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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | cryoEM map of de novo hallucinated homooligomer of C15-C5 symmetry, design HALC15-5_262. | ||||||||||||
![]() | EM map of C15/C5 symmetric hallucinated protein oligomer assembly (HALC15-5_262). | ||||||||||||
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![]() | De novo protein design / Computational protein design / Machine learning / Hallucination / homo-oligomers / DE NOVO PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å | ||||||||||||
![]() | Wicky BIM / Milles LF / Courbet AC / Baker D | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hallucinating symmetric protein assemblies. 著者: B I M Wicky / L F Milles / A Courbet / R J Ragotte / J Dauparas / E Kinfu / S Tipps / R D Kibler / M Baek / F DiMaio / X Li / L Carter / A Kang / H Nguyen / A K Bera / D Baker / ![]() 要旨: Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination ...Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination to generate a wide range of symmetric protein homo-oligomers given only a specification of the number of protomers and the protomer length. Crystal structures of seven designs are very similar to the computational models (median root mean square deviation: 0.6 angstroms), as are three cryo-electron microscopy structures of giant 10-nanometer rings with up to 1550 residues and symmetry; all differ considerably from previously solved structures. Our results highlight the rich diversity of new protein structures that can be generated using deep learning and pave the way for the design of increasingly complex components for nanomachines and biomaterials. #1: ![]() タイトル: Hallucinating protein assemblies 著者: Wicky BIM / Milles LF / Courbet A / Baker D | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 16.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 719.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of C15/C5 symmetric hallucinated protein oligomer assembly (HALC15-5_262). | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A of C15/C5 symmetric hallucinated protein...
ファイル | emd_27658_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A of C15/C5 symmetric hallucinated protein oligomer assembly (HALC15-5_262). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B of C15/C5 symmetric hallucinated protein...
ファイル | emd_27658_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B of C15/C5 symmetric hallucinated protein oligomer assembly (HALC15-5_262). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : De novo hallucinated homooligomer of C15-C5 symmetry, design HALC...
全体 | 名称: De novo hallucinated homooligomer of C15-C5 symmetry, design HALC15-5_262. |
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要素 |
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-超分子 #1: De novo hallucinated homooligomer of C15-C5 symmetry, design HALC...
超分子 | 名称: De novo hallucinated homooligomer of C15-C5 symmetry, design HALC15-5_262. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: HALC15-5_262
分子 | 名称: HALC15-5_262 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: Expression vector pET-mod (その他) |
配列 | 文字列: DVPLTDPKNL NEFLYALGEG LKGMKNLKKL TLTFPSNPLT IPGDISEGFR ELGEGLKGMK NLEELTVTFN DVPLTDPKN LNEFLYALGE GLKGMKNLKK LTLTFPSNPL TIPGDISEGF RELGEGLKGM KNLEELTVTF N DVPLTDPK NLNEFLYALG EGLKGMKNLK ...文字列: DVPLTDPKNL NEFLYALGEG LKGMKNLKKL TLTFPSNPLT IPGDISEGFR ELGEGLKGMK NLEELTVTFN DVPLTDPKN LNEFLYALGE GLKGMKNLKK LTLTFPSNPL TIPGDISEGF RELGEGLKGM KNLEELTVTF N DVPLTDPK NLNEFLYALG EGLKGMKNLK KLTLTFPSNP LTIPGDISEG FRELGEGLKG MKNLEELTVT FN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |