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万見
- EMDB-27244: Cryo-EM map of detergent-solubilized human IL-6 signaling complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27244
タイトルCryo-EM map of detergent-solubilized human IL-6 signaling complex with full extracellular domains
マップデータIL6 signaling complex main map
試料
  • 複合体: Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130
    • タンパク質・ペプチド: Soluble interleukin-6 receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcytokine signaling / IL-6 / IL-6R alpha / gp130 / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / negative regulation of primary miRNA processing / ciliary neurotrophic factor receptor activity ...ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / negative regulation of primary miRNA processing / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / interleukin-27 receptor activity / regulation of microglial cell activation / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-27-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / germinal center B cell differentiation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / positive regulation of adaptive immune response / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of acute inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / intestinal epithelial cell development / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / growth factor binding / Interleukin-6 signaling / glycogen metabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / cytokine binding / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 / Interleukin-6 receptor subunit alpha / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Zhou Y / Franklin MC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling.
履歴
登録2022年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 361.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IL6 signaling complex main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 456 pix.
= 387.6 Å		0.85 Å/pix.
x 456 pix.
= 387.6 Å		0.85 Å/pix.
x 456 pix.
= 387.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.6746953 - 1.2203913
平均 (標準偏差)0.00013123004 (±0.02317359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ456456456
Spacing456456456
セルA=B=C: 387.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27244_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27244_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130

全体名称: Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130
要素
  • 複合体: Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130
    • タンパク質・ペプチド: Soluble interleukin-6 receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130

超分子名称: Human IL-6 in complex with IL-6R alpha and detergent-solubilized gp130
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Soluble interleukin-6 receptor subunit alpha

分子名称: Soluble interleukin-6 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.69432 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LAPRRCPAQE VARGVLTSLP GDSVTLTCPG VEPEDNATVH WVLRKPAAGS HPSRWAGMGR RLLLRSVQLH DSGNYSCYRA GRPAGTVHL LVDVPPEEPQ LSCFRKSPLS NVVCEWGPRS TPSLTTKAVL LVRKFQNSPA EDFQEPCQYS QESQKFSCQL A VPEGDSSF ...文字列:
LAPRRCPAQE VARGVLTSLP GDSVTLTCPG VEPEDNATVH WVLRKPAAGS HPSRWAGMGR RLLLRSVQLH DSGNYSCYRA GRPAGTVHL LVDVPPEEPQ LSCFRKSPLS NVVCEWGPRS TPSLTTKAVL LVRKFQNSPA EDFQEPCQYS QESQKFSCQL A VPEGDSSF YIVSMCVASS VGSKFSKTQT FQGCGILQPD PPANITVTAV ARNPRWLSVT WQDPHSWNSS FYRLRFELRY RA ERSKTFT TWMVKDLQHH CVIHDAWSGL RHVVQLRAQE EFGQGEWSEW SPEAMGTPWT ESRSPPAENE VSTPMGPGGE QKL ISEEDL GGEQKLISEE DLSGHHHHHH

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit alpha

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分子 #2: Interleukin-6

分子名称: Interleukin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.83777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VPPGEDSKDV AAPHRQPLTS SERIDKQIRY ILDGISALRK ETCNKSNMCE SSKEALAENN LNLPKMAEKD GCFQSGFNEE TCLVKIITG LLEFEVYLEY LQNRFESSEE QARAVQMSTK VLIQFLQKKA KNLDAITTPD PTTNASLLTK LQAQNQWLQD M TTHLILRS FKEFLQSSLR ALRQM

UniProtKB: Interleukin-6

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分子 #3: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.085125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY ...文字列:
ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY FVNIEVWVEA ENALGKVTSD HINFDPVYKV KPNPPHNLSV INSEELSSIL KLTWTNPSIK SVIILKYNIQ YR TKDASTW SQIPPEDTAS TRSSFTVQDL KPFTEYVFRI RCMKEDGKGY WSDWSEEASG ITYEDRPSKA PSFWYKIDPS HTQ GYRTVQ LVWKTLPPFE ANGKILDYEV TLTRWKSHLQ NYTVNATKLT VNLTNDRYLA TLTVRNLVGK SDAAVLTIPA CDFQ ATHPV MDLKAFPKDN MLWVEWTTPR ESVKKYILEW CVLSDKAPCI TDWQQEDGTV HRTYLRGNLA ESKCYLITVT PVYAD GPGS PESIKAYLKQ APPSKGPTVR TKKVGKNEAV LEWDQLPVDV QNGFIRNYTI FYRTIIGNET AVNVDSSHTE YTLSSL TSD TLYMVRMAAY TDEGGKDGPE FTFTTPKFAQ GEIEAIVVPV CLAFLLTTLL GVLFCFNKRD LIKKHIWPNV PDPSKSH IA QWSPHTPPRH NFNSKDQMYS DGNFTDVSVV EIEAND

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit beta

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105760
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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