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- EMDB-27911: Cryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27911
タイトルCryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament
マップデータcryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament
試料
  • 複合体: extracellular cytochrome filament
    • タンパク質・ペプチド: c-type cytochrome
  • リガンド: HEME C
キーワードhelical symmetry / cytochrome filmanet / conductive nanowires / microbial nanowires / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性Multiheme cytochrome superfamily / membrane / Cytochrome c family protein
機能・相同性情報
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang F / Cvirkaite-Krupovic V / Krupovic M / Egelman EH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5K99GM138756-02 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Extracellular cytochrome nanowires appear to be ubiquitous in prokaryotes.
著者: Diana P Baquero / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Shengen Shawn Hu / Jessie Lynda Fields / Xing Liu / Christopher Rensing / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang /
要旨: Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to ...Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to numerous potential applications. However, whether other organisms employ similar ECNs for electron transfer remains unknown. Here, using cryoelectron microscopy, we describe the atomic structures of two ECNs from two major orders of hyperthermophilic archaea present in deep-sea hydrothermal vents and terrestrial hot springs. Homologs of Archaeoglobus veneficus ECN are widespread among mesophilic methane-oxidizing Methanoperedenaceae, alkane-degrading Syntrophoarchaeales archaea, and in the recently described megaplasmids called Borgs. The ECN protein subunits lack similarities in their folds; however, they share a common heme arrangement, suggesting an evolutionarily optimized heme packing for efficient electron transfer. The detection of ECNs in archaea suggests that filaments containing closely stacked hemes may be a common and widespread mechanism for long-range electron transfer in both prokaryotic domains of life.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.226
最小 - 最大-0.6748198 - 1.2542143
平均 (標準偏差)0.0020151364 (±0.032388423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_27911_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_27911_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : extracellular cytochrome filament

全体名称: extracellular cytochrome filament
要素
  • 複合体: extracellular cytochrome filament
    • タンパク質・ペプチド: c-type cytochrome
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: extracellular cytochrome filament

超分子名称: extracellular cytochrome filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌)

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分子 #1: c-type cytochrome

分子名称: c-type cytochrome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
分子量理論値: 40.756312 KDa
配列文字列: MKKFPALITT LLLLAVFVAA TYGPPYSYNH PTNCISCHSN STGTANSQAL SGLTSGPAAG ACDPSQQECV WSHQVLKGTD VWKKCINCH VAIWNSINSG PGNVHSGLLN SYGCACHAVA HVGYGNPTDG YTACIYFYVP RLSTATPGYF GAKPTLDFRN V YICFKGTP ...文字列:
MKKFPALITT LLLLAVFVAA TYGPPYSYNH PTNCISCHSN STGTANSQAL SGLTSGPAAG ACDPSQQECV WSHQVLKGTD VWKKCINCH VAIWNSINSG PGNVHSGLLN SYGCACHAVA HVGYGNPTDG YTACIYFYVP RLSTATPGYF GAKPTLDFRN V YICFKGTP EGTYTFSGNA PTSLMQLLES KGEVTVKALL VGYDKYANGT VKAKSSAADF LETDFFSALE QAGIFRYEWG TA SGAVLKN PSVRTHPLTE EAPNGETIVM GVFDIHTGDF ILVAPYAPYS RAPYYLPVAV NPGVAACFNC HFVYQGQLGT AKV MEVGGV WKIGIPADVL NSLTDPHKIV MPAAQAAGGG VAPNLSLVAL LATATLLGGA FLALRRRAQ

UniProtKB: Cytochrome c family protein

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分子 #2: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32.38 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.72 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101864
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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