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- EMDB-28218: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (50S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28218
タイトルE. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (50S Focus Refinement)
マップデータE. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (50S Focus Refinement)
試料
  • 複合体: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C
    • 複合体: 50S Subunit
    • 複合体: 30S Subunit
キーワードRNA / thermophile / A loop / RIBOSOME
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Nissley AJ / Penev PI / Watson ZL / Banfield JF / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002182 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Rare ribosomal RNA sequences from archaea stabilize the bacterial ribosome.
著者: Amos J Nissley / Petar I Penev / Zoe L Watson / Jillian F Banfield / Jamie H D Cate /
要旨: The ribosome serves as the universally conserved translator of the genetic code into proteins and supports life across diverse temperatures ranging from below freezing to above 120°C. Ribosomes are ...The ribosome serves as the universally conserved translator of the genetic code into proteins and supports life across diverse temperatures ranging from below freezing to above 120°C. Ribosomes are capable of functioning across this wide range of temperatures even though the catalytic site for peptide bond formation, the peptidyl transferase center, is nearly universally conserved. Here we find that Thermoproteota, a phylum of thermophilic Archaea, substitute cytidine for uridine at large subunit rRNA positions 2554 and 2555 (Escherichia coli numbering) in the A loop, immediately adjacent to the binding site for the 3'-end of A-site tRNA. We show by cryo-EM that E. coli ribosomes with uridine to cytidine mutations at these positions retain the proper fold and post-transcriptional modification of the A loop. Additionally, these mutations do not affect cellular growth, protect the large ribosomal subunit from thermal denaturation, and increase the mutational robustness of nucleotides in the peptidyl transferase center. This work identifies sequence variation across archaeal ribosomes in the peptidyl transferase center that likely confers stabilization of the ribosome at high temperatures and develops a stable mutant bacterial ribosome that can act as a scaffold for future ribosome engineering efforts.
履歴
登録2022年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (50S Focus Refinement)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 364.276 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 364.276 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 364.276 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8279 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0614
最小 - 最大-0.15530267 - 0.3731749
平均 (標準偏差)0.00064248615 (±0.009536737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 364.276 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C...

ファイルemd_28218_half_map_1.map
注釈E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (Half Map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C...

ファイルemd_28218_half_map_2.map
注釈E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C (Half Map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C

全体名称: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C
要素
  • 複合体: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C
    • 複合体: 50S Subunit
    • 複合体: 30S Subunit

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超分子 #1: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C

超分子名称: E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
分子量理論値: 850 KDa

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超分子 #2: 50S Subunit

超分子名称: 50S Subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #27-#54
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21

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超分子 #3: 30S Subunit

超分子名称: 30S Subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#26
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HCl
100.0 mMAmmonium Chloride
0.5 mMDisodium EDTA
2.0 mMDTT
15.0 mMMagnesium Chloride
2.0 mMSpermidine
0.05 mMSpermine
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1614362
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7k00

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 114493
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k00


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 38.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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