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万見
- EMDB-27888: IgM BCR fab truncated form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27888
タイトルIgM BCR fab truncated form
マップデータIgM BCR_Delta_Fab
試料
  • 複合体: BCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain,Yellow fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcomplex / membrane protein / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / riboflavin synthase activity / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / regulation of immunoglobulin production ...CD22 mediated BCR regulation / riboflavin synthase activity / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / regulation of immunoglobulin production / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / riboflavin biosynthetic process / regulation of cell morphogenesis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / B cell activation / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of B cell proliferation / antigen binding / multivesicular body / B cell differentiation / bioluminescence / response to bacterium / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / MAPK cascade / transmembrane signaling receptor activity / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / membrane raft / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine-binding protein / Lumazine-binding domain / Lumazine binding domain / Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile. / B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha/beta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin ...Lumazine-binding protein / Lumazine-binding domain / Lumazine binding domain / Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile. / B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha/beta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / : / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant mu / B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain / B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain / Yellow fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Dong Y / Pi X / Wu H / Reth M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural principles of B cell antigen receptor assembly.
著者: Ying Dong / Xiong Pi / Frauke Bartels-Burgahn / Deniz Saltukoglu / Zhuoyi Liang / Jianying Yang / Frederick W Alt / Michael Reth / Hao Wu /
要旨: The B cell antigen receptor (BCR) is composed of a membrane-bound class M, D, G, E or A immunoglobulin for antigen recognition and a disulfide-linked Igα (also known as CD79A) and Igβ (also known ...The B cell antigen receptor (BCR) is composed of a membrane-bound class M, D, G, E or A immunoglobulin for antigen recognition and a disulfide-linked Igα (also known as CD79A) and Igβ (also known as CD79B) heterodimer (Igα/β) that functions as the signalling entity through intracellular immunoreceptor tyrosine-based activation motifs (ITAMs). The organizing principle of the BCR remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of mouse full-length IgM BCR and its Fab-deleted form. At the ectodomain (ECD), the Igα/β heterodimer mainly uses Igα to associate with Cµ3 and Cµ4 domains of one heavy chain (µHC) while leaving the other heavy chain (µHC') unbound. The transmembrane domain (TMD) helices of µHC and µHC' interact with those of the Igα/β heterodimer to form a tight four-helix bundle. The asymmetry at the TMD prevents the recruitment of two Igα/β heterodimers. Notably, the connecting peptide between the ECD and TMD of µHC intervenes in between those of Igα and Igβ to guide TMD assembly through charge complementarity. Weaker but distinct density for the Igβ ITAM nestles next to the TMD, suggesting potential autoinhibition of ITAM phosphorylation. Interfacial analyses suggest that all BCR classes utilize a general organizational architecture. Our studies provide a structural platform for understanding B cell signalling and designing rational therapies against BCR-mediated diseases.
履歴
登録2022年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27888.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IgM BCR_Delta_Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-3.2019117 - 4.8990765
平均 (標準偏差)0.0010471328 (±0.040835362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 273.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: IgM BCR Delta Fab

ファイルemd_27888_half_map_1.map
注釈IgM BCR_Delta_Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IgM BCR Delta Fab

ファイルemd_27888_half_map_2.map
注釈IgM BCR_Delta_Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BCR complex

全体名称: BCR complex
要素
  • 複合体: BCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain,Yellow fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BCR complex

