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- EMDB-26590: CryoEM Structure of Inactive H2R Bound to Famotidine, Nb6M, and NabFab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26590
タイトルCryoEM Structure of Inactive H2R Bound to Famotidine, Nb6M, and NabFab
マップデータFocused refinement map on receptor-nanobody
試料
  • 複合体: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab
    • 複合体: H2R
      • タンパク質・ペプチド: Histamine H2 receptor
    • 複合体: Nb6M
      • タンパク質・ペプチド: NabFab LC
    • 複合体: NabFab
      • タンパク質・ペプチド: NabFab HC
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 6M
  • リガンド: famotidine
キーワードAntagonist / Complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / gastric acid secretion / regulation of saliva secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / neurotransmitter receptor activity / neuropeptide binding / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger ...adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / gastric acid secretion / regulation of saliva secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / neurotransmitter receptor activity / neuropeptide binding / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / sensory perception of pain / locomotory behavior / G alpha (s) signalling events / defense response to virus / chemical synaptic transmission / neuron projection / immune response / dendrite / synapse / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histamine H2 receptor / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Histamine H2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Robertson MJ / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody.
著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis /
要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization.
履歴
登録2022年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26590.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement map on receptor-nanobody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 380 pix.
= 329.726 Å		0.87 Å/pix.
x 380 pix.
= 329.726 Å		0.87 Å/pix.
x 380 pix.
= 329.726 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8677 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.6005778 - 2.1898432
平均 (標準偏差)-0.0001566174 (±0.019372337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 329.72598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_26590_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26590_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26590_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of H2R, Nb6M, and NabFab

全体名称: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab
要素
  • 複合体: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab
    • 複合体: H2R
      • タンパク質・ペプチド: Histamine H2 receptor
    • 複合体: Nb6M
      • タンパク質・ペプチド: NabFab LC
    • 複合体: NabFab
      • タンパク質・ペプチド: NabFab HC
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 6M
  • リガンド: famotidine

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超分子 #1: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab

超分子名称: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: H2R

超分子名称: H2R / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Nb6M

超分子名称: Nb6M / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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超分子 #4: NabFab

超分子名称: NabFab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Histamine H2 receptor

分子名称: Histamine H2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.770184 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM APNGTASSFC LDSTACKITI TVVLAVLILI TVAGNVVVCL AVGLNRRLR NLTNCFIVSL AITDLLLGLL VLPFSAIYQL SCKWSFGKVF CNIYTSLDVM LCTASILNLF MISLDRYCAV M DPLRYPVL ...文字列:
DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM APNGTASSFC LDSTACKITI TVVLAVLILI TVAGNVVVCL AVGLNRRLR NLTNCFIVSL AITDLLLGLL VLPFSAIYQL SCKWSFGKVF CNIYTSLDVM LCTASILNLF MISLDRYCAV M DPLRYPVL VTPVRVAISL VLIWVISITL SFLSIHLGWN SRNETSKGNH TTSKCKVQVN EVYGLVDGLV TFYLPLLIMC VC YTLMILR LKSVRLLSGS REKDRNLRRI TRLVLVVVAV FVICWFPYFT AFVYRGLRGD DAINEVLEAI VLWLGYANSA LNP ILYAAL NRDFRTGYQQ LFCCRLANRN SHKTSLRSNA SQLSRTQSRE PRQQEEKPLK LQVWSGTEVT APQGATDRLE VLFQ

UniProtKB: Histamine H2 receptor, Kappa-type opioid receptor, Histamine H2 receptor

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分子 #2: Nanobody 6M

分子名称: Nanobody 6M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.418919 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QRQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGTIFR LYDMGWFRQA PGKEREGVAS ITSGGSTKYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLEPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGKGTPVTV SSHHHHHHEP EA

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分子 #3: NabFab HC

分子名称: NabFab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.684463 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH T

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分子 #4: NabFab LC

分子名称: NabFab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.258783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #5: famotidine

分子名称: famotidine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FO9
分子量理論値: 339.461 Da
Chemical component information

ChemComp-FO9:
famotidine / 薬剤, アンタゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.58 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365068
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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