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万見
- EMDB-26739: Integrin alphaM/beta2 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26739
タイトルIntegrin alphaM/beta2 ectodomain
マップデータComposite map of sharpened global and local reconstructions
試料
  • 複合体: Integrin alphaM/beta2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIntegrin / Complement / Receptor / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / cellular extravasation / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning ...ectodermal cell differentiation / cellular extravasation / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / negative regulation of dopamine metabolic process / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response / complement receptor mediated signaling pathway / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / endothelial cell migration / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / cell-matrix adhesion / response to ischemia / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goldsmith JA / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155453 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis for non-canonical integrin engagement by Bordetella adenylate cyclase toxin.
著者: Jory A Goldsmith / Andrea M DiVenere / Jennifer A Maynard / Jason S McLellan /
要旨: Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin ...Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin (ACT) uses the αβ integrin as a receptor, but the structural basis for integrin binding and neutralization by antibodies is poorly understood. Here, we use cryoelectron microscopy to determine a 2.7 Å resolution structure of an ACT fragment bound to αβ. This structure reveals that ACT interacts with the headpiece and calf-2 of the α subunit in a non-canonical manner specific to bent, inactive αβ. Neutralizing antibody epitopes map to ACT residues involved in α binding, providing the basis for antibody-mediated attachment inhibition. Furthermore, binding to αβ positions the essential ACT acylation sites, which are conserved among toxins exported by type I secretion systems, at the cell membrane. These findings reveal a structural mechanism for integrin-mediated attachment and explain antibody-mediated neutralization of ACT intoxication.
履歴
登録2022年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of sharpened global and local reconstructions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 338 pix.
= 362.674 Å		1.07 Å/pix.
x 338 pix.
= 362.674 Å		1.07 Å/pix.
x 338 pix.
= 362.674 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0
最小 - 最大-7.691478 - 194.034330000000011
平均 (標準偏差)0.011564966 (±1.2620491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 362.67398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Integrin alphaM/beta2 ectodomain

全体名称: Integrin alphaM/beta2 ectodomain
要素
  • 複合体: Integrin alphaM/beta2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Integrin alphaM/beta2 ectodomain

超分子名称: Integrin alphaM/beta2 ectodomain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-M

分子名称: Integrin alpha-M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 128.455289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK ...文字列:
FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK TLFSLMQYSE EFRIHFTFKE FQNNPNPRSL VKPITQLLGR THTATGIRKV VRELFNITNG ARKNAFKILV VI TDGEKFG DPLGYEDVIP EADREGVIRY VIGVGDAFRS EKSRQELNTI ASKPPRDHVF QVNNFEALKT IQNQLREKIF AIE GTQTGS SSSFEHEMSQ EGFSAAITSN GPLLSTVGSY DWAGGVFLYT SKEKSTFINM TRVDSDMNDA YLGYAAAIIL RNRV QSLVL GAPRYQHIGL VAMFRQNTGM WESNANVKGT QIGAYFGASL CSVDVDSNGS TDLVLIGAPH YYEQTRGGQV SVCPL PRGR ARWQCDAVLY GEQGQPWGRF GAALTVLGDV NGDKLTDVAI GAPGEEDNRG AVYLFHGTSG SGISPSHSQR IAGSKL SPR LQYFGQSLSG GQDLTMDGLV DLTVGAQGHV LLLRSQPVLR VKAIMEFNPR EVARNVFECN DQVVKGKEAG EVRVCLH VQ KSTRDRLREG QIQSVVTYDL ALDSGRPHSR AVFNETKNST RRQTQVLGLT QTCETLKLQL PNCIEDPVSP IVLRLNFS L VGTPLSAFGN LRPVLAEDAQ RLFTALFPFE KNCGNDNICQ DDLSITFSFM SLDCLVVGGP REFNVTVTVR NDGEDSYRT QVTFFFPLDL SYRKVSTLQN QRSQRSWRLA CESASSTEVS GALKSTSCSI NHPIFPENSE VTFNITFDVD SKASLGNKLL LKANVTSEN NMPRTNKTEF QLELPVKYAV YMVVTSHGVS TKYLNFTASE NTSRVMQHQY QVSNLGQRSL PISLVFLVPV R LNQTVIWD RPQVTFSENL SSTCHTKERL PSHSDFLAEL RKAPVVNCSI AVCQRIQCDI PFFGIQEEFN ATLKGNLSFD WY IKTSHNH LLIVSTAEIL FNDSVFTLLP GQGAFVRSQT ETKVEPFEVP NGCGGLEVLF QGPGENAQCE KELQALEKEN AQL EWELQA LEKELAQWSH PQFEKGGGSG GGGSGGSAWS HPQFEK

UniProtKB: Integrin alpha-M

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分子 #2: Integrin beta

分子名称: Integrin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.784938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP ...文字列:
QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP CPNKEKECQP PFAFRHVLKL TNNSNQFQTE VGKQLISGNL DAPEGGLDAM MQVAACPEEI GWRNVTRLLV FA TDDGFHF AGDGKLGAIL TPNDGRCHLE DNLYKRSNEF DYPSVGQLAH KLAENNIQPI FAVTSRMVKT YEKLTEIIPK SAV GELSED SSNVVHLIKN AYNKLSSRVF LDHNALPDTL KVTYDSFCSN GVTHRNQPRG DCDGVQINVP ITFQVKVTAT ECIQ EQSFV IRALGFTDIV TVQVLPQCEC RCRDQSRDRS LCHGKGFLEC GICRCDTGYI GKNCECQTQG RSSQELEGSC RKDNN SIIC SGLGDCVCGQ CLCHTSDVPG KLIYGQYCEC DTINCERYNG QVCGGPGRGL CFCGKCRCHP GFEGSACQCE RTTEGC LNP RRVECSGRGR CRCNVCECHS GYQLPLCQEC PGCPSPCGKY ISCAECLKFE KGPFGKNCSA ACPGLQLSNN PVKGRTC KE RDSEGCWVAY TLEQQDGMDR YLIYVDESRE CVAGPDGCGL EVLFQGPGKN AQCKKKLQAL KKKNAQLKWK LQALKKKL A QGGHHHHHH

UniProtKB: Integrin beta

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3k6s

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1114678
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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