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- EMDB-27846: HMPV F monomer bound to RSV-199 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27846
タイトルHMPV F monomer bound to RSV-199 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: RSV-199 light chain
    • タンパク質・ペプチド: RSV-199 heavy chain
キーワードhuman antibodies / RSV and MPV Fusion protein / complex Cryo-EM structure / viral protein and antiviral protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN
生物種Human metapneumovirus (ウイルス) / Human metapneumovirus A (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Wen X / Jardetzky TS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01AI137523 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Potent cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus through a structurally conserved antibody recognition mode.
著者: Xiaolin Wen / Naveenchandra Suryadevara / Nurgun Kose / Jing Liu / Xiaoyan Zhan / Laura S Handal / Lauren E Williamson / Andrew Trivette / Robert H Carnahan / Theodore S Jardetzky / James E Crowe /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F antibodies from a human donor. One antibody (RSV-199) potently cross-neutralized 8 RSV and hMPV strains by recognizing antigenic site III, which is partially conserved in RSV and hMPV F. Next, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of RSV-199 bound to RSV F trimers, hMPV F monomers, and an unexpected dimeric form of hMPV F. These structures revealed how RSV-199 engages both RSV and hMPV F proteins through conserved interactions of the antibody heavy-chain variable region and how variability within heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) can be accommodated at the F protein interface in site-III-directed antibodies. Furthermore, RSV-199 offered enhanced protection against RSV A and B strains and hMPV in cotton rats. These findings highlight the mechanisms of broad neutralization and therapeutic potential of RSV-199.
履歴
登録2022年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-5.279264 - 7.8786955
平均 (標準偏差)0.0008528882 (±0.08866402)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27846_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27846_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab

全体名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab
要素
  • 複合体: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: RSV-199 light chain
    • タンパク質・ペプチド: RSV-199 heavy chain

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超分子 #1: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab

超分子名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus A (ウイルス)
分子量理論値: 47.960742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLKESYLEES CSTITEGYLS VLRTGWYTNV FTLEVGDVEN LTCADGPSLI KTELDLTKSA LRELRTVSAD QLAREEQIEN PRRRRFVLG AIALGVCTAA AVTAGVAIAK TIRLESEVTA IKNALKKTNE AVSTLGNGVR VLATAVRELK DFVSKNLTRA I NKNKCDIP ...文字列:
GLKESYLEES CSTITEGYLS VLRTGWYTNV FTLEVGDVEN LTCADGPSLI KTELDLTKSA LRELRTVSAD QLAREEQIEN PRRRRFVLG AIALGVCTAA AVTAGVAIAK TIRLESEVTA IKNALKKTNE AVSTLGNGVR VLATAVRELK DFVSKNLTRA I NKNKCDIP DLKMAVSFSQ FNRRFLNVVR QFSDNAGITP AISLDLMTDA ELARAVSNMP TSAGQIKLML ENRAMVRRKG FG ILIGVYG SSVIYMVQLP IFGVIDTPCW IVKAAPSCSE KKGNYACLLR EDQGWYCQNA GSTVYYPNEK DCETRGDHVF CDT ACGINV AEQSKECNIN ISTTNYPCKV STGRHPISMV ALSPLGALVA CYKGVSCSIG SNRVGIIKQL NKGCSYITNQ DADT VTIDN TVYQLSKVEG EQHVIKGRPV SSSFDPVKFP EDQF

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分子 #2: RSV-199 light chain

分子名称: RSV-199 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.819264 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QAVVTQPPSV SGAPGQRVII SCTGSGSNLG ADYGVHWYQQ LPGTAPKLLI YGDRNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLNW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV N AGVETTKP ...文字列:
QAVVTQPPSV SGAPGQRVII SCTGSGSNLG ADYGVHWYQQ LPGTAPKLLI YGDRNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLNW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV N AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHKSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPAECS

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分子 #3: RSV-199 heavy chain

分子名称: RSV-199 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.022906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVKPGGSLRV SCVVSGFTFS SYRMHWVRQA PGKGLEWVSS ITASSSYINY AESVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD ENTGISHYWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLVESGGG VVKPGGSLRV SCVVSGFTFS SYRMHWVRQA PGKGLEWVSS ITASSSYINY AESVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD ENTGISHYWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 40.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.451 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2774162
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4dag

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 165267
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る