILVH CRTSAKPFYA ...文字列:
GMSGSRPTQS SEGSRRSRHS ARIIAQTTVD AKLHADFEES GSSFDYSTSV RVTGPVVENQ PPRSDKVTTT YLHHIQKGKL IQPFGCLLAL DEKTFKVIAY SENASELLTM ASHAVPSVGE HPVLGIGTDI RSLFTAPSAS ALQKALGFGD VSLLNPILVH CRTSAKPFYA IIHRVTGSII IDFEPVKPYE VPMTAAGALQ SYKLAAKAIT RLQSLPSGSM ERLCDTMVQE VFELTGYDRV MAYKFHEDDH GEVVSEVTKP GLEPYLGLHY PATDIPQAAR FLFMKNKVRM IVDCNAKHAR VLQDEKLSFD LTLCGSTLRA PHSCHLQYMA NMDSIASLVM AVVVNEEDGE GDAPDATTQP QKRKRLWGLV VCHNTTPRFV PFPLRYACEF LAQVFAIHVN KEVELDNQMV EKNILRTQTL LCDMLMRDAP LGIVSQSPNI MDLVKCDGAA LLYKDKIWKL GTTPSEFHLQ EIASWLCEYH MDSTGLSTDS LHDAGFPRAL SLGDSVCGMA AVRISSKDMI FWFRSHTAGE VRWGGAKHDP DDRDDARRMH PRSSFKAFLE VVKTRSLPWK DYEMDAIHSL QLILRNAFKD SETTDVNTKV IYSKLNDLKI DGIQELEAVT SEMVRLIETA TVPILAVDSD GLVNGWNTKI AELTGLSVDE AIGKHFLTLV EDSSVEIVKR MLENALEGTE EQNVQFEIKT HLSRADAGPI SLVVNACASR DLHENVVGVC FVAHDLTGQK TVMDKFTRIE GDYKAIIQNP NPLIPPIFGT DEFGWCTEWN PAMSKLTGLK REEVIDKMLL GEVFGTQKSC CRLKNQEAFV NLGIVLNNAV TSQDPEKVSF AFFTRGGKYV ECLLCVSKKL DREGVVTGVF CFLQLASHEL QQALHVQRLA ERTAVKRLKA LAYIKRQIRN PLSGIMFTRK MIEGTELGPE QRRILQTSAL CQKQLSKILD DSDLESIIEG CLDLEMKEFT LNEVLTASTS QVMMKSNGKS VRITNETGEE VMSDTLYGDS IRLQQVLADF MLMAVNFTPS GGQLTVSASL RKDQLGRSVH LANLEIRLTH TGAGIPEFLL NQMFGTEEDV SEEGLSLMVS RKLVKLMNGD VQYLRQAGKS SFIITAELAA ANK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
75.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMC9H20N2O4SHEPES
10.0 mMC2H6OS2-Mercaptoethanol
0.01 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 299 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 193.0 K / 最高: 193.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.05 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6390 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3777726
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 421968
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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