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万見
- EMDB-28120: DH272.2 Fab in Complex with CH848 TF DS SOSIP Env -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28120
タイトルDH272.2 Fab in Complex with CH848 TF DS SOSIP Env
マップデータDH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env
試料
  • 複合体: Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env
    • 複合体: DH272.2 Fab
    • 複合体: CH848 TF DS SOSIP Env
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.35 Å
データ登録者Fera D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI150484 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Analysis of two cooperating antibodies unveils immune pressure imposed on HIV Env to elicit a V3-glycan supersite broadly neutralizing antibody lineage.
著者: Maxwell T Finkelstein / Emma Parker Miller / Molly C Erdman / Daniela Fera /
要旨: Elicitation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a goal of vaccine design as a strategy for targeting highly divergent strains of HIV-1. Current HIV-1 vaccine design efforts seek to elicit ...Elicitation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a goal of vaccine design as a strategy for targeting highly divergent strains of HIV-1. Current HIV-1 vaccine design efforts seek to elicit bnAbs by first eliciting their precursors through prime-boost regimens. This requires an understanding of the co-evolution between viruses and antibodies. Towards this goal, we have analyzed two cooperating antibodies, DH475 and DH272, which exerted pressure on the HIV population in an infected donor, called CH848, to evolve in such a way that it became sensitive to the V3-glycan supersite DH270 bnAb lineage. We obtained a 2.90Å crystal structure of DH475 in complex with the Man glycan and a negative stain EM model of DH272 in complex with the HIV-1 spike trimer, Env. Coupled with additional modeling studies and biochemical data, our studies reveal that DH475 contacts a V3- and V4-glycan dependent epitope accessible on an open or shed Env and that DH272 makes critical contacts with the V1V2 and V3 loops on HIV-1 Env. Using these data, we suggest a prime-boost regimen that may facilitate the initiation of DH270-like bnAb precursors.
履歴
登録2022年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.51
最小 - 最大-0.9839587 - 3.2509463
平均 (標準偏差)-0.017725587 (±0.14556414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 588.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: DH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env

ファイルemd_28120_half_map_1.map
注釈DH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env

ファイルemd_28120_half_map_2.map
注釈DH272.2 Fab bound to CH848 TF DS SOSIP Env
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env

全体名称: Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env
要素
  • 複合体: Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env
    • 複合体: DH272.2 Fab
    • 複合体: CH848 TF DS SOSIP Env

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超分子 #1: Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env

超分子名称: Complex between DH272.2 Fab and CH848 TF DS SOSIP Env
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: DH272.2 Fab

超分子名称: DH272.2 Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK-293T

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超分子 #3: CH848 TF DS SOSIP Env

超分子名称: CH848 TF DS SOSIP Env / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTi-

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19124
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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