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万見
- EMDB-2808: Electron cryo-microscopy of the HerA-NurA double strand break res... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2808
タイトルElectron cryo-microscopy of the HerA-NurA double strand break resection complex
マップデータReconstruction of the HerA-NurA double strand break resection complex from Sulfolobus solfataricus
試料
  • 試料: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
  • タンパク質・ペプチド: HerA
  • タンパク質・ペプチド: NurA
キーワードHelicase / Nuclease / FtsK/HerA ATPase / DNA double-strand break repair / DNA resection
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / DNA helicase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase HerA, barrel domain / : / : / HAS barrel domain / NurA domain / NurA domain / NurA / Helicase HerA-like / Helicase HerA, central domain / Helicase HerA, central domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA double-strand break repair helicase HerA / DNA double-strand break repair nuclease NurA
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.35 Å
データ登録者Byrne RT / Schuller JM / Unverdorben P / Foerster F / Hopfner K-P
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2014
タイトル: Molecular architecture of the HerA-NurA DNA double-strand break resection complex.
著者: Robert Thomas Byrne / Jan Michael Schuller / Pia Unverdorben / Friedrich Förster / Karl-Peter Hopfner /
要旨: DNA double-strand breaks can be repaired by homologous recombination, during which the DNA ends are long-range resected by helicase-nuclease systems to generate 3' single strand tails. In archaea, ...DNA double-strand breaks can be repaired by homologous recombination, during which the DNA ends are long-range resected by helicase-nuclease systems to generate 3' single strand tails. In archaea, this requires the Mre11-Rad50 complex and the ATP-dependent helicase-nuclease complex HerA-NurA. We report the cryo-EM structure of Sulfolobus solfataricus HerA-NurA at 7.4Å resolution and present the pseudo-atomic model of the complex. HerA forms an ASCE hexamer that tightly interacts with a NurA dimer, with each NurA protomer binding three adjacent HerA HAS domains. Entry to NurA's nuclease active sites requires dsDNA to pass through a 23Å wide channel in the HerA hexamer. The structure suggests that HerA is a dsDNA translocase that feeds DNA into the NurA nuclease sites.
履歴
登録2014年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月12日-
マップ公開2014年11月19日-
更新2014年12月24日-
現状2014年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2808.tif

emd_2808.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the HerA-NurA double strand break resection complex from Sulfolobus solfataricus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 150 pix.
= 265.5 Å		1.77 Å/pix.
x 150 pix.
= 265.5 Å		1.77 Å/pix.
x 150 pix.
= 265.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.15550664 - 0.18389343
平均 (標準偏差)0.00030055 (±0.00911862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 265.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.500265.500265.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.1560.1840.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus

全体名称: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
要素
  • 試料: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
  • タンパク質・ペプチド: HerA
  • タンパク質・ペプチド: NurA

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超分子 #1000: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus

超分子名称: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: One homohexamer of HerA binds to one homodimer of NurA
Number unique components: 2
分子量実験値: 419 KDa / 理論値: 416 KDa / 手法: SEC-RALS

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分子 #1: HerA

分子名称: HerA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SSO2251 / コピー数: 6 / 集合状態: homohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2
分子量理論値: 56 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET-Duet-1
配列UniProtKB: DNA double-strand break repair helicase HerA

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分子 #2: NurA

分子名称: NurA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SSO2248 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2
分子量理論値: 39 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET-Duet-1
配列UniProtKB: DNA double-strand break repair nuclease NurA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM Hepes
グリッド詳細: 2:1 holey carbon grids (Quantifoil Micro Tools, Germany)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: Blot for 2 seconds before plunging, wash twice with water

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年8月22日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 863 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Every image is the average of 20 frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were semi-manually selected in e2boxer and further processed in RELION
CTF補正詳細: On the micrograph level
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.35 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: see detailed method in paper / 使用した粒子像数: 100000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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