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万見
- EMDB-26586: Negative stain EM map of Y2 COBRA hemagglutinin in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26586
タイトルNegative stain EM map of Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05
マップデータNegative stain EM map of Y2 COBRA hemagglutinin binding monoclonal antibody P1-05
試料
  • 複合体: Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05
    • 複合体: Y2 COBRA hemagglutinin
    • 複合体: P1-05 monoclonal antibody
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Han J / Dzimianski JV / DuBois RM / Ward A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: J Immunol / 年: 2022
タイトル: The Pre-Existing Human Antibody Repertoire to Computationally Optimized Influenza H1 Hemagglutinin Vaccines.
著者: Kaito Nagashima / John V Dzimianski / Julianna Han / Nada Abbadi / Aaron D Gingerich / Fredejah Royer / Sara O'Rourke / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Andrew B Ward / Rebecca M DuBois / Jarrod J Mousa /
要旨: Computationally optimized broadly reactive Ag (COBRA) hemagglutinin (HA) immunogens have previously been generated for several influenza subtypes to improve vaccine-elicited Ab breadth. As nearly all ...Computationally optimized broadly reactive Ag (COBRA) hemagglutinin (HA) immunogens have previously been generated for several influenza subtypes to improve vaccine-elicited Ab breadth. As nearly all individuals have pre-existing immunity to influenza viruses, influenza-specific memory B cells will likely be recalled upon COBRA HA vaccination. We determined the epitope specificity and repertoire characteristics of pre-existing human B cells to H1 COBRA HA Ags. Cross-reactivity between wild-type HA and H1 COBRA HA proteins P1, X6, and Y2 were observed for isolated mAbs. The mAbs bound five distinct epitopes on the pandemic A/California/04/2009 HA head and stem domains, and most mAbs had hemagglutination inhibition and neutralizing activity against 2009 pandemic H1 strains. Two head-directed mAbs, CA09-26 and CA09-45, had hemagglutination inhibition and neutralizing activity against a prepandemic H1 strain. One mAb, P1-05, targeted the stem region of H1 HA, but did not compete with a known stem-targeting H1 mAb. We determined that mAb P1-05 recognizes a recently discovered HA epitope, the anchor epitope, and we identified similar mAbs using B cell repertoire sequencing. In addition, the trimerization domain distance from HA was critical to recognition of this epitope by mAb P1-05, suggesting the importance of protein design for vaccine formulations. Overall, these data indicate that seasonally vaccinated individuals possess a population of functional H1 COBRA HA-reactive B cells that target head, central stalk, and anchor epitopes, and they demonstrate the importance of structure-based assessment of subunit protein vaccine candidates to ensure accessibility of optimal protein epitopes.
履歴
登録2022年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年7月13日-
現状2022年7月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of Y2 COBRA hemagglutinin binding monoclonal antibody P1-05
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-0.470915 - 3.3580077
平均 (標準偏差)-0.0244092 (±0.26363954)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 356.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Negative stain EM half map A of Y2...

ファイルemd_26586_half_map_1.map
注釈Negative stain EM half map A of Y2 COBRA hemagglutinin binding monoclonal antibody P1-05
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain EM half map B of Y2...

ファイルemd_26586_half_map_2.map
注釈Negative stain EM half map B of Y2 COBRA hemagglutinin binding monoclonal antibody P1-05
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05

全体名称: Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05
要素
  • 複合体: Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05
    • 複合体: Y2 COBRA hemagglutinin
    • 複合体: P1-05 monoclonal antibody

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超分子 #1: Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05

超分子名称: Y2 COBRA hemagglutinin in complex with monoclonal antibody P1-05
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
器官: ovaries
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: CHO

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超分子 #2: Y2 COBRA hemagglutinin

超分子名称: Y2 COBRA hemagglutinin / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: HA antigen based on A/California/04/2009 H1N1 HA
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
器官: ovaries
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: CHO

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超分子 #3: P1-05 monoclonal antibody

超分子名称: P1-05 monoclonal antibody / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
器官: ovaries
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: CHO

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate / 詳細: 2% w/v
グリッドモデル: Homemade / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12717
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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