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- EMDB-27094: AT from first module of the pikromycin synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27094
タイトルAT from first module of the pikromycin synthase
マップデータLocal refinement map for one PikAT1 monomer from the engineered synthase Pik127.
試料
  • 複合体: Pik127
    • タンパク質・ペプチド: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
キーワードacyltransferase / methylmalonyl-specific / polyketide synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...: / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pikromycin polyketide synthase component PikAI
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Keatinge-Clay AT / Dickinson MS / Miyazawa T / McCool RS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106112 米国
Welch FoundationF-1712 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Priming enzymes from the pikromycin synthase reveal how assembly-line ketosynthases catalyze carbon-carbon chemistry.
著者: Miles S Dickinson / Takeshi Miyazawa / Ryan S McCool / Adrian T Keatinge-Clay /
要旨: The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups ...The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups to growing polyketide chains, it performs an extension-decoupled decarboxylation of these groups to generate primer units. When Pik127, a model triketide synthase constructed from modules of the pikromycin synthase, was studied by cryoelectron microscopy (cryo-EM), the dimeric didomain comprised of KS and the neighboring methylmalonyl-selective acyltransferase (AT) dominated the class averages and yielded structures at 2.5- and 2.8-Å resolution, respectively. Comparisons with ketosynthases complexed with their substrates revealed the conformation of the (2S)-methylmalonyl-S-phosphopantetheinyl portion of KS and KS substrates prior to decarboxylation. Point mutants of Pik127 probed the roles of residues in the KS active site, while an AT-swapped version of Pik127 demonstrated that KS can also decarboxylate malonyl groups. Mechanisms for how KS and KS domains catalyze carbon-carbon chemistry are proposed.
履歴
登録2022年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27094.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map for one PikAT1 monomer from the engineered synthase Pik127.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.81 Å/pix.
x 63 pix.
= 51.03 Å		0.81 Å/pix.
x 77 pix.
= 62.37 Å		0.81 Å/pix.
x 60 pix.
= 48.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3
最小 - 最大-6.9035516 - 14.423334000000001
平均 (標準偏差)0.000000000087096 (±0.935854)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin37135120
サイズ776063
Spacing637760
セルA: 51.03 Å / B: 62.37 Å / C: 48.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: First half map

ファイルemd_27094_half_map_1.map
注釈First half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second half map

ファイルemd_27094_half_map_2.map
注釈Second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pik127

全体名称: Pik127
要素
  • 複合体: Pik127
    • タンパク質・ペプチド: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2

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超分子 #1: Pik127

超分子名称: Pik127 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Polyketide synthase engineered from the first, second, and seventh modules of the pikromycin synthase as described in Miyazawa et al., 2021, Chem. Commun. 57:8762-8765
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 株: 15439
分子量理論値: 410 KDa

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分子 #1: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2

分子名称: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: First AT domain of pikromycin synthase / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 10-deoxymethynolide synthase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
分子量理論値: 33.011234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GVGRVAFVFP GQGTQWAGMG AELLDSSAVF AAAMAECEAA LSPYVDWSLE AVVRQAPGAP TLERVDVVQP VTFAVMVSLA RVWQHHGVT PQAVVGHSQG EIAAAYVAGA LSLDDAARVV TLRSKSIAAH LAGKGGMLSL ALSEDAVLER LAGFDGLSVA A VNGPTATV ...文字列:
GVGRVAFVFP GQGTQWAGMG AELLDSSAVF AAAMAECEAA LSPYVDWSLE AVVRQAPGAP TLERVDVVQP VTFAVMVSLA RVWQHHGVT PQAVVGHSQG EIAAAYVAGA LSLDDAARVV TLRSKSIAAH LAGKGGMLSL ALSEDAVLER LAGFDGLSVA A VNGPTATV VSGDPVQIEE LARACEADGV RARVIPVDYA SHSRQVEIIE SELAEVLAGL SPQAPRVPFF STLEGAWITE PV LDGGYWY RNLRHRVGFA PAVETLATDE GFTHFVEVSA HPVLTMALPG TVTGLATLRR DNGGQDRLVA SLAEAWAN

UniProtKB: Pikromycin polyketide synthase component PikAI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMK3PO4potassium phosphate
0.5 mMC9H15O6PTCEP
3.0 mMC25H40N7O19P3Smethylmalonyl-CoA
1.0 mMC21H30N7O17P3NADPH

詳細: Buffer was made fresh because TCEP rapidly degrades in phosphate
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for 3 seconds with a force of "1" before plunging..
詳細This sample was monodisperse. It was incubated with its substrates, methylmalonyl-CoA and NADPH, for 30 min. at 25 C before freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Collected 4284 movies at 0 degrees tilt and 2912 movies at -30 degrees tilt
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7196 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / 詳細: 20 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 61728 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6761206
詳細: From blob picker, 6,761,206 particles were selected. Then, from template picker, 2,350,020 particles were selected.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio generated in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
詳細: Maps were density modified using Phenix to a calculated resolution of 2.77 Angstroms.
使用した粒子像数: 184737
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: Ab initio generated in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 78019 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
詳細: The selected class contained 184,737 particles. These were C2 symmetry expanded, and local refinement using a mask around the AT was performed.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2qo3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Phenix
得られたモデル

PDB-8czc:
AT from first module of the pikromycin synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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