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万見
- EMDB-2664: Structure of SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SM... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2664
タイトルStructure of SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
マップデータReconstruction of the SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1
試料
  • 試料: SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
  • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase SMG1
  • タンパク質・ペプチド: SMG8
  • タンパク質・ペプチド: SMG9
  • タンパク質・ペプチド: UPF1
キーワードNMD / SMG1 / SMG8 / SMG9 / UPF1 / PIKK / RNA degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / RNA metabolic process / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / RNA metabolic process / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / eye development / chromatoid body / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / helicase activity / P-body / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / protein autophosphorylation / DNA helicase / in utero embryonic development / double-stranded DNA helicase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / chromosome, telomeric region / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 ...Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1, N-terminal / SMG1, PIKK catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase smg-1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 N-terminal / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Rapamycin binding domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / : / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8 / Regulator of nonsense transcripts 1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.9 Å
データ登録者Melero R / Uchiyama A / Castano R / Kataoka N / Kurosawa H / Ohno S / Yamashita A / Llorca O
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structures of SMG1-UPFs complexes: SMG1 contributes to regulate UPF2-dependent activation of UPF1 in NMD.
著者: Roberto Melero / Akiko Uchiyama / Raquel Castaño / Naoyuki Kataoka / Hitomi Kurosawa / Shigeo Ohno / Akio Yamashita / Oscar Llorca /
要旨: SMG1, a PI3K-related kinase, plays a critical role in nonsense-mediated mRNA decay (NMD) in mammals. SMG1-mediated phosphorylation of the UPF1 helicase is an essential step during NMD initiation. ...SMG1, a PI3K-related kinase, plays a critical role in nonsense-mediated mRNA decay (NMD) in mammals. SMG1-mediated phosphorylation of the UPF1 helicase is an essential step during NMD initiation. Both SMG1 and UPF1 are presumably activated by UPF2, but this regulation is incompletely understood. Here we reveal that SMG1C (a complex containing SMG1, SMG8, and SMG9) contributes to regulate NMD by recruiting UPF1 and UPF2 to distinct sites in the vicinity of the kinase domain. UPF2 binds SMG1 in an UPF1-independent manner in vivo, and the SMG1C-UPF2 structure shows UPF2 recognizes the FRB domain, a region that regulates the related mTOR kinase. The molecular architectures of several SMG1C-UPFs complexes, obtained by combining electron microscopy with in vivo and in vitro interaction analyses, competition experiments, and mutations, suggest that UPF2 can be transferred to UPF1 within SMG1C, inducing UPF2-dependent conformational changes required to activate UPF1 within an SMG1C-UPF1-UPF2 complex.
履歴
登録2014年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月18日-
マップ公開2014年7月9日-
更新2014年8月20日-
現状2014年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2664.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2664.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1, SMG8, SMG9 and UPF1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.84 Å/pix.
x 144 pix.
= 408.96 Å		2.84 Å/pix.
x 144 pix.
= 408.96 Å		2.84 Å/pix.
x 144 pix.
= 408.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.25 / ムービー #1: 4.25
最小 - 最大-1.93559313 - 18.281679149999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 408.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.842.842.84
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.960408.960408.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-1.93618.282-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1

全体名称: SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
要素
  • 試料: SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
  • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase SMG1
  • タンパク質・ペプチド: SMG8
  • タンパク質・ペプチド: SMG9
  • タンパク質・ペプチド: UPF1

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超分子 #1000: SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1

超分子名称: SMG1C-UPF1 complex, comprising SMG1 kinase, SMG8, SMG9 and UPF1
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase SMG1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase SMG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SMG-1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 410 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells
配列UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase SMG1
GO: DNA repair, RNA metabolic process, nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay, ATP binding

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分子 #2: SMG8

分子名称: SMG8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SMG-8 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells
配列UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8
GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8

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分子 #3: SMG9

分子名称: SMG9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: SMG-9 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 60 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells
配列UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9
GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9

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分子 #4: UPF1

分子名称: UPF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: RENT1_HUMAN / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T cells
配列UniProtKB: Regulator of nonsense transcripts 1
GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 20% glycerol, 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% uranyl formate
グリッド詳細: 400 mesh grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using a TVIPS F416 CMOS and the EM-MENU software (TVIPS)
日付2012年9月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 490 / 平均電子線量: 15 e/Å2
詳細: Using a TVIPS F416 CMOS and the EM-TOOLS software (TVIPS)
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 54926 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph using BSOFT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, Xmipp / 使用した粒子像数: 16827
最終 2次元分類クラス数: 490

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4jsp

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The structure was separately fitted using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3kgv

ソフトウェア名称: Chimera
詳細HEAT repeat regions from DNA-PKcs were separately fitted into SMG1 using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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