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- EMDB-2714: Negative stain reconstruction of AcrB/SMALP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2714
タイトルNegative stain reconstruction of AcrB/SMALP complex
マップデータReconstruction of AcrB encapsulated in a SMALP polymer
試料
  • 試料: E. coli AcrB in a SMALP scaffold
  • タンパク質・ペプチド: Acridine resistance protein B
キーワードAcrB / negative stain / SMALP
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Postis V / Rawson S / Mitchell JK / Lee SC / Parslow R / Dafforn TR / Baldwin SA / Muench SP
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2015
タイトル: The use of SMALPs as a novel membrane protein scaffold for structure study by negative stain electron microscopy.
著者: Vincent Postis / Shaun Rawson / Jennifer K Mitchell / Sarah C Lee / Rosemary A Parslow / Tim R Dafforn / Stephen A Baldwin / Stephen P Muench /
要旨: Despite the great progress recently made in resolving their structures, investigation of the structural biology of membrane proteins still presents major challenges. Even with new technical advances ...Despite the great progress recently made in resolving their structures, investigation of the structural biology of membrane proteins still presents major challenges. Even with new technical advances such as lipidic cubic phase crystallisation, obtaining well-ordered crystals remains a significant hurdle in membrane protein X-ray crystallographic studies. As an alternative, electron microscopy has been shown to be capable of resolving >3.5Å resolution detail in membrane proteins of modest (~300 kDa) size, without the need for crystals. However, the conventional use of detergents for either approach presents several issues, including the possible effects on structure of removing the proteins from their natural membrane environment. As an alternative, it has recently been demonstrated that membrane proteins can be effectively isolated, in the absence of detergents, using a styrene maleic acid co-polymer (SMA). This approach yields SMA lipid particles (SMALPs) in which the membrane proteins are surrounded by a small disk of lipid bilayer encircled by polymer. Here we use the Escherichia coli secondary transporter AcrB as a model membrane protein to demonstrate how a SMALP scaffold can be used to visualise membrane proteins, embedded in a near-native lipid environment, by negative stain electron microscopy, yielding structures at a modest resolution in a short (days) timeframe. Moreover, we show that AcrB within a SMALP scaffold is significantly more active than the equivalent DDM stabilised form. The advantages of SMALP scaffolds within electron microscopy are discussed and we conclude that they may prove to be an important tool in studying membrane protein structure and function.
履歴
登録2014年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2014年12月24日-
更新2015年1月7日-
現状2015年1月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of AcrB encapsulated in a SMALP polymer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-7.28567362 - 9.009478570000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-7.2869.009-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli AcrB in a SMALP scaffold

全体名称: E. coli AcrB in a SMALP scaffold
要素
  • 試料: E. coli AcrB in a SMALP scaffold
  • タンパク質・ペプチド: Acridine resistance protein B

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超分子 #1000: E. coli AcrB in a SMALP scaffold

超分子名称: E. coli AcrB in a SMALP scaffold / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Trimeric AcrB / Number unique components: 1
分子量実験値: 360 KDa / 理論値: 360 KDa

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分子 #1: Acridine resistance protein B

分子名称: Acridine resistance protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AcrB / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E. coli / 細胞中の位置: membrane
分子量実験値: 360 KDa / 理論値: 360 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Multidrug efflux pump subunit AcrB

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl, pH 8.0, 10%(v/v) glycerol and 500mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% Uranyl acetate
グリッド詳細: Agar Carbon support film 300 mesh
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
詳細Low Dose
日付2014年2月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC200 (2k x 2k)
実像数: 307 / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 37500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Particles were picked manually using EMAN2 boxer program
CTF補正詳細: Each micrograph CTF-find 3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Gold standard FSC used in RELION for resolution determination. A simple elipsoid used as a starting model
使用した粒子像数: 6884

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1iwg


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chmiera
詳細The crystal structure was fitted as a rigid body trimer
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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