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- EMDB-28539: Structure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28539
タイトルStructure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-red light
マップデータFar-red light-acclimated photosystem II
試料
  • 複合体: Far-red light-acclimated photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 18種
キーワードFar-red / photosystem II / cyanobacteria / chlorophyll / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II extrinsic protein V / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein O ...Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II extrinsic protein V / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein O / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gisriel CJ / Shen G / Flesher DA / Kurashov V / Golbeck JH / Brudvig GW / Amin M / Bryant DA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM140174 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of a dimeric photosystem II complex from a cyanobacterium acclimated to far-red light.
著者: Christopher J Gisriel / Gaozhong Shen / David A Flesher / Vasily Kurashov / John H Golbeck / Gary W Brudvig / Muhamed Amin / Donald A Bryant /
要旨: Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme central to oxygenic photosynthesis. To drive water oxidation, light is harvested by accessory pigments, mostly chlorophyll (Chl) a molecules, which ...Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme central to oxygenic photosynthesis. To drive water oxidation, light is harvested by accessory pigments, mostly chlorophyll (Chl) a molecules, which absorb visible light (400-700 nm). Some cyanobacteria facultatively acclimate to shaded environments by altering their photosynthetic machinery to additionally absorb far-red light (FRL, 700-800 nm), a process termed far-red light photoacclimation or FaRLiP. During far-red light photoacclimation, FRL-PSII is assembled with FRL-specific isoforms of the subunits PsbA, PsbB, PsbC, PsbD, and PsbH, and some Chl-binding sites contain Chls d or f instead of the usual Chl a. The structure of an apo-FRL-PSII monomer lacking the FRL-specific PsbH subunit has previously been determined, but visualization of the dimeric complex has remained elusive. Here, we report the cryo-EM structure of a dimeric FRL-PSII complex. The site assignments for Chls d and f are consistent with those assigned in the previous apo-FRL-PSII monomeric structure. All sites that bind Chl d or Chl f at high occupancy exhibit a FRL-specific interaction of the formyl moiety of the Chl d or Chl f with the protein environment, which in some cases involves a phenylalanine sidechain. The structure retains the FRL-specific PsbH2 subunit, which appears to alter the energetic landscape of FRL-PSII, redirecting energy transfer from the phycobiliprotein complex to a Chl f molecule bound by PsbB2 that acts as a bridge for energy transfer to the electron transfer chain. Collectively, these observations extend our previous understanding of the structure-function relationship that allows PSII to function using lower energy FRL.
履歴
登録2022年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28539.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Far-red light-acclimated photosystem II
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
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表面レベル登録者による: 0.0013
最小 - 最大-0.016514452 - 0.03239517
平均 (標準偏差)0.00003493629 (±0.00065255375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_28539_additional_1.map
注釈Unsharpened map
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ファイルemd_28539_half_map_1.map
注釈Half 1
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試料の構成要素

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全体 : Far-red light-acclimated photosystem II

全体名称: Far-red light-acclimated photosystem II
要素
  • 複合体: Far-red light-acclimated photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLOROPHYLL D
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Far-red light-acclimated photosystem II

超分子名称: Far-red light-acclimated photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3, #1-#2, #4-#16
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 39.958668 KDa
配列文字列: MTTLIQRPNI SQWERFCQWI TSTENRLYIG WFGVLMLPLL GVSITVFVTA FIAAPPVDID GIREPLSGSL LYGNNIITAA VVPTSNAIG LHFYPIWEAA TLDEWLYNGG PYQMIAFHYI PALLCYLGRE WELSYRLGMR PWICIAYSAP VAATISVFLI Y PIGQGSFS ...文字列:
MTTLIQRPNI SQWERFCQWI TSTENRLYIG WFGVLMLPLL GVSITVFVTA FIAAPPVDID GIREPLSGSL LYGNNIITAA VVPTSNAIG LHFYPIWEAA TLDEWLYNGG PYQMIAFHYI PALLCYLGRE WELSYRLGMR PWICIAYSAP VAATISVFLI Y PIGQGSFS DGLPMGISGT FNFMFVFQAE HNILMHPFHM LGVAGVLGGS LFCAMHGSLV TSSLVRETSD SQSQNEGYKF GQ EEETYNI LAAHGYFGRL IFQYASFNNS RQLHFFLAAW PVVCIWFVAL GISTMAFNLN GFNFNHSVLD SQGRVLPSWA DVV NRASLG FEVMHERNAH NFPLDLASGE SVQVAMRAPH IGA

