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- EMDB-26571: Subtomogram average of a non-treated cellulose fiber (related to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26571
タイトルSubtomogram average of a non-treated cellulose fiber (related to Figure 7A of primary citation)
マップデータSubtomogram average of a non-treated cellulose fiber (related to Figure 7A of primary citation)
試料
  • 細胞: Onion epidermal periclinal cell wall
生物種Allium cepa (タマネギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nicolas WJ / Fassler F / Dutka P / Schur FKM / Jensen GJ / Meyerowitz EM
資金援助 米国, オーストリア, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122588 米国
Austrian Science FundP33367 オーストリア
引用
ジャーナル: Curr Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-electron tomography of the onion cell wall shows bimodally oriented cellulose fibers and reticulated homogalacturonan networks.
著者: William J Nicolas / Florian Fäßler / Przemysław Dutka / Florian K M Schur / Grant Jensen / Elliot Meyerowitz /
要旨: One hallmark of plant cells is their cell wall. They protect cells against the environment and high turgor and mediate morphogenesis through the dynamics of their mechanical and chemical properties. ...One hallmark of plant cells is their cell wall. They protect cells against the environment and high turgor and mediate morphogenesis through the dynamics of their mechanical and chemical properties. The walls are a complex polysaccharidic structure. Although their biochemical composition is well known, how the different components organize in the volume of the cell wall and interact with each other is not well understood and yet is key to the wall's mechanical properties. To investigate the ultrastructure of the plant cell wall, we imaged the walls of onion (Allium cepa) bulbs in a near-native state via cryo-focused ion beam milling (cryo-FIB milling) and cryo-electron tomography (cryo-ET). This allowed the high-resolution visualization of cellulose fibers in situ. We reveal the coexistence of dense fiber fields bathed in a reticulated matrix we termed "meshing," which is more abundant at the inner surface of the cell wall. The fibers adopted a regular bimodal angular distribution at all depths in the cell wall and bundled according to their orientation, creating layers within the cell wall. Concomitantly, employing homogalacturonan (HG)-specific enzymatic digestion, we observed changes in the meshing, suggesting that it is-at least in part-composed of HG pectins. We propose the following model for the construction of the abaxial epidermal primary cell wall: the cell deposits successive layers of cellulose fibers at -45° and +45° relative to the cell's long axis and secretes the surrounding HG-rich meshing proximal to the plasma membrane, which then migrates to more distal regions of the cell wall.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Bimodally oriented cellulose fibers and reticulated homogalacturonan networks - a direct visualization of Allium cepa primary cell walls
著者: Nicolas WJ / Fassler F / Dutka P / Schur FKM / Jensen GJ / Meyerowitz EM
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 251 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of a non-treated cellulose fiber (related to Figure 7A of primary citation)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.72 Å/pix.
x 40 pix.
= 268.8 Å		6.72 Å/pix.
x 40 pix.
= 268.8 Å		6.72 Å/pix.
x 40 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.06
最小 - 最大-3.1522896 - 6.160607
平均 (標準偏差)0.047385186 (±0.7701364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-20-20-20
サイズ404040
Spacing404040
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26571_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26571_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Onion epidermal periclinal cell wall

全体名称: Onion epidermal periclinal cell wall
要素
  • 細胞: Onion epidermal periclinal cell wall

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超分子 #1: Onion epidermal periclinal cell wall

超分子名称: Onion epidermal periclinal cell wall / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Allium cepa (タマネギ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したサブトモグラム数: 30
抽出トモグラム数: 1100 / 使用した粒子像数: 1100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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