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- EMDB-28195: SV40 T-Antigen helicase hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28195
タイトルSV40 T-Antigen helicase hexamer
マップデータ
試料
  • 複合体: SV40 T-Antigen
    • タンパク質・ペプチド: SV40 large antigen
キーワードSV40 T-Antigen / VIRAL PROTEIN
生物種Betapolyomavirus macacae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Yuan Z / Langston L / Georgescu R / Li H / O'Donnell M
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)M.E.O. 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: SV40 T-antigen uses a DNA shearing mechanism to initiate origin unwinding.
著者: Lance D Langston / Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: Duplication of DNA genomes requires unwinding of the double-strand (ds) DNA so that each single strand (ss) can be copied by a DNA polymerase. The genomes of eukaryotic cells are unwound by two ring- ...Duplication of DNA genomes requires unwinding of the double-strand (ds) DNA so that each single strand (ss) can be copied by a DNA polymerase. The genomes of eukaryotic cells are unwound by two ring-shaped hexameric helicases that initially encircle dsDNA but transition to ssDNA for function as replicative helicases. How the duplex is initially unwound, and the role of the two helicases in this process, is poorly understood. We recently described an initiation mechanism for eukaryotes in which the two helicases are directed inward toward one another and shear the duplex open by pulling on opposite strands of the duplex while encircling dsDNA [L. D. Langston, M. E. O'Donnell, , e46515 (2019)]. Two head-to-head T-Antigen helicases are long known to be loaded at the SV40 origin. We show here that T-Antigen tracks head (N-tier) first on ssDNA, opposite the direction proposed for decades. We also find that SV40 T-Antigen tracks directionally while encircling dsDNA and mainly tracks on one strand of the duplex in the same orientation as during ssDNA translocation. Further, two inward directed T-Antigen helicases on dsDNA are able to melt a 150-bp duplex. These findings explain the "rabbit ear" DNA loops observed at the SV40 origin by electron microscopy and reconfigure how the DNA loops emerge from the double hexamer relative to earlier models. Thus, the mechanism of DNA shearing by two opposing helicases is conserved in a eukaryotic viral helicase and may be widely used to initiate origin unwinding of dsDNA genomes.
履歴
登録2022年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.028409816 - 0.08780257
平均 (標準偏差)0.00037559983 (±0.0030752094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 296.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28195_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28195_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SV40 T-Antigen

全体名称: SV40 T-Antigen
要素
  • 複合体: SV40 T-Antigen
    • タンパク質・ペプチド: SV40 large antigen

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超分子 #1: SV40 T-Antigen

超分子名称: SV40 T-Antigen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Betapolyomavirus macacae (ウイルス)

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分子 #1: SV40 large antigen

分子名称: SV40 large antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Betapolyomavirus macacae (ウイルス)
配列文字列: MDKVLNREES LQLMDLLGLE RSAWGNIPLM RKAYLKKCKE FHPDKGGDEE KMKKMNTLYK KMEDGVKYAH QPDFGGFWDA TEIPTYGTDE WEQWWNAFNE ENLFCSEEMP SSDDEATADS QHSTPPKKKR KVEDPKDFPS ELLSFLSHAV FSNRTLACFA IYTTKEKAAL ...文字列:
MDKVLNREES LQLMDLLGLE RSAWGNIPLM RKAYLKKCKE FHPDKGGDEE KMKKMNTLYK KMEDGVKYAH QPDFGGFWDA TEIPTYGTDE WEQWWNAFNE ENLFCSEEMP SSDDEATADS QHSTPPKKKR KVEDPKDFPS ELLSFLSHAV FSNRTLACFA IYTTKEKAAL LYKKIMEKYS VTFISRHNSY NHNILFFLTP HRHRVSAINN YAQKLCTFSF LICKGVNKEY LMYSALTRDP FSVIEESLPG GLKEHDFNPE EAEETKQVSW KLVTEYAMET KCDDVLLLLG MYLEFQYSFE MCLKCIKKEQ PSHYKYHEKH YANAAIFADS KNQKTICQQA VDTVLAKKRV DSLQLTREQM LTNRFNDLLD RMDIMFGSTG SADIEEWMAG VAWLHCLLPK MDSVVYDFLK CMVYNIPKKR YWLFKGPIDS GKTTLAAALL ELCGGKALNV NLPLDRLNFE LGVAIDQFLV VFEDVKGTGG ESRDLPSGQG INNLDNLRDY LDGSVKVNLE KKHLNKRTQI FPPGIVTMNE FSVPKTLQAR FVKQIDFRAK DYLKHCLERS EFLLEKRIIQ SGIALLLMLI WYRPVAEFAQ SIQSRIVEWK ERLDKEFSLS VYQKMKFNVA MGIGVLDWLR NSDDDDEDSQ ENADKNEDGG EKNMEDSGHE TGIDSQSQGS FQAPQSSQSV HDHNQPYHIC RGFTCFKKPP TPPPEPET

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1n25

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22375
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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