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万見
- EMDB-28276: E. coli CsgA fibril (218-pixel box size) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28276
タイトルE. coli CsgA fibril (218-pixel box size)
マップデータE coli CsgA fibril (218 pixel box size) sharpened map
試料
  • 複合体: E. coli CsgA fibril
    • タンパク質・ペプチド: Major curlin subunit
キーワードCurli / CsgA fibril / biofilm / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Curlin associated / Curlin associated repeat / regulation of amyloid fibril formation / single-species biofilm formation / pilus / amyloid fibril formation / cell adhesion / identical protein binding / Major curlin subunit
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bu F / Liu B
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: mBio / 年: 2024
タイトル: Structural insight into CsgA amyloid fibril assembly.
著者: Fan Bu / Derek R Dee / Bin Liu /
要旨: The discovery of functional amyloids in bacteria dates back several decades, and our understanding of the curli biogenesis system has gradually expanded over time. However, due to its high ...The discovery of functional amyloids in bacteria dates back several decades, and our understanding of the curli biogenesis system has gradually expanded over time. However, due to its high aggregation propensity and intrinsically disordered nature, CsgA, the main structural component of curli fibrils, has eluded comprehensive structural characterization. Recent advancements in cryo-electron microscopy (cryo-EM) offer a promising tool to achieve high-resolution structural insights into CsgA fibrils. In this study, we outline an approach to addressing the colloidal instability challenges associated with CsgA, achieved through engineering and electrostatic repulsion. Then, we present the cryo-EM structure of CsgA fibrils at 3.62 Å resolution. This structure provides new insights into the cross-β structure of CsgA. Additionally, our study identifies two distinct spatial arrangements within several CsgA fibrils, a 2-CsgA-fibril pair and a 3-CsgA-fibril bundle, shedding light on the intricate hierarchy of the biofilm extracellular matrix and laying the foundation for precise manipulation of CsgA-derived biomaterials.IMPORTANCEThe visualization of the architecture of CsgA amyloid fibril has been a longstanding research question, for which a high-resolution structure is still unavailable. CsgA serves as a major subunit of curli, the primary component of the extracellular matrix generated by bacteria. The support provided by this extracellular matrix enables bacterial biofilms to resist antibiotic treatment, significantly impacting human health. CsgA has been identified in members of , with pathogenic being the most well-known model system. Our novel insights into the structure of CsgA protofilaments form the basis for drug design targeting diseases associated with biofilms. Additionally, CsgA is widely researched in biomaterials due to its self-assembly characteristics. The resolved spatial arrangements of CsgA amyloids revealed in our study will further enhance the precision design of functional biomaterials. Therefore, our study uniquely contributes to the understanding of CsgA amyloids for both microbiology and material science.
履歴
登録2022年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E coli CsgA fibril (218 pixel box size) sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8853 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.0967815 - 1.4946903
平均 (標準偏差)0.0034113 (±0.03935608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ218218218
Spacing218218218
セルA=B=C: 192.99539 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: E coli CsgA fibril (218 pixel box size) unsharpened map

ファイルemd_28276_additional_1.map
注釈E coli CsgA fibril (218 pixel box size) unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E coli CsgA fibril (218 pixel box size) half-A map

ファイルemd_28276_half_map_1.map
注釈E coli CsgA fibril (218 pixel box size) half-A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E coli CsgA fibril (218 pixel box size) half-B map

ファイルemd_28276_half_map_2.map
注釈E coli CsgA fibril (218 pixel box size) half-B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli CsgA fibril

全体名称: E. coli CsgA fibril
要素
  • 複合体: E. coli CsgA fibril
    • タンパク質・ペプチド: Major curlin subunit

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超分子 #1: E. coli CsgA fibril

超分子名称: E. coli CsgA fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Major curlin subunit

分子名称: Major curlin subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 14.095764 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGVVPQYGGG GNHGGGGNNS GPNSELNIYQ YGGGNSALAL QTDCRNSDLT ITQHGGGNGA DVGQGSDDSS IDLTQRGFGN SATLDQWNG KNSEMTVKQF GGGNGAAVDQ TASNSSVNVT QCGFGNNATA HQYHHHHHH

UniProtKB: Major curlin subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 10.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7550 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 75300
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 360809
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8enq:
E. coli CsgA fibril (218-pixel box size)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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