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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of A92E HIV capsid in presence of FG mutant CPSF6 construct | |||||||||
![]() | Helical reconstruction of A92E HIV capsid in presence of FG mutant CPSF6 construct | |||||||||
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![]() | Complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
![]() | Iqbal N / Asturias F / Kvaratskhelia M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Helical reconstruction of A92E HIV capsid in presence of FG mutant CPSF6 construct 著者: Iqbal N / Asturias F / Kvaratskhelia M | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 80.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical reconstruction of A92E HIV capsid in presence of FG mutant CPSF6 construct | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27629_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27629_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HIV Capsid Protein Hexamer
全体 | 名称: HIV Capsid Protein Hexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV Capsid Protein Hexamer
超分子 | 名称: HIV Capsid Protein Hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: HIV Capsid
分子 | 名称: HIV Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAGP IAPGQMREPR GSDIAGTTST LQEQIGWMTH NPPIPVGEIY KRWIILGLNK IVRMYSPTSI LDIRQGPKEP FRDYVDRFYK ...文字列: PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAGP IAPGQMREPR GSDIAGTTST LQEQIGWMTH NPPIPVGEIY KRWIILGLNK IVRMYSPTSI LDIRQGPKEP FRDYVDRFYK TLRAEQASQE VKNAATETLL VQNANPDCKT ILKALGPGAT LEEMMTACQG VGGPGHKARV L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 1M NaCl, 50mM Tris pH 8, 0.2mM IP6 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2157 / 平均電子線量: 45.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 28000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 28000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |