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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | |||||||||
![]() | Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | |||||||||
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![]() | Oxidoreductase / ferroxidase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Iron uptake and transport / Neutrophil degranulation / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / defense response to Gram-positive bacterium / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å | |||||||||
![]() | Malcolm TR / Brown HG / Hanssen E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical Characterization of Caenorhabditis elegans Ferritins 著者: Mubarak SMM / Malcolm TR / Brown HG / Hanssen E / Maher MJ / McColl G / Jameson GNL | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 67.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 124.6 MB 124.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 867 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 866.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cu8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
ファイル | emd_26996_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
ファイル | emd_26996_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Homo 24-mer of Ferritin 2
全体 | 名称: Homo 24-mer of Ferritin 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo 24-mer of Ferritin 2
超分子 | 名称: Homo 24-mer of Ferritin 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ferritin
分子 | 名称: Ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 19.371547 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SLARQNYHSE VEAAVNKQIN IELYASYVYL SMSFYFDRDD VALPNIAKFF KEQSDEEREH ATELMRVQNL RGGRVVLQDI QKPENDEWG TALKAFEAAL ALEKFNNESL LKLHSTAGNH NDAHLTDFIE EKYLDEQVKS INEFARMVAN LKRVGPGVGE Y VFDKEHFS UniProtKB: Ferritin |
-分子 #2: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2271 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 47.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 398769 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |