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- EMDB-28717: CryoEM reconstruction of membrane-bound, left-handed CHMP1B(F9L/F... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28717
タイトルCryoEM reconstruction of membrane-bound, left-handed CHMP1B(F9L/F13L)+IST1 filament with brominated SDPC probe
マップデータLeft-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated SDPC.
試料
  • 複合体: Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid membrane nanotube
    • タンパク質・ペプチド: CHMP1B charged multivesicular body protein 1B (F9L/F13L)
    • タンパク質・ペプチド: Increased Sodium Tolerance 1 Homolog (IST1)
キーワードESCRT / brominated / lipid / membrane / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / abscission / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...MIT domain binding / abscission / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of centrosome duplication / collateral sprouting / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / plasma membrane repair / membrane coat / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of mitotic spindle assembly / multivesicular body assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of proteolysis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / autophagosome membrane / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / protein localization / protein transport / nuclear envelope / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Moss FR / Frost A
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117593 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110772 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM089740 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Membrane constriction and thinning by sequential ESCRT-III polymerization.
著者: Henry C Nguyen / Nathaniel Talledge / John McCullough / Abhimanyu Sharma / Frank R Moss / Janet H Iwasa / Michael D Vershinin / Wesley I Sundquist / Adam Frost /
要旨: The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; ...The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; however, recent work has indicated that certain ESCRT-IIIs also participate in positive-curvature membrane-shaping reactions. ESCRT-IIIs polymerize into membrane-binding filaments, but the structural basis for negative versus positive membrane remodeling by these proteins remains poorly understood. To learn how certain ESCRT-IIIs shape positively curved membranes, we determined structures of human membrane-bound CHMP1B-only, membrane-bound CHMP1B + IST1, and IST1-only filaments by cryo-EM. Our structures show how CHMP1B first polymerizes into a single-stranded helical filament, shaping membranes into moderate-curvature tubules. Subsequently, IST1 assembles a second strand on CHMP1B, further constricting the membrane tube and reducing its diameter nearly to the fission point. Each step of constriction thins the underlying bilayer, lowering the barrier to membrane fission. Our structures reveal how a two-component, sequential polymerization mechanism drives membrane tubulation, constriction and bilayer thinning.
履歴
登録2022年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated SDPC.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 394.56 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 394.56 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 394.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0015
最小 - 最大-0.0073864968 - 0.014977611
平均 (標準偏差)0.0001490736 (±0.0008590475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 394.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28717_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1...

ファイルemd_28717_additional_1.map
注釈RELION post-processed, left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated SDPC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated...

ファイルemd_28717_half_map_1.map
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated SDPC. Half 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated...

ファイルemd_28717_half_map_2.map
注釈Left-handed, 17-subunit-per-turn, membrane-bound CHMP1B F9L/F13L IST1 with brominated SDPC. Half 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid m...

全体名称: Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid membrane nanotube
要素
  • 複合体: Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid membrane nanotube
    • タンパク質・ペプチド: CHMP1B charged multivesicular body protein 1B (F9L/F13L)
    • タンパク質・ペプチド: Increased Sodium Tolerance 1 Homolog (IST1)

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超分子 #1: Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid m...

超分子名称: Helical copolymer of CHMP1B(F9L/F13L) and IST1 bound to a lipid membrane nanotube
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The lipid nanotube contains a brominated analog of SDPC
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CHMP1B charged multivesicular body protein 1B (F9L/F13L)

分子名称: CHMP1B charged multivesicular body protein 1B (F9L/F13L)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNMEKHLLN LKLAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ ...文字列:
MSNMEKHLLN LKLAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVTK SMAGVVKSMD ATLKTMNLEK ISALMDKFEH QFETLDVQTQ QMEDTMSSTT TLTTPQNQVD MLLQEMADEA GLDLNMELPQ GQTGSVGTSV ASAEQDELSQ RLARLRDQV

UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b

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分子 #2: Increased Sodium Tolerance 1 Homolog (IST1)

分子名称: Increased Sodium Tolerance 1 Homolog (IST1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal domain / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSMK ELDSGLAESV STLIWAAPRL QSEVAELKIV ADQLCAKYSK EYGKLCRTNQ IGTVNDRLMH KLSVEAPP

UniProtKB: IST1 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 2857 / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -20.80 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 44673
Segment selection選択した数: 186495 / ソフトウェア - 名称: crYOLO
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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