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万見
- EMDB-28580: Structure of human ADAM10-Tspan15 complex bound to 11G2 vFab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28580
タイトルStructure of human ADAM10-Tspan15 complex bound to 11G2 vFab
マップデータMap post-processed with DeepEMhancer using the high resolution model
試料
  • 複合体: ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex
    • 複合体: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (E.C.3.4.24.81), Tetraspanin-15
      • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
      • タンパク質・ペプチド: Tetraspanin-15
    • 複合体: 11G2 Fab Heavy Chain, 11G2 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 11G2 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 11G2 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードProtease / Metalloprotease / Tetraspanin / Sheddase / Adhesion / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / ADAM10 endopeptidase / constitutive protein ectodomain proteolysis / regulation of vasculature development / epidermal growth factor receptor ligand maturation / monocyte activation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / postsynapse organization / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / protein catabolic process at postsynapse ...regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / ADAM10 endopeptidase / constitutive protein ectodomain proteolysis / regulation of vasculature development / epidermal growth factor receptor ligand maturation / monocyte activation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / postsynapse organization / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / protein catabolic process at postsynapse / pore complex assembly / perinuclear endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell chemotaxis / tetraspanin-enriched microdomain / regulation of Notch signaling pathway / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / metallodipeptidase activity / adherens junction organization / negative regulation of cell adhesion / regulation of postsynapse organization / clathrin-coated vesicle / Golgi-associated vesicle / Signaling by EGFR / pore complex / amyloid precursor protein catabolic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to tumor necrosis factor / Collagen degradation / tertiary granule membrane / membrane protein ectodomain proteolysis / cochlea development / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / extracellular matrix disassembly / negative regulation of Notch signaling pathway / specific granule membrane / Notch signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / protein maturation / integrin-mediated signaling pathway / protein localization to plasma membrane / adherens junction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Post-translational protein phosphorylation / synaptic membrane / metalloendopeptidase activity / protein processing / SH3 domain binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / metallopeptidase activity / late endosome membrane / integrin binding / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / in utero embryonic development / postsynaptic density / nuclear body / protein phosphorylation / positive regulation of cell migration / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / axon / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / ADAM10, cysteine-rich domain / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin ...: / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / ADAM10, cysteine-rich domain / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 / Tetraspanin-15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lipper CH / Blacklow SC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
Other privateGift from Edward B. Goodnow
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis for membrane-proximal proteolysis of substrates by ADAM10.
著者: Colin H Lipper / Emily D Egan / Khal-Hentz Gabriel / Stephen C Blacklow /
要旨: The endopeptidase ADAM10 is a critical catalyst for the regulated proteolysis of key drivers of mammalian development, physiology, and non-amyloidogenic cleavage of APP as the primary α-secretase. ...The endopeptidase ADAM10 is a critical catalyst for the regulated proteolysis of key drivers of mammalian development, physiology, and non-amyloidogenic cleavage of APP as the primary α-secretase. ADAM10 function requires the formation of a complex with a C8-tetraspanin protein, but how tetraspanin binding enables positioning of the enzyme active site for membrane-proximal cleavage remains unknown. We present here a cryo-EM structure of a vFab-ADAM10-Tspan15 complex, which shows that Tspan15 binding relieves ADAM10 autoinhibition and acts as a molecular measuring stick to position the enzyme active site about 20 Å from the plasma membrane for membrane-proximal substrate cleavage. Cell-based assays of N-cadherin shedding establish that the positioning of the active site by the interface between the ADAM10 catalytic domain and the bound tetraspanin influences selection of the preferred cleavage site. Together, these studies reveal the molecular mechanism underlying ADAM10 proteolysis at membrane-proximal sites and offer a roadmap for its modulation in disease.
履歴
登録2022年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map post-processed with DeepEMhancer using the high resolution model
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å		1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å		1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.108
最小 - 最大-0.019989852 - 1.7453501
平均 (標準偏差)0.00033253848 (±0.010510009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 396.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28580_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_28580_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex

全体名称: ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex
要素
  • 複合体: ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex
    • 複合体: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (E.C.3.4.24.81), Tetraspanin-15
      • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
      • タンパク質・ペプチド: Tetraspanin-15
    • 複合体: 11G2 Fab Heavy Chain, 11G2 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 11G2 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 11G2 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex

超分子名称: ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (E...

