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万見
- EMDB-28139: Toxoplasma gondii apical complex (ionophore stimulated) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28139
タイトルToxoplasma gondii apical complex (ionophore stimulated)
マップデータIonophore stimulated Toxoplasma gondii
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)
キーワードToxoplasma gondii / apical complex / ionophore stimulated / CELL INVASION
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Segev-Zarko L / Sun SY / Kim CY / Egan ES / Chiu W / Boothroyd JC
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
Other privateChan Zuckerberg Biohub Intercampus Team Award
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM121203 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP2HL137186 米国
Other privateStanford Maternal Child Health Research Institute
Other privateVaadia-BARD FI-582-2018
Other privateStanford School of Medicine Deans Postdoctoral Fellowship
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022
タイトル: Cryo-electron tomography with mixed-scale dense neural networks reveals key steps in deployment of invasion machinery.
著者: Li-Av Segev-Zarko / Peter D Dahlberg / Stella Y Sun / Daniël M Pelt / Chi Yong Kim / Elizabeth S Egan / James A Sethian / Wah Chiu / John C Boothroyd /
要旨: Host cell invasion by intracellular, eukaryotic parasites within the phylum Apicomplexa is a remarkable and active process involving the coordinated action of apical organelles and other structures. ...Host cell invasion by intracellular, eukaryotic parasites within the phylum Apicomplexa is a remarkable and active process involving the coordinated action of apical organelles and other structures. To date, capturing how these structures interact during invasion has been difficult to observe in detail. Here, we used cryogenic electron tomography to image the apical complex of tachyzoites under conditions that mimic resting parasites and those primed to invade through stimulation with calcium ionophore. Through the application of mixed-scale dense networks for image processing, we developed a highly efficient pipeline for annotation of tomograms, enabling us to identify and extract densities of relevant subcellular organelles and accurately analyze features in 3-D. The results reveal a dramatic change in the shape of the anteriorly located apical vesicle upon its apparent fusion with a rhoptry that occurs only in the stimulated parasites. We also present information indicating that this vesicle originates from the vesicles that parallel the intraconoidal microtubules and that the latter two structures are linked by a novel tether. We show that a rosette structure previously proposed to be involved in rhoptry secretion is associated with apical vesicles beyond just the most anterior one. This result, suggesting multiple vesicles are primed to enable rhoptry secretion, may shed light on the mechanisms employs to enable repeated invasion attempts. Using the same approach, we examine merozoites and show that they too possess an apical vesicle just beneath a rosette, demonstrating evolutionary conservation of this overall subcellular organization.
履歴
登録2022年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ionophore stimulated Toxoplasma gondii
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.16 Å
密度
最小 - 最大-6.50961 - 5.3333635
平均 (標準偏差)0.046263814 (±0.23100823)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-16166
サイズ960928331
Spacing928960331
セルA: 13140.4795 Å / B: 13593.6 Å / C: 4686.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)

全体名称: The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)

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超分子 #1: The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)

超分子名称: The apical complex of Toxoplasma gondii (ionophore stimulated)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: RH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: Hanks balanced salt solution (HBSS)
詳細: HBSS without calcium, magnesium or phenol red, supplemented with 1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaHCO3, 20 mM HEPES, pH 7, and 1 uM calcium ionophore (A23187).
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Tachyzoites were released from heavily infected monolayers of HFFs by mechanical disruption of the monolayers using disposable scrapers and passage through a 25-gauge syringe into HBSS
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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