[日本語] English
万見
- EMDB-28181: Structure of lineage VII Lassa virus glycoprotein complex (strain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28181
タイトルStructure of lineage VII Lassa virus glycoprotein complex (strain Togo/2016/7082)
マップデータ
試料
  • 複合体: Lassa mammarenavirus GPC
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードglycoprotein complex / Lassa mammarenavirus / LASV / GPC / immune system / viral fusion protein / Lassa virus / lineage VI / Togo/2016/7082 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa mammarenavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Perrett HR / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural conservation of Lassa virus glycoproteins and recognition by neutralizing antibodies.
著者: Hailee R Perrett / Philip J M Brouwer / Jonathan Hurtado / Maddy L Newby / Lin Liu / Helena Müller-Kräuter / Sarah Müller Aguirre / Judith A Burger / Joey H Bouhuijs / Grace Gibson / ...著者: Hailee R Perrett / Philip J M Brouwer / Jonathan Hurtado / Maddy L Newby / Lin Liu / Helena Müller-Kräuter / Sarah Müller Aguirre / Judith A Burger / Joey H Bouhuijs / Grace Gibson / Terrence Messmer / John S Schieffelin / Aleksandar Antanasijevic / Geert-Jan Boons / Thomas Strecker / Max Crispin / Rogier W Sanders / Bryan Briney / Andrew B Ward /
要旨: Lassa fever is an acute hemorrhagic fever caused by the zoonotic Lassa virus (LASV). The LASV glycoprotein complex (GPC) mediates viral entry and is the sole target for neutralizing antibodies. ...Lassa fever is an acute hemorrhagic fever caused by the zoonotic Lassa virus (LASV). The LASV glycoprotein complex (GPC) mediates viral entry and is the sole target for neutralizing antibodies. Immunogen design is complicated by the metastable nature of recombinant GPCs and the antigenic differences among phylogenetically distinct LASV lineages. Despite the sequence diversity of the GPC, structures of most lineages are lacking. We present the development and characterization of prefusion-stabilized, trimeric GPCs of LASV lineages II, V, and VII, revealing structural conservation despite sequence diversity. High-resolution structures and biophysical characterization of the GPC in complex with GP1-A-specific antibodies suggest their neutralization mechanisms. Finally, we present the isolation and characterization of a trimer-preferring neutralizing antibody belonging to the GPC-B competition group with an epitope that spans adjacent protomers and includes the fusion peptide. Our work provides molecular detail information on LASV antigenic diversity and will guide efforts to design pan-LASV vaccines.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28181.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 230. Å		1.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 230. Å		1.15 Å/pix.
x 200 pix.
= 230. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.138
最小 - 最大-0.2252665 - 0.8662301
平均 (標準偏差)0.001178245 (±0.025427004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 230.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_28181_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_28181_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_28181_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_28181_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Lassa mammarenavirus GPC

全体名称: Lassa mammarenavirus GPC
要素
  • 複合体: Lassa mammarenavirus GPC
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Lassa mammarenavirus GPC

超分子名称: Lassa mammarenavirus GPC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: GPC protein codon-optimized and expressed in HEK 293F cells using covalently-linked I53-50A trimerization scaffold.
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 株: Togo/2016/7082
分子量理論値: 275 KDa

-
分子 #1: Glycoprotein GP1

分子名称: Glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 22.180051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LIYKGSYELQ TLELNMETLN MTMPLSCTKN SSHHYIRVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKRNLY DHALMSILST FHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL SHAYAVDAAE HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGCG NWDCIMTSYQ Y LIIQNTTW ...文字列:
LIYKGSYELQ TLELNMETLN MTMPLSCTKN SSHHYIRVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKRNLY DHALMSILST FHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL SHAYAVDAAE HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGCG NWDCIMTSYQ Y LIIQNTTW EDHCQFSRPS PIGYLGLLSQ RTRDIYIS

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

-
分子 #2: Glycoprotein GP2

分子名称: Glycoprotein GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.176748 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GTFTWTLSDS EGNETPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKSP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDM MCIPYCNYSK YWYLNHTSSG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y IDRQG

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

-
分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Wait time 10 s; blotting time varied between 3-7 s; blotting force of 0.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 71504
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sgd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 71504
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7sgd


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8ejg:
Structure of lineage VII Lassa virus glycoprotein complex (strain Togo/2016/7082)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る