超分子名称: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (E.C.3.4.24.81), Tetraspanin-15
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 11G2 Fab Heavy Chain, 11G2 Fab Light Chain

超分子名称: 11G2 Fab Heavy Chain, 11G2 Fab Light Chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10

分子名称: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADAM10 endopeptidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.47734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKTT SAEKNTCQLY IQTDHLFFKY YGTREAVIAQ ISSHVKAIDT IYQTTDFSGI RNISFMVKRI RINTTADEKD PTNPFRFPN IGVEKFLELN SEQNHDDYCL AYVFTDRDFD DGVLGLAWVG APSGSSGGIC EKSKLYSDGK KKSLNTGIIT V QNYGSHVP ...文字列:
DYKDDDDKTT SAEKNTCQLY IQTDHLFFKY YGTREAVIAQ ISSHVKAIDT IYQTTDFSGI RNISFMVKRI RINTTADEKD PTNPFRFPN IGVEKFLELN SEQNHDDYCL AYVFTDRDFD DGVLGLAWVG APSGSSGGIC EKSKLYSDGK KKSLNTGIIT V QNYGSHVP PKVSHITFAH EVGHNFGSPH DSGTECTPGE SKNLGQKENG NYIMYARATS GDKLNNNKFS LCSIRNISQV LE KKRNNCF VESGQPICGN GMVEQGEECD CGYSDQCKDE CCFDANQPEG RKCKLKPGKQ CSPSQGPCCT AQCAFKSKSE KCR DDSDCA REGICNGFTA LCPASDPKPN FTDCNRHTQV CINGQCAGSI CEKYGLEECT CASSDGKDDK ELCHVCCMKK MDPS TCAST GSVQWSRHFS GRTITLQPGS PCNDFRGYCD VFMRCRLVDA DGPLARLKKA IFSPELYENI AEWIVAHWWA VLLMG IALI MLMAGFIKIC SVHTPSSNPK LPPPKPLPGT LKRRRPPQPI QQPQRQRPRE SYQMGHMRR

UniProtKB: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10

+
分子 #2: Tetraspanin-15

分子名称: Tetraspanin-15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.740469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHDDD DKMPRGDSEQ VRYCARFSYL WLKFSLIIYS TVFWLIGALV LSVGIYAEVE RQKYKTLESA FLAPAIILIL LGVVMFMVS FIGVLASLRD NLYLLQAFMY ILGICLIMEL IGGVVALTFR NQTIDFLNDN IRRGIENYYD DLDFKNIMDF V QKKFKCCG ...文字列:
MHHHHHHDDD DKMPRGDSEQ VRYCARFSYL WLKFSLIIYS TVFWLIGALV LSVGIYAEVE RQKYKTLESA FLAPAIILIL LGVVMFMVS FIGVLASLRD NLYLLQAFMY ILGICLIMEL IGGVVALTFR NQTIDFLNDN IRRGIENYYD DLDFKNIMDF V QKKFKCCG GEDYRDWSKN QYHDCSAPGP LACGVPYTCC IRNTTEVVNT MCGYKTIDKE RFSVQDVIYV RGCTNAVIIW FM DNYTIMA GILLGILLPQ FLGVLLTLLY ITRVEDIIME HSVTDGLLGP GAKPSVEAAG TGCCLCYPN

UniProtKB: Tetraspanin-15

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分子 #3: 11G2 Fab Heavy Chain

分子名称: 11G2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.135105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT GYGVNWVRQP PGKGLEWLGV IWGDGTTDYQ STLKSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTVD TARYYCARDG DYGRLDYWGQ GTTLTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN S GSLSSGVH ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT GYGVNWVRQP PGKGLEWLGV IWGDGTTDYQ STLKSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTVD TARYYCARDG DYGRLDYWGQ GTTLTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN S GSLSSGVH TFPAVLQSDL YTLSSSVTVP SSTWPSETVT CNVAHPASST KVDKKIVPRD CLEVLFQ

+
分子 #4: 11G2 Fab Light Chain

分子名称: 11G2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.185803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASLGERVT MTCTVSSSVS SGYLHWYQQK SGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISSMG AEDAATYYC HQYRRSPLTF GAGTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASLGERVT MTCTVSSSVS SGYLHWYQQK SGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISSMG AEDAATYYC HQYRRSPLTF GAGTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNECLEV LFQ

+
分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L...

分子名称: 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: BAT
分子量理論値: 477.64 Da
Chemical component information

ChemComp-BAT:
4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE / バチマスタット / 阻害剤*YM

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分子 #11: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.03 %glyco-diosgenin (GDN)
0.003 %cholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 7 seconds with a blot force of 15.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10037 / 平均露光時間: 1.3 sec. / 平均電子線量: 51.99 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6be6


詳細: PDB 6BE6 was used for the initial model of ADAM10, 6BDZ was used for 11G2 vFab
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 178031
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8esv:
Structure of human ADAM10-Tspan15 complex bound to 11G2 vFab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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