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- EMDB-28278: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28278
タイトルHexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
    • 複合体: Interleukin-21
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-21
    • 複合体: Interleukin-21 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-21 receptor
    • 複合体: Cytokine receptor common subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
キーワードIL-21 / receptor / complex / signaling / CYTOKINE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Abhiraman GC / Jude KM / Caveney NA / Garcia KC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: A structural blueprint for interleukin-21 signal modulation.
著者: Gita C Abhiraman / Theodora U J Bruun / Nathanael A Caveney / Leon L Su / Robert A Saxton / Qian Yin / Shaogeng Tang / Mark M Davis / Kevin M Jude / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and ...Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and association with autoimmune disease. To better understand the structural basis of IL-21 signaling, we determine the structure of the IL-21-IL-21R-γc ternary signaling complex by X-ray crystallography and a structure of a dimer of trimeric complexes using cryo-electron microscopy. Guided by the structure, we design analogs of IL-21 by introducing substitutions to the IL-21-γc interface. These IL-21 analogs act as partial agonists that modulate downstream activation of pS6, pSTAT3, and pSTAT1. These analogs exhibit differential activity on T and B cell subsets and modulate antibody production in human tonsil organoids. These results clarify the structural basis of IL-21 signaling and offer a potential strategy for tunable manipulation of humoral immunity.
履歴
登録2022年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28278.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.656 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.656 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.656 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.09090652 - 2.1924708
平均 (標準偏差)0.0006294099 (±0.021631746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.656 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28278_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_28278_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_28278_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg

全体名称: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
要素
  • 複合体: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
    • 複合体: Interleukin-21
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-21
    • 複合体: Interleukin-21 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-21 receptor
    • 複合体: Cytokine receptor common subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma

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超分子 #1: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg

超分子名称: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Interleukin-21

超分子名称: Interleukin-21 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Interleukin-21 receptor

超分子名称: Interleukin-21 receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Cytokine receptor common subunit gamma

超分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-21

分子名称: Interleukin-21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QGQDRHMIRM RQLIDIVDQL KNYVNDLVPE FLPAPEDVET NCEWSAFSCF QKAQLKSANT GNNERIIQVS IKKLKRKPPS TNAGRRQKHR LTCPSCDSYE KKPPKEFLER FKSLLQKMIH QHLSSRTHGS EDSGAPGSHH HHHH

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分子 #2: Interleukin-21 receptor

分子名称: Interleukin-21 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: CPDLVCYTDY LQTVICILEM WNLHPSTLTL TWQDQYEELK DEATSCSLHR SAHNATHATY TCHMDVFHFM ADDIFSVQIT DQSGQYSQEC GSFLLAESIK PAPPFDVTVT FSGQYQISWR SDYEDPAFYM LKGKLQYELQ YRNRGDPWAV SPRRKLISVD SRSVSLLPLE ...文字列:
CPDLVCYTDY LQTVICILEM WNLHPSTLTL TWQDQYEELK DEATSCSLHR SAHNATHATY TCHMDVFHFM ADDIFSVQIT DQSGQYSQEC GSFLLAESIK PAPPFDVTVT FSGQYQISWR SDYEDPAFYM LKGKLQYELQ YRNRGDPWAV SPRRKLISVD SRSVSLLPLE FRKDSSYELQ VRAGPMPGSS YQGTWSEWSD PVIFQTQSEE KAASGRGLND IFEAQKIEWH EHHHHHH

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分子 #3: Cytokine receptor common subunit gamma

分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PLPLPEVQCF VFNVEYMNCT WQSSSEPQPT NLTLHYWYKN SDNDKVQKCS HYLFSEEITS GCQLQKKEIH LYQTFVVQLQ DPREPRRQAT QMLKLQNLVI PWAPENLTLH KLSESQLELN WNNRFLNHCL EHLVQYRTDW DHSWTEQSVD YRHKFSLPSV DGQKRYTFRV ...文字列:
PLPLPEVQCF VFNVEYMNCT WQSSSEPQPT NLTLHYWYKN SDNDKVQKCS HYLFSEEITS GCQLQKKEIH LYQTFVVQLQ DPREPRRQAT QMLKLQNLVI PWAPENLTLH KLSESQLELN WNNRFLNHCL EHLVQYRTDW DHSWTEQSVD YRHKFSLPSV DGQKRYTFRV RSRFNPLCGS AQHWSEWSHP IHWGSNTSKE NHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 57295
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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