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- EMDB-27248: Sub-tomogram averaged map of full-length post-fusion CHIKV E1 gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27248
タイトルSub-tomogram averaged map of full-length post-fusion CHIKV E1 glycoprotein trimer
マップデータSub-tomogram averaged map of membrane attached full-length post-fusion CHIKV E1 glycoprotein trimer
試料
  • 複合体: Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer from Chikungunya virus
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
  • リガンド: BROMIDE ION
  • リガンド: HOLMIUM ATOM
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: water
キーワードenvelope glycoprotein / membrane fusion / virus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.2 Å
データ登録者Mangala Prasad V / Lee KK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM099989 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Visualization of conformational changes and membrane remodeling leading to genome delivery by viral class-II fusion machinery.
著者: Vidya Mangala Prasad / Jelle S Blijleven / Jolanda M Smit / Kelly K Lee /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a human pathogen that delivers its genome to the host cell cytoplasm through endocytic low pH-activated membrane fusion mediated by class-II fusion proteins. Though ...Chikungunya virus (CHIKV) is a human pathogen that delivers its genome to the host cell cytoplasm through endocytic low pH-activated membrane fusion mediated by class-II fusion proteins. Though structures of prefusion, icosahedral CHIKV are available, structural characterization of virion interaction with membranes has been limited. Here, we have used cryo-electron tomography to visualize CHIKV's complete membrane fusion pathway, identifying key intermediary glycoprotein conformations coupled to membrane remodeling events. Using sub-tomogram averaging, we elucidate features of the low pH-exposed virion, nucleocapsid and full-length E1-glycoprotein's post-fusion structure. Contrary to class-I fusion systems, CHIKV achieves membrane apposition by protrusion of extended E1-glycoprotein homotrimers into the target membrane. The fusion process also features a large hemifusion diaphragm that transitions to a wide pore for intact nucleocapsid delivery. Our analyses provide comprehensive ultrastructural insights into the class-II virus fusion system function and direct mechanistic characterization of the fundamental process of protein-mediated membrane fusion.
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 251 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram averaged map of membrane attached full-length post-fusion CHIKV E1 glycoprotein trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.61 Å/pix.
x 40 pix.
= 264.48 Å		6.61 Å/pix.
x 40 pix.
= 264.48 Å		6.61 Å/pix.
x 40 pix.
= 264.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.612 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.55
最小 - 最大-5.7554083 - 9.380604999999999
平均 (標準偏差)0.00000009890514 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-20-20-20
サイズ404040
Spacing404040
セルA=B=C: 264.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Odd-half map

ファイルemd_27248_half_map_1.map
注釈Odd-half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Even half map

ファイルemd_27248_half_map_2.map
注釈Even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer f...

全体名称: Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer from Chikungunya virus
要素
  • 複合体: Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer from Chikungunya virus
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
  • リガンド: BROMIDE ION
  • リガンド: HOLMIUM ATOM
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer f...

超分子名称: Sub-tomogram averaged map of post-fusion E1 glycoprotein trimer from Chikungunya virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The previously determined X-ray crystal structure PDB ID 1RER was rigidly docked into the sub-tomogram averaged map but no further refinement was performed
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
分子量理論値: 42.690125 KDa
配列文字列: YEHSTVMPNV VGFPYKAHIE RPGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYV KCCGASECST KEKPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCRHDHA SAYKAHTASL KAKVRVMYGN VNQTVDVYVN GDHAVTIGGT Q FIFGPLSS ...文字列:
YEHSTVMPNV VGFPYKAHIE RPGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPYV KCCGASECST KEKPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCRHDHA SAYKAHTASL KAKVRVMYGN VNQTVDVYVN GDHAVTIGGT Q FIFGPLSS AWTPFDNKIV VYKDEVFNQD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESNDLYANTA LKLARPSPGM VHVPYTQTPS GF KYWLKEK GTALNTKAPF GCQIKTNPVR AMNCAVGNIP VSMNLPDSAF TRIVEAPTII DLTCTVATCT HSSDFGGVLT LTY KTNKNG DCSVHSHSNV ATLQEATAKV KTAGKVTLHF STASASPSFV VSLCSARATC SASCEPPKDH IVPYA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #5: BROMIDE ION

分子名称: BROMIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: BR
分子量理論値: 79.904 Da
Chemical component information

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド

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分子 #6: HOLMIUM ATOM

分子名称: HOLMIUM ATOM / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: HO
分子量理論値: 164.93 Da
Chemical component information

ChemComp-HO:
HOLMIUM ATOM / ホルミウムヒドリド

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分子 #7: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 139 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.1 / 詳細: Hepes Buffer Saline
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 7-8 seconds.
詳細Sub-volumes picked from liposome membrane surface

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 590
抽出トモグラム数: 40 / 使用した粒子像数: 591 / 参照モデル: crystal structure / ソフトウェア - 名称: PEET
詳細: low pass filtered map of post-fusion E1--homotrimer crystal structure
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1rer


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8d87:
Fitted crystal structure of the homotrimer of fusion glycoprotein E1 from SFV into subtomogram averaged CHIKV E1 glycoprotein density

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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