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万見
- EMDB-26737: Mouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26737
タイトルMouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome
マップデータsharpened cryo-EM map from cryoSPARC used for refinement
試料
  • 複合体: MMTV strand transfer complex intasome
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • DNA: vDNA strand (non-transferred)
    • DNA: vDNA-tDNA strand (transferred)
    • DNA: tDNA strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
キーワードIntegrase-DNA complex / hydrolase (加水分解酵素) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity ...dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jozwik I / Lyumkis D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2048095 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI150472 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136680 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: B-to-A transition in target DNA during retroviral integration.
著者: Ilona K Jóźwik / Wen Li / Da-Wei Zhang / Doris Wong / Julia Grawenhoff / Allison Ballandras-Colas / Sriram Aiyer / Peter Cherepanov / Alan N Engelman / Dmitry Lyumkis /
要旨: Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of ...Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of tDNA recognition during integration, we have solved the 3.5 Å resolution cryo-EM structure of the mouse mammary tumor virus (MMTV) strand transfer complex (STC) intasome. The tDNA adopts an A-like conformation in the region encompassing the sites of vDNA joining, which exposes the sugar-phosphate backbone for IN-mediated strand transfer. Examination of existing retroviral STC structures revealed conservation of A-form tDNA in the analogous regions of these complexes. Furthermore, analyses of sequence preferences in genomic integration sites selectively targeted by six different retroviruses highlighted consistent propensity for A-philic sequences at the sites of vDNA joining. Our structure additionally revealed several novel MMTV IN-DNA interactions, as well as contacts seen in prior STC structures, including conserved Pro125 and Tyr149 residues interacting with tDNA. In infected cells, Pro125 substitutions impacted the global pattern of MMTV integration without significantly altering local base sequence preferences at vDNA insertion sites. Collectively, these data advance our understanding of retroviral intasome structure and function, as well as factors that influence patterns of vDNA integration in genomic DNA.
履歴
登録2022年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26737.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened cryo-EM map from cryoSPARC used for refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.53075886 - 1.1645713
平均 (標準偏差)0.002247109 (±0.029403819)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26737_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: deepEMhanced map for visualization and building

ファイルemd_26737_additional_1.map
注釈deepEMhanced map for visualization and building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map #2

ファイルemd_26737_half_map_1.map
注釈half-map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map #1

ファイルemd_26737_half_map_2.map
注釈half-map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MMTV strand transfer complex intasome

全体名称: MMTV strand transfer complex intasome
要素
  • 複合体: MMTV strand transfer complex intasome
    • タンパク質・ペプチド: Integraseインテグラーゼ
    • DNA: vDNA strand (non-transferred)
    • DNA: vDNA-tDNA strand (transferred)
    • DNA: tDNA strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: MMTV strand transfer complex intasome

超分子名称: MMTV strand transfer complex intasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
分子量理論値: 0.3 kDa/nm

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分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
分子量理論値: 35.753332 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ALESAQESHA LHHQNAAALR FQFHITREQA REIVKLCPNC PDWGHAPQLG VNPRGLKPRV LWQMDVTHVS EFGKLKYVHV TVDTYSHFT FATARTGEAT KDVLQHLAQS FAYMGIPQKI KTDNAPAYVS RSIQEFLARW KISHVTGIPY NPQGQAIVER T HQNIKAQL ...文字列:
ALESAQESHA LHHQNAAALR FQFHITREQA REIVKLCPNC PDWGHAPQLG VNPRGLKPRV LWQMDVTHVS EFGKLKYVHV TVDTYSHFT FATARTGEAT KDVLQHLAQS FAYMGIPQKI KTDNAPAYVS RSIQEFLARW KISHVTGIPY NPQGQAIVER T HQNIKAQL NKLQKAGKYY TPHHLLAHAL FVLNHVNMDN QGHTAAERHW GPISADPKPM VMWKDLLTGS WKGPDVLITA GR GYACVFP QDAESPIWVP DRFIRPFTER KEATPTPGTA EKTPPRDEKD QQESPKNESS PHQREDGLAT SAGVDLRSGG GP

UniProtKB: Gag-Pro-Pol polyprotein

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分子 #2: vDNA strand (non-transferred)

分子名称: vDNA strand (non-transferred) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
分子量理論値: 9.234931 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DC)

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分子 #3: vDNA-tDNA strand (transferred)

分子名称: vDNA-tDNA strand (transferred) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
分子量理論値: 12.875227 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT) (DA)(DG)

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分子 #4: tDNA strand

分子名称: tDNA strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
分子量理論値: 4.980269 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
200.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
2.0 mMDTT
10.0 mMCalcium chlorideCaCl2
25.0 mMZinc chlorideZnCl2
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C.
詳細MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and stored in liquid nitrogen for future data acquisition.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1578 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1048508
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.4)
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 50196

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原子モデル構築 1

詳細Initial model building was accomplished by rigid-body fitting of the MMTV CSC structure downloaded from the Protein Data Bank (PDB ID: 3JCA) into the EM map in Chimera 1.14 by Fit in Map tool. Unmodeled protein and DNA residues were manually built in Coot 0.9.4.1 and the structure underwent a few iterative cycles of manual model re-building and real-space refinement in Phenix. Ramachandran and secondary structure restraints were applied. To model the full octameric intasome, we additionally rigid-body docked the flanking IN dimers (PDB ID: 5CZ2) into the map. The density connecting the flanking dimers and the core was evident, but broken, and therefore a model was not derived for the linker regions. The final model accounts for the complete octameric MMTV STC intasome with connections for the linker regions.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7usf:
Mouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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