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万見
- EMDB-28629: CX3CR1 nucleosome and wild type PU.1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28629
タイトルCX3CR1 nucleosome and wild type PU.1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: nucleosome PU.1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • DNA: DNA (162-MER)
    • DNA: DNA (162-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Single-chain variable fragment
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor PU.1
キーワードnucleosome / transcription factor / transcription / chromatin binding protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / follicular B cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / germinal center B cell differentiation ...positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / follicular B cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / germinal center B cell differentiation / lymphocyte differentiation / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / granulocyte differentiation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / pericyte cell differentiation / lymphoid progenitor cell differentiation / immature B cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / defense response to tumor cell / vasculature development / positive regulation of p38MAPK cascade / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of B cell differentiation / STAT family protein binding / interleukin-6-mediated signaling pathway / NFAT protein binding / cellular response to ethanol / macrophage differentiation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Meiotic synapsis / protein sequestering activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / epigenetic regulation of gene expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / erythrocyte differentiation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / regulation of erythrocyte differentiation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / positive regulation of miRNA transcription / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Metalloprotease DUBs / histone deacetylase binding / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / UCH proteinases
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site ...Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor PU.1 / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2A type 2-C / Histone H2B type 2-E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lian T / Guan R / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of synergistic targeting of the CX3CR1 nucleosome by PU.1 and C/EBPα.
著者: Tengfei Lian / Ruifang Guan / Bing-Rui Zhou / Yawen Bai /
要旨: Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA ...Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA targets remains elusive. Here we report the structures of the nucleosome containing the mouse genomic CX3CR1 enhancer DNA and its complexes with PU.1 alone and with both PU.1 and the C/EBPα DNA binding domain. Our structures reveal that PU.1 binds the DNA motif at the exit linker, shifting 17 bp of DNA into the core region through interactions with H2A, unwrapping ~20 bp of nucleosomal DNA. C/EBPα binding, aided by PU.1's repositioning, unwraps ~25 bp of entry DNA. The PU.1 Q218H mutation, linked to acute myeloid leukemia, disrupts PU.1-H2A interactions. PU.1 and C/EBPα jointly displace linker histone H1 and open the H1-condensed nucleosome array. Our study unveils how two pioneer factors can work cooperatively to open closed chromatin by altering DNA positioning in the nucleosome.
履歴
登録2022年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.12088769 - 0.24030998
平均 (標準偏差)-0.00009860038 (±0.006688974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 253.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28629_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28629_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nucleosome PU.1 complex

全体名称: nucleosome PU.1 complex
要素
  • 複合体: nucleosome PU.1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • DNA: DNA (162-MER)
    • DNA: DNA (162-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Single-chain variable fragment
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor PU.1

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超分子 #1: nucleosome PU.1 complex

超分子名称: nucleosome PU.1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

-
分子 #3: Histone H2A type 2-C

分子名称: Histone H2A type 2-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.017428 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKSRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YMAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHKAKSK

UniProtKB: Histone H2A type 2-C

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分子 #4: Histone H2B type 2-E

分子名称: Histone H2B type 2-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.951239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 2-E

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分子 #7: Single-chain variable fragment

分子名称: Single-chain variable fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.030146 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ASLGERVTIT CKASQDIRSY LSWYQQKPWK SPKTLIYYAT SLADGVPSRF SGSGSGQDFS LTINNLESDD TA TYYCLQH GESPYTFGSG TKLEIKRA

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分子 #8: Transcription factor PU.1

分子名称: Transcription factor PU.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.81975 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGMLQACKM EGFSLTAPPS DDLVTYDSEL YQRPMHDYYS FVGSDGESHS DHYWDFSAHH VHNNEFENFP ENHFTELQS VQPPQLQQLY RHMELEQMHV LDTPMVPPHT GLSHQVSYMP RMCFPYQTLS PAHQQSSDEE EGERQSPPLE V SDGEADGL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGMLQACKM EGFSLTAPPS DDLVTYDSEL YQRPMHDYYS FVGSDGESHS DHYWDFSAHH VHNNEFENFP ENHFTELQS VQPPQLQQLY RHMELEQMHV LDTPMVPPHT GLSHQVSYMP RMCFPYQTLS PAHQQSSDEE EGERQSPPLE V SDGEADGL EPGPGLLHGE TGSKKKIRLY QFLLDLLRSG DMKDSIWWVD KDKGTFQFSS KHKEALAHRW GIQKGNRKKM TY QKMARAL RNYGKTGEVK KVKKKLTYQF SGEVLGRGGL AERRLPPH

UniProtKB: Transcription factor PU.1

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分子 #5: DNA (162-MER)

分子名称: DNA (162-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.043855 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT) (DG) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT) (DG) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG) (DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)

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分子 #6: DNA (162-MER)

分子名称: DNA (162-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.965957 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DT)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 89583
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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