超分子名称: BCR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

分子名称: Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: B1-8 leader sequence: MGWSCIILFLVATATGVHS Strep Tag: WSHPQFEK Rigid linker: AEAAAKEAAAKEAAAKA
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 45.753785 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSG GWSHPQFEKA EAAAKEAAAK EAAAKAAVAE MNPNVNVFVP PRDGFSGPAP RKSKLICEAT NFTPKPITV SWLKDGKLVE SGFTTDPVTI ENKGSTPQTY KVISTLTISE IDWLNLNVYT CRVDHRGLTF LKNVSSTCAA S PSTDILTF ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSG GWSHPQFEKA EAAAKEAAAK EAAAKAAVAE MNPNVNVFVP PRDGFSGPAP RKSKLICEAT NFTPKPITV SWLKDGKLVE SGFTTDPVTI ENKGSTPQTY KVISTLTISE IDWLNLNVYT CRVDHRGLTF LKNVSSTCAA S PSTDILTF TIPPSFADIF LSKSANLTCL VSNLATYETL NISWASQSGE PLETKIKIME SHPNGTFSAK GVASVCVEDW NN RKEFVCT VTHRDLPSPQ KKFISKPNEV HKHPPAVYLL PPAREQLNLR ESATVTCLVK GFSPADISVQ WLQRGQLLPQ EKY VTSAPM PEPGAPGFYF THSILTVTEE EWNSGETYTC VVGHEALPHL VTERTVDKST EGEVNAEEEG FENLWTTAST FIVL FLLSL FYSTTVTLFK VK

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant mu

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分子 #2: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain,Ye...

分子名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain,Yellow fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Flag tag:DYKDDDDK Linker: RSIATRS,Flag tag:DYKDDDDK Linker: RSIATRS YFP: ...詳細: Flag tag:DYKDDDDK Linker: RSIATRS,Flag tag:DYKDDDDK Linker: RSIATRS YFP:MFKGIVEGIGIIEKIDIYTDLDKYAIRFPENMLNGIKKESSIMFNGCFLTVTSVNSNIVWFDIFEKEARKLDTFREYKVGDRVNLGTFPKFGAASGGHILSARISCVASIIEIIENEDYQQMWIQIPENFTEFLIDKDYIAVDGISLTIDTIKNNQFFISLPLKIAQNTNMKWRKKGDKVNVELSNKINANQCW,Flag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 42.83723 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DYKDDDDKMP GGLEALRALP LLLFLSYACL GPGCQALRVE GGPPSLTVNL GEEARLTCEN NGRNPNITWW FSLQSNITWP PVPLGPGQG TTGQLFFPEV NKNHRGLYWC QVIENNILKR SCGTYLRVRN PVPRPFLDMG EGTKNRIITA EGIILLFCAV V PGTLLLFR ...文字列:
DYKDDDDKMP GGLEALRALP LLLFLSYACL GPGCQALRVE GGPPSLTVNL GEEARLTCEN NGRNPNITWW FSLQSNITWP PVPLGPGQG TTGQLFFPEV NKNHRGLYWC QVIENNILKR SCGTYLRVRN PVPRPFLDMG EGTKNRIITA EGIILLFCAV V PGTLLLFR KRWQNEKFGR SIATRSMFKG IVEGIGIIEK IDIYTDLDKY AIRFPENMLN GIKKESSIMF NGCFLTVTSV NS NIVWFDI FEKEARKLDT FREYKVGDRV NLGTFPKFGA ASGGHILSAR ISCVASIIEI IENEDYQQMW IQIPENFTEF LID KDYIAV DGISLTIDTI KNNQFFISLP LKIAQNTNMK WRKKGDKVNV ELSNKINANQ CW

UniProtKB: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain, Yellow fluorescent protein

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分子 #3: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

分子名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: full length cd79b / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.752375 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MATLVLSSMP CHWLLFLLLL FSGEPVPAMT SSDLPLNFQG SPCSQIWQHP RFAAKKRSSM VKFHCYTNHS GALTWFRKRG SQQPQELVS EEGRIVQTQN GSVYTLTIQN IQYEDNGIYF CKQKCDSANH NVTDSCGTEL LVLGFSTLDQ LKRRNTLKDG I ILIQTLLI ...文字列:
MATLVLSSMP CHWLLFLLLL FSGEPVPAMT SSDLPLNFQG SPCSQIWQHP RFAAKKRSSM VKFHCYTNHS GALTWFRKRG SQQPQELVS EEGRIVQTQN GSVYTLTIQN IQYEDNGIYF CKQKCDSANH NVTDSCGTEL LVLGFSTLDQ LKRRNTLKDG I ILIQTLLI ILFIIVPIFL LLDKDDGKAG MEEDHTYEGL NIDQTATYED IVTLRTGEVK WSVGEHPGQE

UniProtKB: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / 詳細: full length cd79b / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 282429
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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