EMDB-27613: Cryo-EM structure of tail machine from wild type T7 mature phage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-27613

タイトル

Cryo-EM structure of tail machine from wild type T7 mature phage

マップデータ

試料

複合体: Tail machine in mature bacteriophage T7

キーワード

T7 / tail machine / adsorption / genome ejection / VIRUS

生物種

Escherichia phage T7 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Wang C / Liu J / Molineux IJ

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Virion remodeling of bacteriophage T7 during infection initiation
著者: Wang C / Park T / Liu J / Molineux IJ

履歴

登録	2022年7月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年7月19日	-
マップ公開	2023年7月19日	-
更新	2023年7月19日	-
現状	2023年7月19日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_27613.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_27613.map.gz	34.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-27613-v30.xml emd-27613.xml	11.9 KB 11.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_27613.png	124.4 KB
その他	emd_27613_half_map_1.map.gz emd_27613_half_map_2.map.gz	36.1 MB 35.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27613 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27613	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_27613_validation.pdf.gz	729.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_27613_full_validation.pdf.gz	729.2 KB	表示
XML形式データ	emd_27613_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_27613_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27613 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27613	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27591C 27592C 27594C 27595C 27597C 27616C 27632C 27643C 8e4gC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_27613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 427.2 Å	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 427.2 Å	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 427.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.068 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.01
最小 - 最大	-0.013802044 - 0.042989474
平均 (標準偏差)	0.00037634865 (±0.0020391033)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_27613_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_27613_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Tail machine in mature bacteriophage T7

全体	名称: Tail machine in mature bacteriophage T7
要素	複合体: Tail machine in mature bacteriophage T7

-
超分子 #1: Tail machine in mature bacteriophage T7

超分子	名称: Tail machine in mature bacteriophage T7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58202
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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超分子 #1: Tail machine in mature bacteriophage T7

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