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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transmembrane region | |||||||||
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![]() | potassium channel complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / anchoring junction / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / neuronal cell body membrane ...Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / anchoring junction / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / neuronal cell body membrane / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane raft / action potential / locomotor rhythm / neuronal action potential / GABA-ergic synapse / muscle contraction / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / serine-type peptidase activity / protein homooligomerization / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / membrane => GO:0016020 / dendritic spine / neuronal cell body / glutamatergic synapse / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å | |||||||||
![]() | Zhao H / Dai Y / Lee CH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Activation and closed-state inactivation mechanisms of the human voltage-gated K4 channel complexes. 著者: Wenlei Ye / Hongtu Zhao / Yaxin Dai / Yingdi Wang / Yu-Hua Lo / Lily Yeh Jan / Chia-Hsueh Lee / ![]() 要旨: The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion ...The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion conduction and is as crucial to membrane excitability as activation. Inactivation can occur when the channel is open or closed. Although open-state inactivation is well understood, the molecular basis of closed-state inactivation has remained elusive. We report cryo-EM structures of human K4.2 channel complexes in inactivated, open, and closed states. Closed-state inactivation of K4 involves an unprecedented symmetry breakdown for pore closure by only two of the four S4-S5 linkers, distinct from known mechanisms of open-state inactivation. We further capture K4 in a putative resting state, revealing how voltage sensor movements control the pore. Moreover, our structures provide insights regarding channel modulation by KChIP2 and DPP6 auxiliary subunits. Our findings elucidate mechanisms of closed-state inactivation and voltage-dependent activation of the K4 channel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 397.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 136.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 390.8 MB 390.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ukgMC ![]() 7uk5C ![]() 7ukcC ![]() 7ukdC ![]() 7ukeC ![]() 7ukfC ![]() 7ukhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26580_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26580_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transme...
全体 | 名称: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transmembrane region |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transme...
超分子 | 名称: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transmembrane region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 59.049332 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVASGPMPAP PRQERKRTQD ALIVLNVSGT RFQTWQDTLE RYPDTLLGSS ERDFFYHPET QQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEII GDCCYEEYKD RRRENAERLQ DDADTDTAGE S ALPTMTAR ...文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVASGPMPAP PRQERKRTQD ALIVLNVSGT RFQTWQDTLE RYPDTLLGSS ERDFFYHPET QQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEII GDCCYEEYKD RRRENAERLQ DDADTDTAGE S ALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS VIANVVETVP CGSSPGHIKE LPCGERYAVA FFCLDTACVM IF TVEYLLR LAAAPSRYRF VRSVMSIIDV VAILPYYIGL VMTDNEDVSG AFVTLRVFRV FRIFKFSRHS QGLRILGYTL KSC ASELGF LLFSLTMAII IFATVMFYAE KGSSASKFTS IPAAFWYTIV TMTTLGYGDM VPKTIAGKIF GSICSLSGVL VIAL PVPVI VSNFSRIYHQ NQRADKRRAQ KKARLARIRA AKSGSANAYM QSKRNGLLSN QLQSSEDEQA FVSKSGSSFE TQHHH LLHC LEKTTNHEFV DEQVFEESCM EVATVNRPSS HSPSLSSQQG UniProtKB: A-type voltage-gated potassium channel KCND2 |
-分子 #2: Dipeptidyl-peptidase 6
分子 | 名称: Dipeptidyl-peptidase 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 91.401586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKEKAMIKTA KMQGNVMELV GSNPPQRNWK GIAIALLVIL VICSLIVTSV ILLTPAEDNS LSQKKKVTVE DLFSEDFKIH DPEAKWISD TEFIYREQKG TVRLWNVETN TSTVLIEGKK IESLRAIRYE ISPDREYALF SYNVEPIYQH SYTGYYVLSK I PHGDPQSL ...文字列: MKEKAMIKTA KMQGNVMELV GSNPPQRNWK GIAIALLVIL VICSLIVTSV ILLTPAEDNS LSQKKKVTVE DLFSEDFKIH DPEAKWISD TEFIYREQKG TVRLWNVETN TSTVLIEGKK IESLRAIRYE ISPDREYALF SYNVEPIYQH SYTGYYVLSK I PHGDPQSL DPPEVSNAKL QYAGWGPKGQ QLIFIFENNI YYCAHVGKQA IRVVSTGKEG VIYNGLSDWL YEEEILKTHI AH WWSPDGT RLAYAAINDS RVPIMELPTY TGSIYPTVKP YHYPKAGSEN PSISLHVIGL NGPTHDLEMM PPDDPRMREY YIT MVKWAT STKVAVTWLN RAQNVSILTL CDATTGVCTK KHEDESEAWL HRQNEEPVFS KDGRKFFFIR AIPQGGRGKF YHIT VSSSQ PNSSNDNIQS ITSGDWDVTK ILAYDEKGNK IYFLSTEDLP RRRQLYSANT VGNFNRQCLS CDLVENCTYF SASFS HSMD FFLLKCEGPG VPMVTVHNTT DKKKMFDLET NEHVKKAIND RQMPKVEYRD IEIDDYNLPM QILKPATFTD TTHYPL LLV VDGTPGSQSV AEKFEVSWET VMVSSHGAVV VKCEGRGSGF RGTKLLHEVR RRLGLLEEKD QMEAVRTMLK EQYIDRT RV AVFGKDYGGY LSTYILPAKG ENQGQTFTCG SALSPITDFK LYASAFSERY LGLHGLDNRA YEMTKVAHRV SALEEQQF L IIHPTADEKI HFQHTAELIT QLIRGKANYS LQIYPDESHY FTSSSLKQHL YRSIINFFVE CFRIQDKLLT VTAKEDEEE D UniProtKB: Dipeptidyl-peptidase 6 |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 85.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 278343 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |