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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27443 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: CryoEM structure of influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab 著者: Yang M / Dranow DM / Edwards TE / Horanyi PS / Lorimer DD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27443.map.gz | 549.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27443-v30.xml emd-27443.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27443_fsc.xml | 19.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27443.png | 82 KB | ||
その他 | emd_27443_half_map_1.map.gz emd_27443_half_map_2.map.gz | 615.6 MB 615.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27443 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27443_validation.pdf.gz | 818.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27443_full_validation.pdf.gz | 818.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27443_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27443_validation.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27443 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 662.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27443_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27443_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab
全体 | 名称: Influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab
超分子 | 名称: Influenza A virus A/Bayern/7/1995 hemagglutinin bound to CR6261 Fab タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: hemagglutinin
分子 | 名称: hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Bayern/7/1995(H1N1) |
分子量 | 理論値: 64.569223 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAGS DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGTAP LQLGNCSVAG WILGNPECES LFSKESWSYI AETPKPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK E SSWPNHTV ...文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAGS DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGTAP LQLGNCSVAG WILGNPECES LFSKESWSYI AETPKPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK E SSWPNHTV TKGVTAACSH NGKSSFYKNL LWLTEKNGLY PNLSKSYVNN KEKEVLVLWG VHHPSNIGDQ RAIYHTENAY VS VVSSHYS RRFTPEIAKR PKVRGQEGRI NYYWTLLEPG DTIIFEANGN LIAPWYAFAL SRGFGSGIIT SNASMGECDA KCQ TPQGAI NSSLPFQNVH PVTIGECPKY VRSTKLRMVT GLRNIPSIQS RGLFGAIAGF IEGGWTGMID GWYGYHHQNE QGSG YAADQ KSTQNAINGI TNKVNSVIEK MNTQFTAVGK EFNKLERRME NLNKKVDDGF LDIWTYNAEL LVLLENERTL DFHDS NVKN LYEKVKNQLK NNAKEIGNGC FEFYHKCNNE CMESVKNGTY DYPKYSEEFL VPRGSPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDG EWV LLSTFLGHHH HHH |
-分子 #2: CR6261 Fab heavy chain
分子 | 名称: CR6261 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.066621 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSE VQLVESGAEV KKPGSSVKVS CKASGGPFRS YAISWVRQAP GQGPEWMGGI IPIFGTTKYA PKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSED TAMYYCAKHM GYQVRETMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSE VQLVESGAEV KKPGSSVKVS CKASGGPFRS YAISWVRQAP GQGPEWMGGI IPIFGTTKYA PKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSED TAMYYCAKHM GYQVRETMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EP KSCDKHH HHHH |
-分子 #3: CR6261 Fab light chain
分子 | 名称: CR6261 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.514395 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSQ SVLTQPPSVS AAPGQKVTIS CSGSSSNIGN DYVSWYQQLP GTAPKLLIYD NNKRPSGIPD RFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYCA TWDRRPTAYV VFGGGTKLTV LGAAAGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT L VCLISDFY ...文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSQ SVLTQPPSVS AAPGQKVTIS CSGSSSNIGN DYVSWYQQLP GTAPKLLIYD NNKRPSGIPD RFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYCA TWDRRPTAYV VFGGGTKLTV LGAAAGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT L VCLISDFY PGAVTVAWKA DSSPVKAGVE TTTPSKQSNN KYAASSYLSL TPEQWKSHRS YSCQVTHEGS TVEKTVAPTE CS |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 140 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12095 / 平均露光時間: 2.307 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |