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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26588 | |||||||||
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タイトル | Human NKCC1 K289NA492E Bound with Furosemide | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SLC12A2 / Outward-open / Furosemide / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao Y / Cao E | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for inhibition of the Cation-chloride cotransporter NKCC1 by the diuretic drug bumetanide 著者: Zhao Y / Roy K / Vidossich P / Cancedda L / De Vivo M / Forbush B / Cao E | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26588.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26588-v30.xml emd-26588.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26588.png | 56.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26588.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_26588_half_map_1.map.gz emd_26588_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26588 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26588_validation.pdf.gz | 834.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26588_full_validation.pdf.gz | 833.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26588_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26588_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26588 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7s1xC 7s1yC 7s1zC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11050 (タイトル: Cryo-EM structure of human NKCC1 K289NA492E bound with Furosemide Data size: 1.6 TB Data #1: Cryo-EM structure of human NKCC1 K289NA492E bound with Furosemide [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26588_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26588_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hNKCC1-Furosemide complex
全体 | 名称: hNKCC1-Furosemide complex |
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要素 |
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-超分子 #1: hNKCC1-Furosemide complex
超分子 | 名称: hNKCC1-Furosemide complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1521495 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |