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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27691 | |||||||||
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タイトル | eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by didemnin B | |||||||||
マップデータ | Relion Refine3D, pixel calibrated. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome (リボソーム) / eEF1A / didemnin / translation (翻訳 (生物学)) | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Rundlet EJ / Juette MF / Blanchard SC / Ferguson A / Taunton J / Carelli JD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Didemnin B and ternatin-4 differentially inhibit conformational changes in eEF1A required for aminoacyl-tRNA accommodation into mammalian ribosomes. 著者: Manuel F Juette / Jordan D Carelli / Emily J Rundlet / Alan Brown / Sichen Shao / Angelica Ferguson / Michael R Wasserman / Mikael Holm / Jack Taunton / Scott C Blanchard / 要旨: Rapid and accurate mRNA translation requires efficient codon-dependent delivery of the correct aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) to the ribosomal A site. In mammals, this fidelity-determining reaction is ...Rapid and accurate mRNA translation requires efficient codon-dependent delivery of the correct aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) to the ribosomal A site. In mammals, this fidelity-determining reaction is facilitated by the GTPase elongation factor-1 alpha (eEF1A), which escorts aa-tRNA as an eEF1A(GTP)-aa-tRNA ternary complex into the ribosome. The structurally unrelated cyclic peptides didemnin B and ternatin-4 bind to the eEF1A(GTP)-aa-tRNA ternary complex and inhibit translation but have different effects on protein synthesis in vitro and in vivo. Here, we employ single-molecule fluorescence imaging and cryogenic electron microscopy to determine how these natural products inhibit translational elongation on mammalian ribosomes. By binding to a common site on eEF1A, didemnin B and ternatin-4 trap eEF1A in an intermediate state of aa-tRNA selection, preventing eEF1A release and aa-tRNA accommodation on the ribosome. We also show that didemnin B and ternatin-4 exhibit distinct effects on the dynamics of aa-tRNA selection that inform on observed disparities in their inhibition efficacies and physiological impacts. These integrated findings underscore the value of dynamics measurements in assessing the mechanism of small-molecule inhibition and highlight potential of single-molecule methods to reveal how distinct natural products differentially impact the human translation mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27691.map.gz | 193.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27691-v30.xml emd-27691.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27691_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27691.png | 140.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27691.cif.gz | 4.5 KB | ||
その他 | emd_27691_additional_1.map.gz emd_27691_half_map_1.map.gz emd_27691_half_map_2.map.gz | 53 MB 195 MB 195.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D, pixel calibrated. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Relion Postprocessed, B factor -20, lowpass 4, pixel calibrated.
ファイル | emd_27691_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion Postprocessed, B factor -20, lowpass 4, pixel calibrated. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion Refine3D, pixel calibrated.
ファイル | emd_27691_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D, pixel calibrated. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion Refine3D, pixel calibrated.
ファイル | emd_27691_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D, pixel calibrated. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by didemnin B
全体 | 名称: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by didemnin B |
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要素 |
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-超分子 #1: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by didemnin B
超分子 | 名称: eEF1A(GDP)aa-tRNA stalled on the human 80S ribosome by didemnin B タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: eEF1A(GDP)
超分子 | 名称: eEF1A(GDP) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: RRL |
-超分子 #3: Phe-tRNAPhe
超分子 | 名称: Phe-tRNAPhe / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #4: Met-tRNAfMet
超分子 | 名称: Met-tRNAfMet / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #5: 40S subunit
超分子 | 名称: 40S subunit / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T |
-超分子 #6: 60S subunit
超分子 | 名称: 60S subunit / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
詳細 | 200 nM didemnin B |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3574 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 67.19 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |