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万見
- EMDB-2783: siRNA Nanoring -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2783
タイトルsiRNA Nanoring
マップデータReconstruction of siRNA nanoring
試料
  • 試料: siRNA nanoring
  • RNA: siRNA nanoring
キーワードsiRNA Nanoring / RNA nanotechnology / RNA nanoparticles / RNA interference
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Afonin KA / Viard M / Koyfman AY / Martins AN / Kasprzak WK / Panigaj M / Desai R / Santhanam A / Grabow WW / Jaeger L ...Afonin KA / Viard M / Koyfman AY / Martins AN / Kasprzak WK / Panigaj M / Desai R / Santhanam A / Grabow WW / Jaeger L / Heldman E / Reiser J / Chiu W / Freed EO / Shapiro BA
引用ジャーナル: Nano Lett / 年: 2014
タイトル: Multifunctional RNA nanoparticles.
著者: Kirill A Afonin / Mathias Viard / Alexey Y Koyfman / Angelica N Martins / Wojciech K Kasprzak / Martin Panigaj / Ravi Desai / Arti Santhanam / Wade W Grabow / Luc Jaeger / Eliahu Heldman / ...著者: Kirill A Afonin / Mathias Viard / Alexey Y Koyfman / Angelica N Martins / Wojciech K Kasprzak / Martin Panigaj / Ravi Desai / Arti Santhanam / Wade W Grabow / Luc Jaeger / Eliahu Heldman / Jakob Reiser / Wah Chiu / Eric O Freed / Bruce A Shapiro /
要旨: Our recent advancements in RNA nanotechnology introduced novel nanoscaffolds (nanorings); however, the potential of their use for biomedical applications was never fully revealed. As presented here, ...Our recent advancements in RNA nanotechnology introduced novel nanoscaffolds (nanorings); however, the potential of their use for biomedical applications was never fully revealed. As presented here, besides functionalization with multiple different short interfering RNAs for combinatorial RNA interference (e.g., against multiple HIV-1 genes), nanorings also allow simultaneous embedment of assorted RNA aptamers, fluorescent dyes, proteins, as well as recently developed RNA-DNA hybrids aimed to conditionally activate multiple split functionalities inside cells.
履歴
登録2014年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月24日-
マップ公開2014年9月24日-
更新2014年10月15日-
現状2014年10月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of siRNA nanoring
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 543. Å		1.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 543. Å		1.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 543. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-1.48297215 - 5.19088697
平均 (標準偏差)0.00949332 (±0.19490133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 543.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.000543.000543.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.4835.1910.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : siRNA nanoring

全体名称: siRNA nanoring
要素
  • 試料: siRNA nanoring
  • RNA: siRNA nanoring

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超分子 #1000: siRNA nanoring

超分子名称: siRNA nanoring / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Calculation from sequence / 集合状態: 6 / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa / 手法: Calculation from sequence

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分子 #1: siRNA nanoring

分子名称: siRNA nanoring / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: siRNA hexamer / 詳細: Synthetic RNA sequence / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa
配列文字列:
GGGAACCGUC CACUGGUUCC CGCUACGAGA GCCUGCCUCG UAGCUUCGGU GGUGCAGAUG AACUUCAGGG UCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.3 / 詳細: 89 mM Tris-borate, 2 mM Mg(OAc)2.
グリッド詳細: Quantifoil Copper 200 mesh R 3.5/1 grids were washed overnight 432 with acetone. Glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 90 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
日付2013年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 500 / 平均電子線量: 33 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 83555 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using EMAN2.
CTF補正詳細: Frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 11067
最終 2次元分類クラス数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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