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万見
- EMDB-26879: Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26879
タイトルStructure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-6
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein
      • 複合体: M8a-6 Fab VH and VL domains
        • 複合体: M8a-6 Fab CH1 and CL domains
          • タンパク質・ペプチド: M8a-6 Fab heavy chain
          • タンパク質・ペプチド: M8a-6 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fan C / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1P01AI138938-S1 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Neutralizing monoclonal antibodies elicited by mosaic RBD nanoparticles bind conserved sarbecovirus epitopes.
著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / ...著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / Kathryn E Malecek / John C Williams / Pamela J Bjorkman /
要旨: Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding ...Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding domains (RBDs) from eight sarbecoviruses (mosaic-8 RBD-nanoparticles) efficiently elicits cross-reactive polyclonal antibodies against conserved sarbecovirus RBD epitopes. Here, we identified monoclonal antibodies (mAbs) capable of cross-reactive binding and neutralization of animal sarbecoviruses and SARS-CoV-2 variants by screening single mouse B cells secreting IgGs that bind two or more sarbecovirus RBDs. Single-particle cryo-EM structures of antibody-spike complexes, including a Fab-Omicron complex, mapped neutralizing mAbs to conserved class 1/4 RBD epitopes. Structural analyses revealed neutralization mechanisms, potentials for intra-spike trimer cross-linking by IgGs, and induced changes in trimer upon Fab binding. In addition, we identified a mAb-resembling Bebtelovimab, an EUA-approved human class 3 anti-RBD mAb. These results support using mosaic RBD-nanoparticle vaccination to generate and identify therapeutic pan-sarbecovirus and pan-variant mAbs.
履歴
登録2022年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.61334425 - 0.9733062
平均 (標準偏差)9.1014525e-05 (±0.022906313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: local refinement map of RBD-Fab

ファイルemd_26879_additional_1.map
注釈local refinement map of RBD-Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26879_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26879_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab

全体名称: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein
      • 複合体: M8a-6 Fab VH and VL domains
        • 複合体: M8a-6 Fab CH1 and CL domains
          • タンパク質・ペプチド: M8a-6 Fab heavy chain
          • タンパク質・ペプチド: M8a-6 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab

超分子名称: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-6 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 25 KDa

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超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein
タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: stabilized with hexaproline
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: M8a-6 Fab VH and VL domains

超分子名称: M8a-6 Fab VH and VL domains / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: M8a-6 Fab CH1 and CL domains

超分子名称: M8a-6 Fab CH1 and CL domains / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 3 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 139.344438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPA SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLN RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NQNAQALNTL V KQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ YIKWPSGRLV PRGSPGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH H

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分子 #2: M8a-6 Fab heavy chain

分子名称: M8a-6 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.353287 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQPGTE LVMPGASVKL SCKTSGYTFT HYWMHWVKQR PGEGLEWIGE IAPSDNYVKY NQKFKGKSTL SVDRSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYFCARP DNSGYPVYFD YWGQGTSLTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLQQPGTE LVMPGASVKL SCKTSGYTFT HYWMHWVKQR PGEGLEWIGE IAPSDNYVKY NQKFKGKSTL SVDRSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYFCARP DNSGYPVYFD YWGQGTSLTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #3: M8a-6 Fab light chain

分子名称: M8a-6 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.52508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSQKF MSTSLGDRVS ISCKASQDVG TTVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGTGSGTD YTLTISSVAA EDLALYYCQ QHYNTPYTFG GGTKLEIERT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSQKF MSTSLGDRVS ISCKASQDVG TTVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGTGSGTD YTLTISSVAA EDLALYYCQ QHYNTPYTFG GGTKLEIERT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 48 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMTrisTris
0.02 %NaN3Sodium azide
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4293 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 842602
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sc1

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 159604
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7sc1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 85
得られたモデル

PDB-7uz5:
Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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