+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2658 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 20S pre1-1 proteasomal complex from S. cerevisiae carrying the dedicated assembly chaperones Pba1 and Pba2 | |||||||||
マップデータ | 3D Reconstruction of mutant 20S proteasome carrying the dedicated assembly chaperones Pba1 and Pba2 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | 20S proteasome / Pba1 / Pba2 / pre1-1 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kock M / Nunes MM / Hemann M / Kube S / Dohmen JR / Herzog F / Ramos PC / Wendler P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Proteasome assembly from 15S precursors involves major conformational changes and recycling of the Pba1-Pba2 chaperone. 著者: Malte Kock / Maria M Nunes / Matthias Hemann / Sebastian Kube / R Jürgen Dohmen / Franz Herzog / Paula C Ramos / Petra Wendler / 要旨: The chaperones Ump1 and Pba1-Pba2 promote efficient biogenesis of 20S proteasome core particles from its subunits via 15S intermediates containing alpha and beta subunits, except beta7. Here we ...The chaperones Ump1 and Pba1-Pba2 promote efficient biogenesis of 20S proteasome core particles from its subunits via 15S intermediates containing alpha and beta subunits, except beta7. Here we elucidate the structural role of these chaperones in late steps of core particle biogenesis using biochemical, electron microscopy, cross-linking and mass spectrometry analyses. In 15S precursor complexes, Ump1 is largely unstructured, lining the inner cavity of the complex along the interface between alpha and beta subunits. The alpha and beta subunits form loosely packed rings with a wider alpha ring opening than in the 20S core particle, allowing for the Pba1-Pba2 heterodimer to be partially embedded in the central alpha ring cavity. During biogenesis, the heterodimer is expelled from the alpha ring by a restructuring event that organizes the beta ring and leads to tightening of the alpha ring opening. In this way, the Pba1-Pba2 chaperone is recycled for a new round of proteasome assembly. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2658.map.gz | 152.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2658-v30.xml emd-2658.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2658.tif | 339.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2658 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2658_validation.pdf.gz | 199.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2658_full_validation.pdf.gz | 198.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2658_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2658 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 3D Reconstruction of mutant 20S proteasome carrying the dedicated assembly chaperones Pba1 and Pba2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 20S proteasome from S. cerevisiae carrying a pre1-1 mutation as w...
全体 | 名称: 20S proteasome from S. cerevisiae carrying a pre1-1 mutation as well as the dedicated assembly chaperones Pba1 and Pba2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: 20S proteasome from S. cerevisiae carrying a pre1-1 mutation as w...
超分子 | 名称: 20S proteasome from S. cerevisiae carrying a pre1-1 mutation as well as the dedicated assembly chaperones Pba1 and Pba2 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 830 KDa / 理論値: 830 KDa |
-分子 #1: 20S pre1-1 proteasomal precursor complex
分子 | 名称: 20S pre1-1 proteasomal precursor complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 20S pre1-1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: MO23 / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 実験値: 830 KDa / 理論値: 830 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP, 150 mM NaCl, and 15 % (v/v) glycerol, 10 mM imidazole |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 4 drops of 2 % (w/v) uranyl acetate for 10 s each |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grids with carbon support, glow discharged in ambient atmosphere |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 96000 times magnification |
日付 | 2013年10月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 実像数: 1122 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 103448 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected in an automated fashion using Find-EM |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Micrograph-based |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, Spider / 使用した粒子像数: 12609 |