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 56.44098 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT SVLNDPGRLI AVHIMHNALC AGFAGSMLLF ELALFDPSDP VLNPMWRQGC FLMPFVSRLG VVNSWQGWSV TGETFTNPG FWTFETVAIA HIIFSGLSFL AACWHWVYWD VATFFDPKTD EPVIDLPKVF GIHLTLAGIL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV ...文字列:
MGLPWYRVHT SVLNDPGRLI AVHIMHNALC AGFAGSMLLF ELALFDPSDP VLNPMWRQGC FLMPFVSRLG VVNSWQGWSV TGETFTNPG FWTFETVAIA HIIFSGLSFL AACWHWVYWD VATFFDPKTD EPVIDLPKVF GIHLTLAGIL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV SDPLGLTGHI QGVAPEWGAA GFDPHNPGGV VAHHIALGIV AIIGGLFHIF VRPPEYLYKG LRMGNIEGTL AS GLAVFFS GAFIAAGTMW YGTATTPIEL WGPTRYQWDQ GFFQQAISRQ VKASISDGKS PSEAWSEIPT KLAFYDYIGN SPA KGGLFR VGRMVDGDGL PTGWLGHPVF KDGEGRELTV RRMPNFFENF PVVLFDQDGI VRADIPFRQA ESKYGIEQTG VTVS FYGGE LDGQTFSDPK DVKKYARRAQ LGEPFEFDRS VYDSDGLFRT SNRGFFAFFH VIFGLLWFFG HIWHGLRALF QDVFS GIDP SLSAEQVEWG YFKKVGDPTS QQTPA

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 52.375664 KDa
配列文字列: METPLETIPD LSLSPTAEVG SILAPASPGY DEATSGYAWW AGNARLITPE LTGRFLGAHV AHAGLVALWA GGMLLFEVSH FNLSKPMYE QGCILMPHIA TLGIGVGQSG EITSMFPFFA IGVAHLIGSA VLGIGGMYHA IKGPEKLYGF FQFDWTDRAK V AQILGFHI ...文字列:
METPLETIPD LSLSPTAEVG SILAPASPGY DEATSGYAWW AGNARLITPE LTGRFLGAHV AHAGLVALWA GGMLLFEVSH FNLSKPMYE QGCILMPHIA TLGIGVGQSG EITSMFPFFA IGVAHLIGSA VLGIGGMYHA IKGPEKLYGF FQFDWTDRAK V AQILGFHI AILGIFALLF AAKAMYWGGL YDPWAPGGGD VRLVTNPTLD PRIIFGYLIK RPTGGEGWIV SVNNLEDIIG GH IWIGCIL IAGGIWHILV PPLRWTYNLF PWTGETYLSQ SLGNVAGQAF IAAAFIWFNN TAYPSVFYGP TVPESSQAQS FVF LMRDQG MGADVASAQG PTGLGKYLQR SPTGEIIFGG ETMRFWDARA PWLEPLRGKN GLDLDKLQHD VQPWQLRRAA EYMT HSPIG SLNSVAGLAT ESNAFNYVSP RTWLASAHFI FGFFFLVGHL WHAGRARAAA AGFETGLDRE DEPVLSMAPI DPSLR SD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 39.596496 KDa
配列文字列: MTITMGSLGS ARDWIKQLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC SFLAIGAWFT GTTFVTSWYT HGLVSSYLEG CNFLTVAVST PAESMGHSL LLLWGPEASG DFVRWCQIGG LWTFTALHGV FGLIGFMLRQ IEIARLVGIR PYNAIAFSAP IAVYCATFLI Y PLGQSSWF ...文字列:
MTITMGSLGS ARDWIKQLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC SFLAIGAWFT GTTFVTSWYT HGLVSSYLEG CNFLTVAVST PAESMGHSL LLLWGPEASG DFVRWCQIGG LWTFTALHGV FGLIGFMLRQ IEIARLVGIR PYNAIAFSAP IAVYCATFLI Y PLGQSSWF FGPGFGVSAI FRFLLFFQGF HNYTLNPFHM MGVTGVLGGA LLCAIHGATV QNTLFRDNQS KNTFKGFSTD QG EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGMA GLAFNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGLR AWLSEMDQPA KKFVFPDEVL PRGFSE

