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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM local map covering Gea2 protomer A HDS domains of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2 | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Duan HD / Li H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into an Arl1-ArfGEF complex involved in Golgi recruitment of a GRIP-domain golgin. 著者: H Diessel Duan / Bhawik K Jain / Hua Li / Todd R Graham / Huilin Li / ![]() 要旨: Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates ...Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates the phosphatidylserine flippase Drs2 and these functions may be related, although the underlying molecular mechanism is unclear. Here we report high-resolution cryo-EM structures of the full-length Gea2 and the Arl1-Gea2 complex. Gea2 is a large protein with 1459 residues and is composed of six domains (DCB, HUS, SEC7, HDS1-3). We show that Gea2 assembles a stable dimer via an extensive interface involving hydrophobic and electrostatic interactions in the DCB and HUS region. Contrary to the previous report on a Gea2 homolog in which Arl1 binds to the dimerization surface of the DCB domain, implying a disrupted dimer upon Arl1 binding, we find that Arl1 binds to the outside surface of the Gea2 DCB domain, leaving the Gea2 dimer intact. The interaction between Arl1 and Gea2 involves the classic FWY aromatic residue triad as well as two Arl1-specific residues. We show that key mutations that disrupt the Arl1-Gea2 interaction abrogate Imh1 Golgi association. This work clarifies the Arl1-Gea2 interaction and improves our understanding of molecular events in the membrane trafficking. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 422.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 474.3 MB 474.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28747_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28747_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Gea2 homodimer in complex with two Arl1 monomers
全体 | 名称: Gea2 homodimer in complex with two Arl1 monomers |
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要素 |
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-超分子 #1: Gea2 homodimer in complex with two Arl1 monomers
超分子 | 名称: Gea2 homodimer in complex with two Arl1 monomers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2
分子 | 名称: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNAMSDREF VTVDPVTIII KECINLSTAM RKYSKFTSQS GVAALLGGGS EIFSNQDDYL AHTFNNLNT NKHNDPFLSG FIQLRLMLNK LKNLDNIDSL TILQPFLLIV STSSISGYIT SLALDSLQKF FTLNIINESS Q NYIGAHRA ...文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNAMSDREF VTVDPVTIII KECINLSTAM RKYSKFTSQS GVAALLGGGS EIFSNQDDYL AHTFNNLNT NKHNDPFLSG FIQLRLMLNK LKNLDNIDSL TILQPFLLIV STSSISGYIT SLALDSLQKF FTLNIINESS Q NYIGAHRA TVNALTHCRF EGSQQLSDDS VLLKVVFLLR SIVDSPYGDL LSNSIIYDVL QTILSLACNN RRSEVLRNAA QS TMIAVTV KIFSKLKTIE PVNVNQIYIN DESYTNDVLK ADTIGTNVES KEEGSQEDPI GMKVNNEEAI SEDDGIEEEH IHS EKSTNG AEQLDIVQKT TRSNSRIQAY ADDNYGLPVV RQYLNLLLSL IAPENELKHS YSTRIFGLEL IQTALEISGD RLQL YPRLF TLISDPIFKS ILFIIQNTTK LSLLQATLQL FTTLVVILGN NLQLQIELTL TRIFSILLDD GTANNSSSEN KNKPS IIKE LLIEQISILW TRSPSFFTST FINFDCNLDR ADVSINFLKA LTKLALPESA LTTTESVPPI CLEGLVSLVD DMFDHM KDI DREEFGRQKN EMEILKKRDR KTEFIECTNA FNEKPKKGIP MLIEKGFIAS DSDKDIAEFL FNNNNRMNKK TIGLLLC HP DKVSLLNEYI RLFDFSGLRV DEAIRILLTK FRLPGESQQI ERIIEAFSSA YCENQDYDPS KISDNAEDDI STVQPDAD S VFILSYSIIM LNTDLHNPQV KEHMSFEDYS GNLKGCCNHK DFPFWYLDRI YCSIRDKEIV MPEEHHGNEK WFEDAWNNL ISSTTVITEI KKDTQSVMDK LTPLELLNFD RAIFKQVGPS IVSTLFNIYV VASDDHISTR MITSLDKCSY ISAFFDFKDL FNDILNSIA KGTTLINSSH DDELSTLAFE YGPMPLVQIK FEDTNTEIPV STDAVRFGRS FKGQLNTVVF FRIIRRNKDP K IFSKELWL NIVNIILTLY EDLILSPDIF PDLQKRLKLS NLPKPSPEIS INKSKESKGL LSTFASYLKG DEEPTEEEIK SS KKAMECI KSSNIAASVF GNESNITADL IKTLLDSAKT EKNADNSRYF EAELLFIIEL TIALFLFCKE EKELGKFILQ KVF QLSHTK GLTKRTVRRM LTYKILLISL CADQTEYLSK LINDELLKKG DIFTQKFFAT NQGKEFLKRL FSLTESEFYR GFLL GNENF WKFLRKVTAM KEQSESIFEY LNESIKTDSN ILTNENFMWV LGLLDEISSM GAVGNHWEIE YKKLTESGHK IDKEN PYKK SIELSLKSIQ LTSHLLEDNN DLRKNEIFAI IQALAHQCIN PCKQISEFAV VTLEQTLINK IEIPTNEMES VEELIE GGL LPLLNSSETQ EDQKILISSI LTIISNVYLH YLKLGKTSNE TFLKILSIFN KFVEDSDIEK KLQQLILDKK SIEKGNG SS SHGSAHEQTP ESNDVEIEAT APIDDNTDDD NKPKLSDVEK D |
-分子 #2: ADP-ribosylation factor-like protein 1
分子 | 名称: ADP-ribosylation factor-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: ELRILILGLD GAGKTTILYR LQIGEVVTTK PTIGFNVETL SYKNLKLNVW DLGGLTSIRP YWRCYYADTA AVIFVVDSTD KDRMSTASK ELHLMLQEEE LQDAALLVFA NKQDQPGALS ASEVSKELNL VELKDRSWSI VASSAIKGEG ITEGLDWLID V IKEEQLAG ENLYFQSAGH HHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |