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万見
- EMDB-26813: IgA1 Protease with IgA1 substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26813
タイトルIgA1 Protease with IgA1 substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: IgA1 Protease with IgA1 substrate
    • タンパク質・ペプチド: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy constant
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain
キーワードcomplex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway ...secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway / antigen binding / serine-type peptidase activity / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / metalloendopeptidase activity / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 ...Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Trypsin-like peptidase domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
LPXTG-motif cell wall anchor domain protein / Immunoglobulin heavy constant alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gemella haemolysans (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Eisenmesser ZE / Zheng H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146295 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A substrate-induced gating mechanism is conserved among Gram-positive IgA1 metalloproteases.
著者: Jasmina S Redzic / Jeremy Rahkola / Norman Tran / Todd Holyoak / Eunjeong Lee / Antonio Javier Martín-Galiano / Nancy Meyer / Hongjin Zheng / Elan Eisenmesser /
要旨: The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by ...The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by producing IgA1 proteases (IgA1Ps). Our lab was the first to describe the structures of a metal-dependent IgA1P (metallo-IgA1P) produced from Gram-positive Streptococcus pneumoniae both in the absence and presence of its IgA1 substrate through cryo-EM single particle reconstructions. This prior study revealed an active-site gating mechanism reliant on substrate-induced conformational changes to the enzyme that begged the question of whether such a mechanism is conserved among the wider Gram-positive metallo-IgA1P subfamily of virulence factors. Here, we used cryo-EM to characterize the metallo-IgA1P of a more distantly related family member from Gemella haemolysans, an emerging opportunistic pathogen implicated in meningitis, endocarditis, and more recently bacteremia in the elderly. While the substrate-free structures of these two metallo-IgA1Ps exhibit differences in the relative starting positions of the domain responsible for gating substrate, the enzymes have similar domain orientations when bound to IgA1. Together with biochemical studies that indicate these metallo-IgA1Ps have similar binding affinities and activities, these data indicate that metallo-IgA1P binding requires the specific IgA1 substrate to open the enzymes for access to their active site and thus, largely conform to an "induced fit" model.
履歴
登録2022年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.8 Å/pix.
x 440 pix.
= 352.88 Å		0.8 Å/pix.
x 440 pix.
= 352.88 Å		0.8 Å/pix.
x 440 pix.
= 352.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.802 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.12158503 - 0.35443196
平均 (標準偏差)0.00044306548 (±0.008473598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 352.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26813_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26813_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26813_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IgA1 Protease with IgA1 substrate

全体名称: IgA1 Protease with IgA1 substrate
要素
  • 複合体: IgA1 Protease with IgA1 substrate
    • タンパク質・ペプチド: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy constant
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain

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超分子 #1: IgA1 Protease with IgA1 substrate

超分子名称: IgA1 Protease with IgA1 substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gemella haemolysans (バクテリア)

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分子 #1: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein