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 9.136276 KDa
配列文字列:
MAGVTGERPF GDIVTSVRYW IIHSITIPAL FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPNEYYPSNQ MELPIVDDRY NPDRTLKYQD

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 5.02396 KDa
配列文字列:
MTNIGREQPI SYPIFTIRWL AIHALAIPSV FFLGSIAAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 7.247715 KDa
配列文字列:
MRQKYVSNKA APLQYPLRKL NSEAGKVVPG WGTAPLMGIM LIALLLFILT ILQLYNGTVI VEGIDV

UniProtKB: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 4.229917 KDa
配列文字列:
MVTLKIVVYL TVSFFVGLFI FGFLSGDPAR NPSGRDFD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 5.069053 KDa
配列文字列:
MDVAFLVAEL PEAYRAFGPL IDVLPILPIF FLLLAFVWQA SVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 4.566261 KDa
配列文字列:
MADRPTNPNK QPVELNRTSL YLGLLVVFVT GLLFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 3.980772 KDa
配列文字列:
METNKLGFVA SVLFVFVPTV FLLILYIQTA SKKTGT

+
分子 #12: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide

分子名称: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 29.319096 KDa
配列文字列: MIATVLVLTL GLLTACSGTK IAGDSLTYDD IRGSGLANDC PALTGTNMDA IPLEGSQPYQ IRSLCLQPQT FLVETFPSVN GQLKKQAGR FVEGKLLTRS SFTLDQVSGQ LQKASNGALT FVEQGGFDFQ PVTVQIPNGD RVPLLFTVKG LVAKTAEAID T IRPSTRFS ...文字列:
MIATVLVLTL GLLTACSGTK IAGDSLTYDD IRGSGLANDC PALTGTNMDA IPLEGSQPYQ IRSLCLQPQT FLVETFPSVN GQLKKQAGR FVEGKLLTRS SFTLDQVSGQ LQKASNGALT FVEQGGFDFQ PVTVQIPNGD RVPLLFTVKG LVAKTAEAID T IRPSTRFS GSFDVPPYRT SSFIDPKGRG LAVGYDAAVG IPIQADREAF SRQNNKSFKV GTGNIVLQVD RVNQSTGEIS GS FESQQPS DTDFGSKPAM TVKILGQFYS RITPEIA

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein O

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 3.606362 KDa
配列文字列:
MEAVAYILIF ACIIGTLFFA IAFREPPKIT KD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #14: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

分子名称: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 17.325834 KDa
配列文字列:
MKLAIRKALG RWLVFGITLM IVQGFMLSGS SLSAMASPSN SNTAFFANGQ INGITLLANA GGKDLRNTVD DKLATAYGSK IDVNNTNIA AFRKHRGLYP TIAGKVVSNA PYDSIEDILD IPGLREVEKD RLQKNMDIFT ISDPVPALVE GADRFNNGVY K

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein U

+
分子 #15: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 18.814387 KDa
配列文字列:
MKKVFQKFAW WMATFVFVAI GLFGAGPLVE GAIAAELDAN LRTIPLNEAG DTVTLSLEEF TRGQQKFNNA CAICHLGGIT KTNPNVGLD TESLAGAFPD RNNLEGLVDY LHNPTTYDGL TEISELHPST KSSDIYPKMR NLTEDDLRAI SGHILLMPKI R GDQWGAGK TKSL

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein V

+
分子 #16: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 4.273182 KDa
配列文字列:
MTPSLTNFML SLLAGLLIVV VPATIALIFI SQRDQIRRG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #17: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #18: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #19: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 60 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #21: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 14 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #23: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #24: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #25: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #27: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 8 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 6 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #29: CHLOROPHYLL D

分子名称: CHLOROPHYLL D / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: CL7
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D

+
分子 #30: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #31: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #32: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #33: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 590 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.65 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sa3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90191
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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