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万見
- EMDB-27414: Cryo-EM structure of conjugation pili from Aeropyrum pernix -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27414
タイトルCryo-EM structure of conjugation pili from Aeropyrum pernix
マップデータConjugation pili from Aeropyrum pernix
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Conjugation pilin protein
    • タンパク質・ペプチド: Pilin protein
  • リガンド: (2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[(2R,6S,10S,14R)-2,6,10,14,18-pentamethylnonadecyl]oxy}propyl dihydrogen phosphate
キーワードArchaeal conjugation pilus / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性: / membrane / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Beltran LC / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery.
著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P ...著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P Conticello / Edward H Egelman / Mart Krupovic /
要旨: Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient ...Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient cell via an extracellular appendage known as the mating pilus. In bacteria, the conjugation machinery is encoded by plasmids or transposons and typically mediates the transfer of cognate mobile genetic elements. Much less is known about conjugation in archaea. Here, we determine atomic structures by cryo-electron microscopy of three conjugative pili, two from hyperthermophilic archaea (Aeropyrum pernix and Pyrobaculum calidifontis) and one encoded by the Ti plasmid of the bacterium Agrobacterium tumefaciens, and show that the archaeal pili are homologous to bacterial mating pili. However, the archaeal conjugation machinery, known as Ced, has been 'domesticated', that is, the genes for the conjugation machinery are encoded on the chromosome rather than on mobile genetic elements, and mediates the transfer of cellular DNA.
履歴
登録2022年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27414.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Conjugation pili from Aeropyrum pernix
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.138
最小 - 最大-0.40478286 - 0.80903393
平均 (標準偏差)0.004112166 (±0.038189486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Conjugation pili from Aeropyrum pernix

ファイルemd_27414_half_map_1.map
注釈Conjugation pili from Aeropyrum pernix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Conjugation pili from Aeropyrum pernix

ファイルemd_27414_half_map_2.map
注釈Conjugation pili from Aeropyrum pernix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Conjugation pilin protein

全体名称: Conjugation pilin protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Conjugation pilin protein
    • タンパク質・ペプチド: Pilin protein
  • リガンド: (2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[(2R,6S,10S,14R)-2,6,10,14,18-pentamethylnonadecyl]oxy}propyl dihydrogen phosphate

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超分子 #1: Conjugation pilin protein

超分子名称: Conjugation pilin protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌)

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分子 #1: Pilin protein

分子名称: Pilin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌)
分子量理論値: 9.070671 KDa
配列文字列:
AADIVQMVED LTGKLTALAW ALFLLSWSIG WTLRGSPIPS SRIKRVGNSL IEDSMWAALW LALGTTVFAV IVRLAGIVNE VLLG

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: (2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[...

分子名称: (2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[(2R,6S,10S,14R)-2,6,10,14,18-pentamethylnonadecyl]oxy}propyl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: RHR
分子量理論値: 859.376 Da
Chemical component information

ChemComp-RHR:
(2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[(2R,6S,10S,14R)-2,6,10,14,18-pentamethylnonadecyl]oxy}propyl dihydrogen phosphate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.61 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 76.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 44262
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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