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- EMDB-27694: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27694
タイトルeEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4
マップデータpixel calibrated
試料
  • 複合体: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4
    • 複合体: eEF1A(GDP)
    • 複合体: Phe-tRNAPhe
    • 複合体: Met-tRNAfMet
    • 複合体: 40S subunit
    • 複合体: 60S subunitEukaryotic large ribosomal subunit (60S)
キーワードRibosome (リボソーム) / eEF1A / ternatin / translation (翻訳 (生物学))
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rundlet EJ / Ferguson A / Juette MF / Carelli JD / Taunton J / Blanchard SC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115327-Tan 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Didemnin B and ternatin-4 differentially inhibit conformational changes in eEF1A required for aminoacyl-tRNA accommodation into mammalian ribosomes.
著者: Manuel F Juette / Jordan D Carelli / Emily J Rundlet / Alan Brown / Sichen Shao / Angelica Ferguson / Michael R Wasserman / Mikael Holm / Jack Taunton / Scott C Blanchard /
要旨: Rapid and accurate mRNA translation requires efficient codon-dependent delivery of the correct aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) to the ribosomal A site. In mammals, this fidelity-determining reaction is ...Rapid and accurate mRNA translation requires efficient codon-dependent delivery of the correct aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) to the ribosomal A site. In mammals, this fidelity-determining reaction is facilitated by the GTPase elongation factor-1 alpha (eEF1A), which escorts aa-tRNA as an eEF1A(GTP)-aa-tRNA ternary complex into the ribosome. The structurally unrelated cyclic peptides didemnin B and ternatin-4 bind to the eEF1A(GTP)-aa-tRNA ternary complex and inhibit translation but have different effects on protein synthesis in vitro and in vivo. Here, we employ single-molecule fluorescence imaging and cryogenic electron microscopy to determine how these natural products inhibit translational elongation on mammalian ribosomes. By binding to a common site on eEF1A, didemnin B and ternatin-4 trap eEF1A in an intermediate state of aa-tRNA selection, preventing eEF1A release and aa-tRNA accommodation on the ribosome. We also show that didemnin B and ternatin-4 exhibit distinct effects on the dynamics of aa-tRNA selection that inform on observed disparities in their inhibition efficacies and physiological impacts. These integrated findings underscore the value of dynamics measurements in assessing the mechanism of small-molecule inhibition and highlight potential of single-molecule methods to reveal how distinct natural products differentially impact the human translation mechanism.
履歴
登録2022年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈pixel calibrated
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.021203186 - 0.056544226
平均 (標準偏差)0.00036986844 (±0.0034024515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: RELION Postprocessed, b factor -30, lowpass 4, pixel calibrated

ファイルemd_27694_additional_1.map
注釈RELION Postprocessed, b factor -30, lowpass 4, pixel calibrated
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: pixel calibrated

ファイルemd_27694_half_map_1.map
注釈pixel calibrated
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: pixel calibrated

ファイルemd_27694_half_map_2.map
注釈pixel calibrated
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4

全体名称: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4
要素
  • 複合体: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4
    • 複合体: eEF1A(GDP)
    • 複合体: Phe-tRNAPhe
    • 複合体: Met-tRNAfMet
    • 複合体: 40S subunit
    • 複合体: 60S subunitEukaryotic large ribosomal subunit (60S)

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超分子 #1: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4

超分子名称: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by ternatin-4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: eEF1A(GDP)

超分子名称: eEF1A(GDP) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: RRL

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超分子 #3: Phe-tRNAPhe

超分子名称: Phe-tRNAPhe / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: Met-tRNAfMet

超分子名称: Met-tRNAfMet / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #5: 40S subunit

超分子名称: 40S subunit / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T

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超分子 #6: 60S subunit

超分子名称: 60S subunit / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細20 uM ternatin-4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 9401 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 934291
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

27691

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 34396
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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