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- EMDB-27772: Structure of LRRC8C-LRRC8A(IL125) Chimera, Class 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27772
タイトルStructure of LRRC8C-LRRC8A(IL125) Chimera, Class 3
マップデータ
試料
  • 複合体: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
キーワードLRRC8C / LRRC8A / SWELL / VRAC / Chimera / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization ...pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Takahashi H / Yamada T / Denton JS / Strange K / Karakas E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK51610 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of an LRRC8 chimera with native functional properties reveal heptameric assembly.
著者: Hirohide Takahashi / Toshiki Yamada / Jerod S Denton / Kevin Strange / Erkan Karakas /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) mediate volume regulatory Cl and organic solute efflux from vertebrate cells. VRACs are heteromeric assemblies of LRRC8A-E proteins with unknown ...Volume-regulated anion channels (VRACs) mediate volume regulatory Cl and organic solute efflux from vertebrate cells. VRACs are heteromeric assemblies of LRRC8A-E proteins with unknown stoichiometries. Homomeric LRRC8A and LRRC8D channels have a small pore, hexameric structure. However, these channels are either non-functional or exhibit abnormal regulation and pharmacology, limiting their utility for structure-function analyses. We circumvented these limitations by developing novel homomeric LRRC8 chimeric channels with functional properties consistent with those of native VRAC/LRRC8 channels. We demonstrate here that the LRRC8C-LRRC8A(IL1) chimera comprising LRRC8C and 25 amino acids unique to the first intracellular loop (IL1) of LRRC8A has a heptameric structure like that of homologous pannexin channels. Unlike homomeric LRRC8A and LRRC8D channels, heptameric LRRC8C-LRRC8A(IL1) channels have a large-diameter pore similar to that estimated for native VRACs, exhibit normal DCPIB pharmacology, and have higher permeability to large organic anions. Lipid-like densities are located between LRRC8C-LRRC8A(IL1) subunits and occlude the channel pore. Our findings provide new insights into VRAC/LRRC8 channel structure and suggest that lipids may play important roles in channel gating and regulation.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27772.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27772.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 396. Å		1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 396. Å		1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.78476876 - 1.4050395
平均 (標準偏差)-0.00079566636 (±0.02570838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_27772_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27772_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27772_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera

全体名称: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera
要素
  • 複合体: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A

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超分子 #1: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera

超分子名称: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Heptameric LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated an...

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: LRRC8C chimera where residues 184-204 are swapped with LRRC8A residues 182-206. There are also C-terminal TEV protease recognition site and FLAG purification tag.,LRRC8C chimera where ...詳細: LRRC8C chimera where residues 184-204 are swapped with LRRC8A residues 182-206. There are also C-terminal TEV protease recognition site and FLAG purification tag.,LRRC8C chimera where residues 184-204 are swapped with LRRC8A residues 182-206. There are also C-terminal TEV protease recognition site and FLAG purification tag.,LRRC8C chimera where residues 184-204 are swapped with LRRC8A residues 182-206. There are also C-terminal TEV protease recognition site and FLAG purification tag.
コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.747695 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSLSN VSQAVASTTP LPPPKPSPA NPITVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS ...文字列:
MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSLSN VSQAVASTTP LPPPKPSPA NPITVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS PWTTRALSEV SGEDSDPKPA FSKMNGSMDK KSSTVSEDVE GSLVNSQSLK SIPEKFVVDK STAGALDKKE GE QAKALFE KVKKFRLHVE EGDILYAMYV RQTVLKVIKF LIIIAYNSAL VSKVQFTVDC NVDIQDMTGY KNFSCNHTMA HLF SKLSFC YLCFVSIYGL TCLYTLYWLF YRSLREYSFE YVRQETGIDD IPDVKNDFAF MLHMIDQYDP LYSKRFAVFL SEVS ENKLK QLNLNNEWTP DKLRQKLQTN AHNRLELPLI MLSGLPDTVF EITELQSLKL EIIKNVMIPA TIAQLDNLQE LSLHQ CSVK IHSAALSFLK ENLKVLSVKF DDMRELPPWM YGLRNLEELY LVGSLSHDIS RNVTLESLRD LKSLKILSIK SNVSKI PQA VVDVSSHLQK MCIHNDGTKL VMLNNLKKMT NLTELELVHC DLERIPHAVF SLLSLQELDL KENNLKSIEE IVSFQHL RK LTVLKLWHNS ITYIPEHIKK LTSLERLSFS HNKIEVLPSH LFLCNKIRYL DLSYNDIRFI PPEIGVLQSL QYFSITCN V ESLPDELYFC KKLKTLKIGK NSLSVLSPKI GNLLFLSYLD VKGNHFEILP PELGDCRALK RAGLVVEDAL FETLPSDVR EQMKTEENLY FQGAAAGDYK DDDDK

UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C, Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A, Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.15 MNaClSodium chloride
0.05 MTris-HClTris buffer pH 8.0
0.005 %LMNGLMNG detergent
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3198 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 846122
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 100772
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8dxp:
Structure of LRRC8C-LRRC8A(IL125) Chimera, Class 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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