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- EMDB-27875: Full-length APOBEC3G in complex with HIV-1 Vif, CBF-beta, and fork RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27875
タイトルFull-length APOBEC3G in complex with HIV-1 Vif, CBF-beta, and fork RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • RNA: RNA
    • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードViral protein - human protein complex / ribonucleoprotein complex / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / cytidine deaminase activity / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / transposable element silencing / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX3 regulates p14-ARF / cell maturation / viral life cycle / Regulation of RUNX3 expression and activity / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / virion component / Regulation of RUNX2 expression and activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / osteoblast differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / ribonucleoprotein complex / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Ito F / Alvarez-Cabrera AL / Liu S / Yang H / Shiriaeva A / Zhou ZH / Chen XS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI150524 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis for HIV-1 antagonism of host APOBEC3G via Cullin E3 ligase.
著者: Fumiaki Ito / Ana L Alvarez-Cabrera / Shiheng Liu / Hanjing Yang / Anna Shiriaeva / Z Hong Zhou / Xiaojiang S Chen /
要旨: Human APOBEC3G (A3G) is a virus restriction factor that inhibits HIV-1 replication and triggers lethal hypermutation on viral reverse transcripts. HIV-1 viral infectivity factor (Vif) breaches this ...Human APOBEC3G (A3G) is a virus restriction factor that inhibits HIV-1 replication and triggers lethal hypermutation on viral reverse transcripts. HIV-1 viral infectivity factor (Vif) breaches this host A3G immunity by hijacking a cellular E3 ubiquitin ligase complex to target A3G for ubiquitination and degradation. The molecular mechanism of A3G targeting by Vif-E3 ligase is unknown, limiting the antiviral efforts targeting this host-pathogen interaction crucial for HIV-1 infection. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of A3G bound to HIV-1 Vif in complex with T cell transcription cofactor CBF-β and multiple components of the Cullin-5 RING E3 ubiquitin ligase. The structures reveal unexpected RNA-mediated interactions of Vif with A3G primarily through A3G's noncatalytic domain, while A3G's catalytic domain is poised for ubiquitin transfer. These structures elucidate the molecular mechanism by which HIV-1 Vif hijacks the host ubiquitin ligase to specifically target A3G to establish infection and offer structural information for the rational development of antiretroviral therapeutics.
履歴
登録2022年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27875.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27875.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 353.28 Å		0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 353.28 Å		0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 353.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.19147603 - 0.554517
平均 (標準偏差)0.000026490732 (±0.007658874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27875_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27875_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA

全体名称: Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA
要素
  • 複合体: Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • RNA: RNA
    • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA

超分子名称: Complex of APOBEC3G with HIV-1 Vif and CBF-beta bound to fork RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 99 KDa

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分子 #1: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G

分子名称: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: single-stranded DNA cytosine deaminase
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 45.18743 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGGSGGMKP QIRNMVEPMD PRTFVSNFNN RPILSGLDTV WLCCEVKTKD PSGPPLDAKI FQGKVYPKAK YHPEMRFLRW FHKWRQLHH DQEYKVTWYV SWSPCTRCAN SVATFLAKDP KVTLTIFVAR LYYFWDPDYQ QALRILAEAG ATMKIMNYNE F QDCWNKFV ...文字列:
GPGGSGGMKP QIRNMVEPMD PRTFVSNFNN RPILSGLDTV WLCCEVKTKD PSGPPLDAKI FQGKVYPKAK YHPEMRFLRW FHKWRQLHH DQEYKVTWYV SWSPCTRCAN SVATFLAKDP KVTLTIFVAR LYYFWDPDYQ QALRILAEAG ATMKIMNYNE F QDCWNKFV DGRGKPFKPW NNLPKHYTLL QATLGELLRH LMDPGTFTSN FNNKPWVSGQ HETYLCYKVE RLHNDTWVPL NQ HRGFLRN QAPNIHGFPK GRHAQLCFLD LIPFWKLDGQ QYRVTCFTSW SPCFSCAQEM AKFISNNEHV SLCIFAARIY DDQ GRYQEG LRTLHRDGAK IAMMNYSEFE YCWDTFVDRQ GRPFQPWDGL DEHSQALSGR LRAILQNQGN

UniProtKB: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G

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分子 #2: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 21.136408 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPMENRWQVM IVWQVDRMRI NTWKRLVKHH MYISRKAKDW FYRHHYESTN PKISSEVHIP LGDAKLVITT YWGLHTGERD WHLGQGVSI EWRKKRYSTQ VDPDLADQLI HLHYFDCFSE SAIRNTILGR IVSPRCEYQA GHNKVGSLQY LALAALIKPK Q IKPPLPSV RKLTEDRWNK

UniProtKB: Virion infectivity factor

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分子 #3: Core-binding factor subunit beta

分子名称: Core-binding factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.643814 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPRVVPDQRS KFENEEFFRK LSRECEIKYT GFRDRPHEER QARFQNACRD GRSEIAFVAT GTNLSLQFFP ASWQGEQRQT PSREYVDLE REAGKVYLKA PMILNGVCVI WKGWIDLQRL DGMGCLEFDE ERAQQEDALA QQAFEEARRR TREFEDRD

UniProtKB: Core-binding factor subunit beta

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分子 #4: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.875011 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUAAAAAA AA

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分子 #5: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.00087 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUAA AAAAAAAAAA AAAAA

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11803 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 150000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by stochastic gradient descent using ab intio reconstruction in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 432841
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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