分子名称: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemella haemolysans (バクテリア)
分子量理論値: 146.820328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DEKKDDIKEE KQVDKKLELR NISNVELYTL ENNKYRHVSS LSSVPTNPEA YFMKVKSENF KDVMLPVKSI ESARKDNQDV YKIVGQAND LIQHENNITL ENYTYYLPKT VNSENGVYTS FKNLVDAMNI NPYGTFRLGA TMDAREVELS DGQESYINKE F SGKLIGEN ...文字列:
DEKKDDIKEE KQVDKKLELR NISNVELYTL ENNKYRHVSS LSSVPTNPEA YFMKVKSENF KDVMLPVKSI ESARKDNQDV YKIVGQAND LIQHENNITL ENYTYYLPKT VNSENGVYTS FKNLVDAMNI NPYGTFRLGA TMDAREVELS DGQESYINKE F SGKLIGEN KGKYYAIYNL KKPLFKALSH ATIQDLSIKE ANVSSKEDAA TIAKEAKNDT TIANVHSSGV IAGERSIGGL IS QVTDSTI SNSSFTGRIT NTYDTTATYQ IGGLVGKLSG VGALIEKSIS SIDMATNANT GDQVVGGVAG VVDKKATIRN SYV EGNLNN VKPFGKVGGV VGNLWDRETS EVSNSGNLTN VLSDVNVTNG NAIAGYDFNG IKATNTYSNK NNKVVKVVQV DDEV LSKDS EEQRGTVLEN NIVLEKKIEL VPKKNTKIED FNFSSRYETD YKNLKDADVS RLRVYKNIEK LLPFYNRETI VKYGN LVDA NNTLYTKDLV SVVPMKDKEV ISDINKNKTS INKLLLHYSD NTSQTLDIKY LQDFSKVAEY EIANTKLIYT PNTLLH SYN NIVKAVLNDL KSVQYDSDAV RKVLDISSNI KLTELYLDEQ FTKTKANIED SLSKLLSADA VIAENSNSII DNYVIEK IK NNKEALLLGL TYLERWYNFK YDNTSAKDLV LYHLDFFGKS NSSALDNVIE LGKSGFNNLL AKNNVITYNV LLSKNYGT E GLFKALEGYR KVFLPNVSNN DWFKTQSKAY IVEEKSTIPE VSSKQSKQGT EHSIGVYDRL TSPSWKYQSM VLPLLTLPE EKMIFMIANI STIGFGAYDR YRSSEYPKGD KLNRFVEENA QAAAKRFRDH YDYWYKILDK ENKEKLFRSV LVYDAFRFGN DTNKETQEA NFETNNPVIK NFFGPAGNNV VHNKHGAYAT GDAFYYMAYR MLDKSGAVTY THAMTHNSDR EIYLGGYGRR S GLGPEFYA KGLLQAPDHS YDPTITINSV LKYDDSENST RLQIADPTQR FTNVEDLHNY MHNMFDLIYT LEILEGRAVA KL DYNEKND LLRKIENIYK KDPDGNSVYA TNAVRRLTSD EIKNLTSFDK LIENDVITRR GYIDQGEYER NGYHTINLFS PIY SALSSK IGTPGDLMGR RMAFELLAAK GYKEGMVPYI SNQYEKEAKD RGSKIRSYGK EIGLVTDDLV LEKVFNKKYG SWVE FKKDM YKERVEQFSK LNRVSFFDPN GPWGRQKNVT VNNISVLEKM IETAVREDAE DFTAQVYPDT NSRVLKLKKA IFKAY LDQT KDFRTSIFGG K

UniProtKB: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein

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分子 #2: Immunoglobulin alpha-1 heavy constant

分子名称: Immunoglobulin alpha-1 heavy constant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.784846 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: CHPRLSLHRP ALEDLLLGSE ANLTCTLTGL RDASGVTFTW TPSSGKSAVQ GPPERDLCGC YSVSSVLPGC AEPWNHGKTF TCTAAYPES KTPLTATLSK SGNTFRPEVH LLPPPSEELA LNELVTLTCL ARGFSPKDVL VRWLQGSQEL PREKYLTWAS R QEPSQGTT ...文字列:
CHPRLSLHRP ALEDLLLGSE ANLTCTLTGL RDASGVTFTW TPSSGKSAVQ GPPERDLCGC YSVSSVLPGC AEPWNHGKTF TCTAAYPES KTPLTATLSK SGNTFRPEVH LLPPPSEELA LNELVTLTCL ARGFSPKDVL VRWLQGSQEL PREKYLTWAS R QEPSQGTT TFAVTSILRV AAEDWKKGDT FSCMVGHEAL PLAFTQKTID R

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant alpha 1

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分子 #3: Immunoglobulin alpha-1 light chain

分子名称: Immunoglobulin alpha-1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.009725 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSQSLL RRDGHNDLEW YLQKPGQSPQ PLIYLGSTRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI IRVEAEDAG TYYCMQNKQT PLTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSQSLL RRDGHNDLEW YLQKPGQSPQ PLIYLGSTRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI IRVEAEDAG TYYCMQNKQT PLTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #4: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain

分子名称: Immunoglobulin alpha-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.554428 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFTLS GSNVHWVRQA SGKGLEWVGR IKRNAESDAT AYAASMRGRL TISRDDSKNT AFLQMNSLK SDDTAMYYCV IRGDVYNRQW GQGTLVTVSS ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT W SESGQGVT ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFTLS GSNVHWVRQA SGKGLEWVGR IKRNAESDAT AYAASMRGRL TISRDDSKNT AFLQMNSLK SDDTAMYYCV IRGDVYNRQW GQGTLVTVSS ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT W SESGQGVT ARNFPPSQDA SGDLYTTSSQ LTLPATQCLA GKSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPVPSTPPT PSPS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xjb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 205808
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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