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万見
- PDB-8dfu: Cryo-EM structure of conjugation pili from Aeropyrum pernix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfu
タイトルCryo-EM structure of conjugation pili from Aeropyrum pernix
要素Pilin protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Archaeal conjugation pilus
機能・相同性: / membrane / Chem-RHR / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Beltran, L.C. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery.
著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P ...著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P Conticello / Edward H Egelman / Mart Krupovic /
要旨: Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient ...Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient cell via an extracellular appendage known as the mating pilus. In bacteria, the conjugation machinery is encoded by plasmids or transposons and typically mediates the transfer of cognate mobile genetic elements. Much less is known about conjugation in archaea. Here, we determine atomic structures by cryo-electron microscopy of three conjugative pili, two from hyperthermophilic archaea (Aeropyrum pernix and Pyrobaculum calidifontis) and one encoded by the Ti plasmid of the bacterium Agrobacterium tumefaciens, and show that the archaeal pili are homologous to bacterial mating pili. However, the archaeal conjugation machinery, known as Ced, has been 'domesticated', that is, the genes for the conjugation machinery are encoded on the chromosome rather than on mobile genetic elements, and mediates the transfer of cellular DNA.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_admin / em_staining / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pilin protein
A: Pilin protein
C: Pilin protein
D: Pilin protein
E: Pilin protein
F: Pilin protein
G: Pilin protein
H: Pilin protein
I: Pilin protein
J: Pilin protein
K: Pilin protein
L: Pilin protein
M: Pilin protein
N: Pilin protein
O: Pilin protein
P: Pilin protein
Q: Pilin protein
R: Pilin protein
S: Pilin protein
T: Pilin protein
U: Pilin protein
V: Pilin protein
W: Pilin protein
X: Pilin protein
Y: Pilin protein
Z: Pilin protein
0: Pilin protein
1: Pilin protein
2: Pilin protein
3: Pilin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,68390
ポリマ－272,12030
非ポリマー51,56360
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Pilin protein


分子量: 9070.671 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aeropyrum pernix (古細菌) / 参照: UniProt: A0A401HBH5
#2: 化合物...
ChemComp-RHR / (2S)-3-{[(3R,7S,11S,15S)-3,7,11,15,19-pentamethylicosyl]oxy}-2-{[(2R,6S,10S,14R)-2,6,10,14,18-pentamethylnonadecyl]oxy}propyl dihydrogen phosphate


分子量: 859.376 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H107O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Conjugation pilin protein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Aeropyrum pernix (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 76.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.61 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44262 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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